Но исландский шпат все равно придется вернуть

PauLita написал(а):А Вам то какая печаль ?

limarodessa написал(а):Я конечно помню, как доцет мямлил когда Петровича поймали на лжи, так теперь, оказывается, он и воров Исландского шпата покрывает

Петрович отдайте Паулите шпат чтобы он успокоился...

ППГ написал(а):Ооо! Лечим по фотографии.
Это похлеще куевых колечек.

Таня Куева написал(а):Куда как похлеще - 20000 постов такого типа:

Решающее значение для торсионного поля имееет то, что около 1/4 атомов водорода в ДНК ведут себя как темная материя в аттосекундных интервалах. Это объясняется тем, что темные атомы водорода соответствуют темным протонам Комптоновских размеров. Различные фазы этого этапа объясняют большое число аномалий, связанных с термодинамикой ДНК. При этом расщепление водородных связей превращает водород (или по крайней мере протон водорода) в темный нуклон. Состоянии темного нуклона соответствует мультиплетам ДНК, РНК, тРНК, и аминокислотам. Если же состояния темного нуклона соответствует кварку в конце магнитной силовой трубки, то мы имеем представление генетического кода с точки зрения темных ядерных нитей, состоящих из склееных протонов (модель ядра как последовательность нуклонов связаных цветными магнитными связями).

ППГ написал(а):Или отправить его в Исландию где шпату много...

Хромосомная ДНК, включающая спейсерные и интронные зоны как многомерная структура знаковых фрактальных топологических форм жидкого кристалла, частным случаем которых выступают голографические решетки полиядерного когерентного континуума генома (2-й уровень). Квази-текстовые фракталы полинуклеотидных ДНК-РНК-последовательностей, более длинных чем триплеты кодонов и белковых генов и кодирующих на “словесно”-образном уровне (3-й, 4-й... n-й уровни). Поле: отчужденные от генома в форме волновых знаковых построений “идеальные” или “смысловые” (образные) ряды, субъектом генерации и “понимания” которых выступает геном как солитонно-голографический биокомпьютер с квази-“речевыми” атрибутами, и соответственно, квази-сознанием. Назначение “рече-волновых” команд генома заключается в логической пространственно-временной динамичной разметке потенциальной биосистемы, т. е. в синтезе ее полевого относительно устойчивого и вместе с тем мобильного меняющегося “автопортрета” -волновой физической матрицы для правильного распределения вещества организма в его собственном пространстве-времени.

Бред какой-то ... Теперь ищите данные РСА по этому белку и убеждаетесь, что РСА по части начала и конца альфа-спиральных участков ошибается не более, чем на 5 аминокислотных остатков. Почему так происходит я уже объяснял. Ошибка в 1 агстрем означат возможность ошибки на один атом. Атом может принадлежать соседнему аминокислотному остатку, а соседний остаток может принадлежать соседнему витку альфа-спирали.

предсказание элементов вторичной структуры по первичке сейчас делают многие и делают весьма неплохо. я обычно predictprotein.org использую. Но вот то что РСА ошибается - как-то очень по-профански там сформулировано. как может ошибаться РСА на 5 аминокислотных остатков??? берите структуры с разрешением выше 2А, а если хочется счастья - то и выше 1.5А - о каких ошибках в 1А может вообще идти речь (и откуда взялся этот несчастный 1А)? о каких 5 остатках? бред, бред, бред. РСА показывает как на самом деле расположены атомы в пространстве, и ошибаться в том случае, если предсказание не совпадает с реальностью, может только программа предсказания. Можно, конечно, сказать, что в PDB есть и структуры с разрешением 4-5А, которые скорее модели, чем структуры, но все-таки среднее разрешение по PDB это 2А, а на таком разрешении протрассировать с ошибкой (сдвигом?) на 5 остатков - это надо воистину суметь и зачитывается это в минус депозиторам но никак не методу

Заметим также, что достоверно третичную структуру предсказывать при отсутствии решенных близких гомологов еще не умеют.

