nonlocality wrote: Собсно,чем они ныне и промышляют - говорят эти последовательности к становлению полноценными участниками экспрессии генов. Идея,в принципе,не нова,и такое на Западе уже не первый год обсуждается. Практика зашла довольно далеко,пока особо без фиасок. Или я,необразованная дикость,иного смысла в Вашем выражении просто найти не смог. Тем не менее, это уже неплохая экспериментальная отрасль,в будущем сулящая кучу фишек. Или дополните момент,почему,по Вашему,это не приведет ни к чему хорошему.

RudolfKovalev wrote: Неизбежной фатальности и вреда в контекстуальных играх на мРНК нет. Это один из видов подборки пробных белков, связанный с переменчивой, контекст зависимой, семантикой кодонов-омонимов, точнее, их кодирующих дублетов (3-й вобулирует). НО чем выше уровень контекстных перестроек мРНК, тем выше вероятность попасть на дублет-омоним, кодирующий не полезную аминокислоту в потенциальном белке. Никто такие вероятности не считал, а надо бы. Вот с Синтиями Крэйга Вентера, наверное, так и получилось. Предсказать такой злой поворот в метаболизме этих бактерий было невозможно. Контексты мРНК - пока вещь в себе, поскольку язык генов (и мРНК) нам пока неведом. Более детально об этом в моей монографии "Лингвистико-волновой геном. Теория и практика" (2009г.). Есть в ГУГЛе.

омфг, опять скатились в свою дежурную ерунду, Петрович, заеб*ло уже, поимейте милости

Дело в том, что ППГ постоянно путает понятия гипотеза и теория, искренне считая, что написав статью или монографию он тем самым официально превращает гипотезу в теорию.

ну вот у нас таблица.

скажите когда, Петрович, в каком-то веку у ААС не было аспарагина и когда у ААА не было лизина?

nonlocality wrote: Но каким образом,если Х- и У-последовательности - сугубо человеческое творение,еще не наделенное никаким смыслом в какой-либо РНК?

а смысл-то где в вашем вопросе, Рудольф?

RudolfKovalev wrote: Смыслы отсеиваются естественным отбором. Иногда смысл, например, мРНК или даже дублета омонима можно отождествить с целесообразностью. Но это уже "молекулярный Ламаркизм". Особенно ярко это тождество проявляется на иммуноглобулинах. Там ведь просто перебор мутаций на генах иммуноглобулинов и/или на их мРНК по Ву-Кэботу. Но это арена для дискуссий философов - где кончается мысль и начинается целесообразность? И наоборот.

не притворяйтесь глухим и слепым лохом, Петрович, а ответьте громко и внятно на вопрос сферху, пост #5032 !!

nonlocality wrote: Но при чем тут естественный,если речь идет о искусственном отборе? И не могли бы Вы уточнить,что подразумевается в данном случае под целесообразностью?

Хайдук wrote: Смысл не в вопросе,а в конкретике Петра Петровича.

Хайдук wrote: Был и АСП, был и ЛИЗ, если в мРНК был соответствующий контекст. Но ведь дело-то не в этом, а выборе - либо рибосомой выбирается АСП, либо ЛИЗ. И это тоже зависит от контекста мРНК. Вы же первый шаг в понимании этого простого уже сделали, согласившись, что кодируют дублеты, т.е. 1-й и 2-й нуклеотиды. ДЛЯ ОМОНИМОВ ЭТО ПРИНЦИПИАЛЬНО, ДЛЯ СИНОНИМОВ - НЕТ. Ну, еще один маленький шажок вперед и синдрома Хайдука как не бывало.

RudolfKovalev wrote: Что вы имеете в виду под искусственным? Это когда мы сами синтезируем известные гены? Тут целесобразность задается не человеком, а Природой как результат естественного отбора. На порядки сложнее, если мы синтезируем гены, которых нет в природе. Тогда таким человеком должен быть понимающий роль 32 кодонов (дублетов) омонимов. Да и то при условии, что он понимает смыслы мРНК. А до этого далеко. Язык генов ДНК и РНК мы пока не понимаем. Поэтому бизнес на синтезе белков in vitro у меня вызывает сомнение. Предсказать аминокислоты для омонимов пока невозможно. Это и есть "висяк" проблемы коллинеарности.

nonlocality wrote: А каким, простите, образом рибосома самостоятельно выбирает контексты? И на основании чего определяются контексты? И что с моим предыдущим вопросом?

