Пикотехнология изображения белков
08 Янв 2012 20:13 #212
куев написал(а):
Вы забыли о масштабном коэффициенте. Если в 1 миллиметре 0.1 пикометра, то измеряя модель с точностью 1 мм, Вы узнаете размер молекулы с точностью 0.1 пикометра...
Точность измерения - половина деления шкалы. Инженер ЁКЛМН.
Точность в этом варианте 0,05 пикометра.
Только что же вы скромничаете-то!!!
Пусть у вас в 1 миллиметре будет 0,0000000001 пикометр и измеряя модель с точностью 1 мм, Вы узнаете размер молекулы с точностью 0,00000000005 пикометр.
Лохи Инвесторы валом повалят и цена возрастёт в 10 миллиардов раз!!!
Пикотехнология изображения белков
08 Янв 2012 20:37 #219
PauLita написал(а):
ваша порграма показывает только два знака после запятой - это прошедший век
Программа сохраняет координаты атомов в стандарте PDB. Если Вас интересует более высокая точность, то переходите на стандарт PIKO. В стандарте PIKO Вы можете выбрать любую точность и любое количество знаков после запятой
Но реальная точность будет зависеть от множества факторов. Не вижу смысла обсуждать с Вами эти нюансы, т.к. Вы не понимаете элементарного. Вы считаете знаки после запятой, не узнав, что означают целые числа
Пикотехнология изображения белков
08 Янв 2012 20:45 #220
куев написал(а):
реальная точность будет зависеть от множества факторов.
Точность средства измерений — степень совпадения показаний измерительного прибора с истинным значением измеряемой величины. Чем меньше разница, тем больше точность прибора. Точность эталона или меры характеризуется погрешностью или степенью воспроизводимости. Точность измерительного прибора, откалиброванного по эталону, всегда хуже или равна точности эталона.
Точность результата измерений — одна из характеристик качества измерения, отражающая близость к нулю погрешности результата измерения. Следует отметить, что о повышении качества измерений всегда говорят термином «увеличить точность» — притом, что величина, характеризующая точность, при этом должна уменьшиться.
Измерять куёвые модели можно с той точностью, с какой их строит автор.
А вот с какой точностью они (куёвые модели) соответствуют реальности - не более доступных методов проверки, то есть любимого куевым РСА, ЯМР и туннельного микроскопа.
Но этой проверки куёвые модели не выдерживают гораздо раньше, на уровне взгляда.
Пикотехнология изображения белков
09 Янв 2012 02:18 #221
О!
Вы уже добрались до точности измерений? Быстро вы тунеядца куева раскручиваете...
Щас расскажу предисторию... Тунеядец куев однажды изучал круги на полях. И в одном круге поделил 91 на 29 и получил (внимание!) число Пи, отличающееся от числа Пи на единицу в четвертом (!) знаке! Чтоб далеко не ходить, вот это замечательное число: 3. 1379.
Главный минетжер несуществующей лаборатории, а по совместительству вечный жид кандидат в кандидаты Старухин, впечатлившись этим, несомненно эпохальным результатом - немедленно должил об этом в адмнистрацию президента, приемную ФСБ и попросил личной встречи у действующего премьер-министра (не надо строить далеко идущих выводов, просто минетжер Старухин поступает аналогично по любому поводу, хотя в приемной ФСБ его уже запомнили в лицо и выкидывают на улицу не давая раскрыть рта).
Когда народ отсмеялся, тунеядцу куеву намекнули, что может не в четвертом знаке, а во втором? И мол как ты, куев, считаешь этот четвертый знак? Откуда? Оказалось - слева. Сравнивая два числа 3.1415 и 3.1379 - тунеядец куев считает и запятую за милый сердцу знак!
Вы меня можете обвинить в навете или изрядно разбушевавшейся писательской фантазии, но дело-то в том что эта замечательная история, как и все другие замечательные истории - задокументированный факт! Задокументирован он... самим куевым.
