nonlocality wrote: ну, а почему не все 16 пар синонимы или почему не все 16 омонимы? с какого перепугу соотношение подвернулось именно 8:8, кому и почём это дует в поруса?

PauLita wrote: дурашка желтоголовая, предынфарктная.

nonlocality wrote: Петр, сто раз писал. quantoforum.ru/about
Нажмите Reply если такие ошибки

Хайдук wrote: Старому первоклашке: потому, что букв - 4, аминокислот - 20, а кодоны шифруют первыми двумя буквами, третья же может быть любой из 4-х возможных. И так с ПМФ продолжается более 10 лет...

nonlocality wrote: Таки нет, уважаемый Пётр Петрович. В фундаменте вашей теории лежат всякие рессорные.. , не - торсионные идеи перечисленных персоналий, которые не моего низкого уровня, а ваще никакого уровня в реальной физике.
Поэтому я страсть как охоч выяснить, насчёт энергии взаимодействий. Потому как с неё всё начинается и ей заканчивается: нет энерджайзера - ничего нет.
PauLita wrote: Не, ну зачем так сразу?.. Нужно помяккче както.. Слегка, скажем, сказочная, чтоли...
Да и почётно это: отфонарная - значит от-фонаря, тоесть со светлого места, несущая свет!..

nonlocality wrote: а почему "любая" третья всегда оказывается одной и той же при любом контексте, почему третью контекст не колышет, какой же он "контекст" тогда?

Хайдук wrote:

Третья может быть любой только у косого ППГ, а вот нормальный вгляд:

Тут еще не мешало бы узнать с какой стороны идет это считывание слева на право или на оборот с право на лево.
Мы помним ту сказку-фильм про "бесконечную палку"... если слева начало, а с право конец, и перевернем эту палку, то где было начало стал конец. Следовательно палка "бесконечна"...как и "волновой геном"

Викторович wrote: Энергия информационна, информация энергетична. Метафорично, однако сутево.

Викторович wrote: А я страсть как не люблю пустые бездоказательные псевдонаучные фразы по формуле "моська - слон".

nonlocality wrote:
Угу

limarodessa wrote:
Игорь, не томи - гаку прочел?



Функции нейронов головного мозга заключаются не в передаче и обмене сенсорной информации. Войдя в организм информация (зрение, слух, обоняние, осязание, вкус), распределяется мгновенно и во всем объеме нейронного континуума за счет ее квантовой спутанности, нелокальности и голографичности. Кроме того, существует уже запасенная в ряду поколений, готовая к использованию, информация. Функции нейронов головного мозга заключаются в дозированном распределении в пространстве-времени головного мозга мгновенно возникающей (или предсуществующей) квантово-нелокальной полной информации о внешнем и внутреннем мирах. Само мышление базируется на этой, мгновенно получаемой извне-изнутри информации, в том числе той, что запасена в архивах памяти (голографической, фантомной) в ряду поколений организмов. Для этого биосистемы используют феномен Эйнштейна-Подольского-Розена, Распределения Гиббса, Бозе-Эйнштейна, Парето и закон Ципфа-Мандельброта для частот на основе явления Ганса-Отто-Мейера сопровождается возникновением изоморфных временных автокорреляционных функций на так называемых Фрелиховских модах передающих динамику углов Эйлера вращающих плоскость поляризации проходящих через них оптических излучений.

Хайдук wrote: Это в Таблице кода третья буква кодона одна и та же, но не in vivo. "Почувствуйте разницу". Cмотрит в Таблицу - видит фигицу. Таблица не может отобразить динамику событий при синтезе белков.

Викторович wrote: Это я к тому, что всякое чтение, передача и прочее - это изменение энергии, отражающееся не в "торсионах", а в обычном, всем привычном, электрическом поле. И не исключено, что параметры этих флуктуаций отражают информацию о процессе, не в смысле "как и что устроено", а в смысле "катализировать схожую реакцию при наличии условий".
Каков порядок изменений напряжённости поля? .. Оу! Для хромосом и прочего - это лучше не ко мне. Хотя, даже тупые физики, предполагают, что где то от 10-17 и меньше всм.
Эти наглецы даже реализовали некоторые свои предположения в железе.. И представляете? - работает.

nonlocality wrote:
Свечку сам держал?