RudolfKovalev wrote: Целесообразность при биосинтезе белков - есть достижение определенных функций этих белков, заданных их аминокислотным текстом и структурой. Например, ферментативных.

RudolfKovalev wrote: Ей не надо выбирать, она читает готовые мРНК-овые тексты. Ее дело не ошибиться в выборе аминокислоты или стопа при встрече с кодоном (дублетом) - омонимом.

видимо, Петрович, вы или тупой как бревно, галька и щебень вместе взятые, или наглец, жулик и вор поражающих воображение масштабов ; все тут видим воочию таблицу, её не состряпали бы, если не было на то очень и очень веских оснований и тем не менее вы с упрямством тысяч ослов продолжаете твердить о дублетах, когда добавление лишь одной дополнительной 3-ей буквы намертво пригвоздило ваши дублеты к одной-единственной АК/стоп . Мне очень трудно представить тот прямо-таки вселенский размер наглости нужной для того, дабы тупо продолжать отрицать то, что видят глаза всех

Хайдук wrote: К вам,сир, надо относиться с сочувствием. Горячность ваша - признак поражения. "Добавление 3-й буквы" (3-го нуклеотида в кодонах) не может "пригвоздить", поскольку в роли этой 3-й буквы могут выступать любые из 4-х возможных (вобляж). "Гвоздить", как видим, нельзя даже при очень горячем (гАрячем ) желании. гАряев.

3-я буква "гвоздит" АК, а не саму себя; дублет гвоздит 2 АК, те же самые, что гвоздят 2 пары 3-их букв, а вы с Контекстом сосёте тихо, но сильно

Но вот не задача, опять у Блаженного Ботаника ...А как же "контекстные смыслы" ??? улетучились??? они наверное для красного словца введены Блаженным Ботаником.
Поясняем для "сильно отсталых" - "контекстные смыслы" значит наличие ЭМ-солитона на этих цепочках молекул, расставляющие аминокислоты в соответствующих вариантах для его существования, именно эти солитоны и взаимодействуют сперва на рибосомах подстраиваясь друг с другом и принимая непосредственное участие в выборе аминокислот (пример "инверстности" в этом случае ничего не напоминает)
Именно это и объединяет как искусственно созданные варианты так и созданные самой природой.

Хайдук wrote: Гвоздит вашу голову. Поговорите с Л.П.Овчинниковым. А главное, вытащите ржавые гвозди из головы.

Как, у вас тоже загвоздка. Вы "солитоны"-то свои хоть как=то опишите... Наполните содержанием, а не пожеланиями.

Профессор а^Как дал интересную подсказку, ее сперва надо бы обсудить, ну и потом и перейти к формализации идеи.
ps
Думать надо головой, любить — сердцем, чуять — ж@пой, и самое главное — ничего не....перепутать...

Хайдук wrote: nonlocality wrote: ваш ("омонимический", то бишь) дублет уже пригвоздил 2 ак (не бОльше!) и 3-й уже добивает одну из них, а не из других (!), как хотелось или мерещится вам с Контекстом

АТО по вашей негожей классификации выходит, что UU и СU "синонимы" по лейцину, а UC и AG такие же по серину; AG даже двурушником будет, поскольку с CG по аргинину оказывается как-бы "омонимическим синонимом"

Рассуждайте проще. 3-й никого и накак не гвоздит = не участвует в кодировании вообще. Это Крика в гробу переспросите. Значит. кодируют ТОЛЬКО ДУБЛЕТЫ - 1-й и 2-й Нуклеотиды кодонов, да и то по разному в разных кодах. Тогда двузначность 32 дублетов выскакивает АВТОМАТИЧЕСКИ. Логика-то у вас работает? Что вы претензии к Природе не высказываете? Еще раз носом в Таблицу.

nonlocality wrote: А аминокислотный текст что собой представляет? Не могли бы Вы уточнить?

nonlocality wrote: Это, разумеется, понятно. А есть какие-либо молекулярные механизмы этого, демонстрирующие сей процесс?

есть - когда весной расцветут сапоги

nonlocality wrote: якобы "двузначных" число 32 АВТОМАТИЧЕСКИМ быть НЕ может, поскольку оно СЛУЧАЙНО - вполне могло быть другим, любым