Документация похожа на все другие, аналогичные документации. Заподозрив неладное и подозревая происки врагов, тунеядец куев решил пополнить багаж математичеких знаний. Но как? Как может великий, непризнанный и православный Кушелев залезть на форум к людям, приближенным к наукам? Забанят ведь!
И на свет божии появилась Школьница. Прошу любить и жаловать: расследование того, что есть точность в исполнении тунеядца куева, прикинувшегося школьницей, приехавшей к дяде погостить на дачу:
А само объяснение куе-логики в изложении тунеядца выглядело так:
================================
куев: А кто Вам сказал, что 91 на 29 делил чел?
3,13793
Я прекрасно помню, что число пи = 3,14159
Вычтем одно число из другого
3,14159
-3,13793
=0,00366
В какой значащей цифре они отличаются?
1 2 3 4 5
0,0 0 3 6
Ошибка в четвёртом знаке. Ферштейн?
===========================
Задача на смекалку, предложенная тунеядцу куеву:
VAK: Ай, ты еще не понял что это новое слово в математике?
Предлагаю простенькую задачку по-кушелевски. Есть два числа: 2389 и 1851. Требуеся узнать, с точностью до какого знака они равны?
Итак, метод решения а-ля Кушелев:
2389
- 1851
=0538
Кто ответит? Предлагаю варианты: до 1-го, до 2-го, до третьих петухов мне по барабану
И ответ тунеядца куева, не менее эпохальный:
==============================
куев: Отличие на 5 единиц во втором знаке.
А числа 1 и 2, 8 и 9, 1 и 9 отличаются уже в первом знаке.
Трудно понять? Легко запомнить!
======================
Пикотехнология изображения белков
09 Янв 2012 08:57 #224
kushelev написал(а):
Число Авогадро известно с точностью 6,02252 ± 0,00028, т.е. 0.004% Габариты кристалла можно измерить с такой же точностью. Значит радиус электрона можно определить тоже с точностью 0.004%, что составит 0.004 пикометра, т.к. радиус электрона равен ~100 пикометров.
А теперь следите внимательно за наперстками
Так не пойдет. Надо подробнее народу рассказать.
Число Авогадро это число атомов в 1 моле вещества.
Как габариты кристалла и размеры атома связаны с молями? Как Вы моли измеряете?
Как радиус электрона связан с размером атома и межатомного расстояния?
Далее, как учитывались нарушения трансляционной симметрии кристалла? Как это влияло на точность?
Наконец, где формула?
Размер кристалла зависит от температуры, а алгоритм Ваш выше нет.
Получается что размер атома хорошо зависит от температуры...
Пикотехнология изображения белков
09 Янв 2012 09:00 #225
Nasretdin написал(а):
Но этой проверки куёвые модели не выдерживают
Вы что-то хотели аргументированно написать в защиту точности РСА?
Я Вас очень внимательно слушаю. Продемонстрируйте, плииз, с какой точностью построена модель по данным РСА, если не все спиральные участки замечены и последние ~30 аминокислотных остатков белка незамечено.
Пикотехнология изображения белков
09 Янв 2012 09:20 #226
Vladimirovich написал(а):
Как габариты кристалла и размеры атома связаны с молями?
Это совсем просто. Через атомную массу. А массу можно измерить точнее, чем размер кристалла.
Vladimirovich написал(а):
Как радиус электрона связан с размером атома и межатомного расстояния?
Мы начнём с октаэдрических атомов, т.е. тех, внешняя оболочка которых складывается из 8 электронов.
Модель атома неона из рукописи Збигнева Огжевальского
Связь радиуса кольцевого электрона с радиусом 8-гранного атома чисто геометрическая.
www.slovarik.net/fyzycheskyy_entsykloped...omnyie_radiusyi.147/ Цитата: Впервые работа по определению ионных А. р. была проделана в 20-х гг. 20 в. норв. геохимиком В. М. Гольдшмидтом, опиравшимся на опытные (рефрактометрические) значения радиусов F- и O2-(соотв. 0,133 и 0,132 нм). В системе Полинга за основу принимается значение радиуса кислородного иона 0,140 нм, а в наиб. надёжной системе Белова и Бокия — 0,136 нм. В ионных кристаллах, имеющих одинаковые координац. числа, отклонения от аддитивности А. р. обычно не превышают 0,001—0,002 нм.