А автор - это не тот Кушелев, который фрик известный и частоупоминаемый? А то слов умных много, пикотехнология, понимаешь... чего только люди ни придумают, лишь бы не работать.

molbiol.ru/forums/index.php?showtopic=49...1282384#entry1282384

Копию темы с форума molbiol.ru можно посмотреть на Яндексе: nanoworld88.narod.ru/forum/molbiol/index.htm

1. В рибосоме происходит сборка полипептидной цепи по нуклеотидной последовательности. Чем определяется фолдинг белка, т.е. третичная структура, насколько я знаю, пока не доказано - одни стучат себя пяткой в грудь, что только его первичной последовательностью, другие упирают, что без шаперонов - никак. Утверждения, что рибосома сворачивает белок на основании нуклеотидной последовательности мРНК странно звучат. Как мы все знаем, нуклеотидной последовательности соответствует аминокислотная - и вот она-то определяет фолдинг, с участием ли шаперонов или без, не скажу чтобы не соврать. Структура рибосомы решена несколько лет назад, но вот говорить о том, что досконально изучено, как она работает, вплоть до таких деталей, как она сворачивает белок (или как на ней сворачивается белок, или как при ее участии/без ее участия сворачивается белок), нельзя. Кушелев, утверждая, что якобы знает, как это работает, еще раз подтверждает таг мразь опасная, которым его, например, метят в ЖЖ сообществе science_freaks

А уж что там его программа анализирует, я не знаю. Почему прочим достаточно белковой последовательности? Может, потому, что его программа транслирует нуклеотидную последовательность в аминокислотную и по ней и работает?
2. Вам нужно - Вы и сравнивайте. Возьмите любой белок из PDB, разрешением, скажем, анстрем до 2, а лучше до полутора, найти для него нуклеотидную последовательность труда не составит. ebi и ncbi вам в помощь. Всё в открытом доступе. Google поможет найти сервисы по предсказанию элементов вторичной структуры (и даже третичной, но это работает при наличии решенных близких гомологов. когда и без компьютера ясно, как оно будет свернуто). Один я уже приводил - predictprotein.org.
Опыт желательно поставить на нескольких десятках структур. Найдете время на это занятие - честь вам и хвала, у меня, честно, времени нету. Поделитесь тогда результатами, думаю, кому-нибудь будет интересно.

mittelspiel написал(а):Кушелев: А для тех, кому нужна реклама и/или защита от произвола администрации, интернет-хулиганов и т.д. могут выставить копию любой научной дискуссии, например, на Яндекс: nanoworld88.narod.ru/forum/index.htm

Купуте написал(а):
Подробнее: nanoworld88.narod.ru/data/254.htm

Збигнев Огжевальский - первооткрыватель кольцегранного микромира.

Рукопись Збигнева Огжевальского, написанная в 1968-ом году: www.nanoworld.narod.ru/index.htm

Nasretdin написал(а):Ага, только не забыть бы сделать точное соотнесение не синонимических кодонов с аминокислотной последовательностью. Ждут большие сюрпризы, вроде тех, что получили Lolle and Pruitt на гене Hot Head [Genome-wide non-mendelian inheritance of extra-genomic information in Arabidopsis. Lolle, S.J., Victor, J.L., Young, J.M. and Pruitt, R.E. (2005). Nature, 434, 505–509].

Так господа гипотетики ! здесь будет что то происходить или я разнесу эту халабуду вдребезги и пополам ?

limarodessa написал(а):Вообще-то изначально тема называлась: Как проверить структуру белка:



***
В процессе обсуждения всплыл вопрос о точности интерпретации данных РСА.

Для новичков повторю, что РСА не может помочь определить начало и конец спирали точнее, чем 1 виток, т.е. 4..5 аминокислотных остатков.
Возражений с аргументами и фактами не было представлено ни в одной из дискуссий на протяжении 6 лет.

Поэтому потенциальные заказчики белковых структур могут попробовать использовать программу Пикотех в своей работе (на первых порах бесплатно), а в рабочем порядке будет видно, поможет ли она специалистам решать их задачи или окажется бесполезной.

Все желающие могут заказывать структуры белков (пока бесплатно!)