Конец цитаты.
Зная рефрактометрические радиусы 8-электронных оболочек фтора и кислорода, нетрудно вычислить радиус электрона в них. Он оказывается равным ~1А, а вовсе не 0.53А, как считается в квантовой механике
Далее, зная радиус электрона легко определить любые расстояния в пикотехнологической модели, т.к. радиус электрона фактически задаёт масштаб пикотехнологической модели.
Пикотехнология изображения белков
09 Янв 2012 09:26 #227
Vladimirovich написал(а):
Как габариты кристалла и размеры атома связаны с молями?
kushelev написал(а):
Это совсем просто. Через атомную массу. А массу можно измерить точнее, чем размер кристалла.
Массу это хорошо. Но как она связана с размерами? Через плотность, можно измерить еще точнее ?
Как учитываются неоднородности, чистота?
Ибо даже такое благородное вещество как спирт не бывает 100% никогда.
Пикотехнология изображения белков
09 Янв 2012 09:33 #228
Vladimirovich написал(а):
как учитывались нарушения трансляционной симметрии кристалла? Как это влияло на точность?
Я сам не работал с кристаллами. Я воспользовался готовыми расстояниями между центрами атомов в кристаллах.
Vladimirovich написал(а):
Наконец, где формула?
Мне фактически нужна была лишь формула, которая связывает радиус кольца с радиусом 8-гранного атома. Но на самом деле и эта формула не нужна.
Ведь рефрактометрический радиус - это радиус 8-гранника. Можно измерять расстояния в этих единицах, т.е. считать не в электронных радиусах, а в радиусах 8-гранников
При выводе файла с координатами атомов используется масштабный коэффициент. Меняя его можно откалибровать пикотехнологическую модель по наиболее точному параметру. Например, по длине наиболее протяжённого участка альфа-спирали.
А это - пример оценки габаритного размера белка в окне параллельной проекции 3DS Max.
Пикотехнология изображения белков
09 Янв 2012 09:41 #230
Vladimirovich написал(а):
Размер кристалла зависит от температуры, а алгоритм Ваш выше нет.
Получается что размер атома хорошо зависит от температуры...
Можно об этом поподробнее? Это очень нетривиально
Кушелев: Начну с того, что алгоритм чисто геометрический. Он позволяет получить форму белковой молекулы, которая складывается из известных форм аминокислотных остатков, которые повёрнуты по таблице композиционного кода на запрограммированные углы.
Естественно, что геометрический алгоритм не учитывает, ни химических, ни физических свойств целой молекулы белка. Поэтому точно получается только ближний порядок и регулярные структуры типа альфа-спирали, которые можно откалибровать.
Тем не менее даже чисто геометрический алгоритм позволяет в большинстве случаев увидеть структуру белковой молекулы гораздо точнее, чем с помощью РСА. Например, программа Пикотех не пропустит разрывы спирали, как это происходит с РСА. РСА не отличает короткие участки альфа-спирали от 310 спирали, а это приводит к ошибкам по фазе вращения спирали на любые углы, т.е. до +-180 градусов.
Наконец, для ~97% белков, которые не кристаллизуются РСА вообще непригоден. А для программы Пикотех разницы нет
Но такие прецизионные измерения нужны, чтобы получить относительную точность порядка 0.001%
Если же Вам нужно измерить расстояния в молекуле белка с точностью 1 пикометр, а радиус атома 0.132 нм, то такой высокой относительной точности Вам добиваться не нужно.
Ведь параметры спирали (её симметрия) известны. Если модель белковой молекулы будет другой формы, то четвертичная модель коллагена не получится. Обратите внимание, что во всех участках молекулы плотно уложены с соседними молекулами. Измените форму модели одной молекулы, и четвертичная структура разойдётся по швам