Напомню, что на форуме molbiol.ru одну структуру (коннексина) уже заказали и получили. Заказчик высказал недовольство по поводу неправильной четвертичной структуры, т.е. коннексона. Действительно, четвертичная структура ещё не доделана, т.к. программа Пикотех может определять пока только третичную структуру. Так что претензии по четвертичной структуре отклоняются

PauLita написал(а):Естественно. Так как в настоящее время бытует мнение, что точность РСА выше, чем виток альфа-спирали. Но это не более, чем миф

kushelev написал(а):В больнице.
- Сестра, покрутите мне яйца.
- Больной, вы с ума сошли.
- Ну сестра, ну покрутите мне яйца.
- Больной, вы что, у вас совесть есть?
- Ну сестра, ну покрутите мне яйца.
- Ну хорошо, уговорили.
- О-о-о-о-о, это конечно очень приятно, но я просил гоголь-моголь.

kushelev написал(а):

nanoworld.org.ru/topic/204/ Гомологический критерий Кушелева

В настоящее время биологи пытаются моделировать структуру неизученных белков методом гомологии, т.е. совпадения аминокислотных последовательностей.

В этом деле им может помочь гомологический критерий Кушелева.

Нужно определить композиционный код предполагаемых гомологов. Если он совпадает, значит перед нами действительно гомологи. Если не совпадает, то формы белков могут существенно отличаться.

Предлагаю испытать гомологический критерий Кушелева на известных гомологах.

Композиционный код белка легко получить по кодирующей его нуклеотидной последовательности с помощью программы от Prosolver: nanoworld.narod.ru/Pikotech2D_3.6.zip

В версии 2011 года композиционный код можно скопировать в буфер обмена данными Windows и сохранить в текстовом формате.

Так выглядит композиционный код инсулина:

1,1,4,1,1,4,1,4,4,1,4,1,4,1,4,1,1,1,4,1,1,4,1,1,4,4,3,3,4,1,4,1,1,1,1,1,4,1,1,3,1,1,1,1,1,4,1,1,1,4,1

Nasretdin написал(а):Кушелев: И тут специалистам приходит на помощь nanoworld.org.ru/topic/204/ гомологический критерий Кушелева...

PauLita написал(а):
В 1000 раз точнее, значит в ~1 000 000 раз дороже

250 млн. долл.

Отредактировано kushelev (2012-01-12 19:57:02)

kushelev написал(а):Мечта

ППГ написал(а):Давайте на пальцах, Петрович: в каком контексте, насколько широк и богат этот контекст, только длину мессиджер-РНК ли включает или весь внутририбосомный с внутриклеточным метаболизмами?

Хайдук написал(а):Пальцев не хватит...

в каком контексте... Текст пока умеет читать, увы, только рибосома... как нано-пико-фемто- (и даже квантовый) биокомпьютер. Или вся клетка... Или ОН...

Ширину и богатство контекстов узнаем, поняв язык кодирующей ДНК. У не кодирующей, язык или языки, наверное, другие. Контекст составляет мРНК и, возможно, пре-мРНК. На уровне клеток и тканей понятие контекста расширяется до категорий Части и Целого, как, например, в эффекте положения гена (молчание-не молчание генов).

kushelev написал(а):Victoria написал(а):Кушелев: Уважаемая Виктория! А Вы можете найти несколько классических гомологов для сравнения их композиционных кодов?

На пост 451 Вообщем уважаемый Петр Хайдук модели реализующей эффект воблирования в природе нет. Так же не существует и структура в клетке ответственной за прием Бомовской привязки клетки к Вселенской Голограмме (да и любой подобной голограммы для ее реализации)... много в этом ответе пены спустил ППГ, скромно отвечая на поставленный Вами вопрос...
ps
После изобретения интернета Господь все меньше и меньше уделяет нам своё внимание.

Тут любопытное предположение выдвинули:

quantrinas.bbhit.ru/viewtopic.php?id=1440#p170552 DrMax и PauLita против ППГ и Кушелева

pirron написал(а):

pirron не одинок в догадках: nanoworld.org.ru/topic/199/page/32/

den all написал(а):