Machnicka, M. A. et al. MODOMICS: a database of RNA modification pathways--2013 update. Nucleic Acids Res. 41, D262–D267 (2013).
El Yacoubi, B., Bailly, M. & de Crecy-Lagard, V. Biosynthesis and function of posttranscriptional modifications of transfer RNAs. Annu. Rev. Genet. 46, 69–95 (2012).
Nishimura, S. & Watanabe, K. The discovery of modified nucleosides from the early days to the present: a personal perspective. J. Biosci. 31, 465–475 (2006).
Agris, P. F., Vendeix, F. A. & Graham, W. D. tRNA's wobble decoding of the genome: 40 years of modification. J. Mol. Biol. 366, 1–13 (2007).
Cantara, W. A. et al. The RNA modification database, RNAMDB: 2011 update. Nucleic Acids Res. 39, D195–D201 (2011).
Durant, P. C., Bajji, A. C., Sundaram, M., Kumar, R. K. & Davis, D. R. Structural effects of hypermodified nucleosides in the Escherichia coli and human tRNALys anticodon loop: the effect of nucleosides s2U, mcm5U, mcm5s2U, mnm5s2U, t6A, and ms2t6A. Biochemistry 44, 8078–8089 (2005).
Stuart, J. W., Koshlap, K. M., Guenther, R. & Agris, P. F. Naturally-occurring modification restricts the anticodon domain conformational space of tRNA(Phe). J. Mol. Biol. 334, 901–918 (2003).
Crick, F. H. Codon—anticodon pairing: the wobble hypothesis. J. Mol. Biol. 19, 548–555 (1966).
Yarian, C. et al. Accurate translation of the genetic code depends on tRNA modified nucleosides. J. Biol. Chem. 277, 16391–16395 (2002).
Bjork, G. R. et al. Transfer RNA modification. Annu. Rev. Biochem. 56, 263–287 (1987).
Agris, P. F. Wobble position modified nucleosides evolved to select transfer RNA codon recognition: a modified-wobble hypothesis. Biochimie 73, 1345–1349 (1991).
Beuning, P. J. & Musier-Forsyth, K. Transfer RNA recognition by aminoacyl-tRNA synthetases. Biopolymers 52, 1–28 (1999).
Grosjean, H. & Bjork, G. R. Enzymatic conversion of cytidine to lysidine in anticodon of bacterial isoleucyl-tRNA--an alternative way of RNA editing. Trends Biochem. Sci. 29, 165–168 (2004).
Bjork, G. R. et al. Transfer RNA modification: influence on translational frameshifting and metabolism. FEBS Lett. 452, 47–51 (1999).
Urbonavicius, J., Qian, Q., Durand, J. M., Hagervall, T. G. & Bjork, G. R. Improvement of reading frame maintenance is a common function for several tRNA modifications. EMBO J. 20, 4863–4873 (2001).
Thiaville, P. C. & de Crecy-Lagard, V. The emerging role of complex modifications of tRNA in signaling pathways. Microb. Cell 2, 1–4 (2015).
Kellogg, D. A., Doctor, B. P., Loebel, J. E. & Nirenberg, M. W. RNA codons and protein synthesis. IX. Synonym codon recognition by multiple species of valine-, alanine-, and methionine-sRNA. Proc. Natl Acad. Sci. USA 55, 912–919 (1966).
Crick, F. H. The origin of the genetic code. J. Mol. Biol. 38, 367–379 (1968).
Raba, M. et al. Nucleotide sequence of three isoaccepting lysine tRNAs from rabbit liver and SV40-transformed mouse fibroblasts. Eur. J. Biochem. 97, 305–318 (1979).
Sprinzl, M. & Vassilenko, K. S. Compilation of tRNA sequences and sequences of tRNA genes. Nucleic Acids Res. 33, D139–D140 (2005).
Armengod, M. E. et al. Enzymology of tRNA modification in the bacterial MnmEG pathway. Biochimie 94, 1510–1520 (2012).
Kumar, R. K. & Davis, D. R. Synthesis and studies on the effect of 2-thiouridine and 4-thiouridine on sugar conformation and RNA duplex stability. Nucleic Acids Res. 25, 1272–1280 (1997).
Ogle, J. M. et al. Recognition of cognate transfer RNA by the 30S ribosomal subunit. Science 292, 897–902 (2001).
Murphy, F. V. T. & Ramakrishnan, V. Structure of a purine-purine wobble base pair in the decoding center of the ribosome. Nat. Struct. Mol. Biol. 11, 1251–1252 (2004).
Murphy, F. V. t., Ramakrishnan, V., Malkiewicz, A. & Agris, P. F. The role of modifications in codon discrimination by tRNA(Lys)UUU. Nat. Struct. Mol. Biol. 11, 1186–1191 (2004).
Vendeix, F. A. et al. Human tRNA(Lys3)(UUU) is pre-structured by natural modifications for cognate and wobble codon binding through keto-enol tautomerism. J. Mol. Biol. 416, 467–485 (2012).
Weixlbaumer, A. et al. Mechanism for expanding the decoding capacity of transfer RNAs by modification of uridines. Nat. Struct. Mol. Biol. 14, 498–502 (2007).
Jenner, L. B., Demeshkina, N., Yusupova, G. & Yusupov, M. Structural aspects of messenger RNA reading frame maintenance by the ribosome. Nat. Struct. Mol. Biol. 17, 555–560 (2010).
Demeshkina, N., Jenner, L., Westhof, E., Yusupov, M. & Yusupova, G. A new understanding of the decoding principle on the ribosome. Nature 484, 256–259 (2012).
Rozov, A., Demeshkina, N., Westhof, E., Yusupov, M. & Yusupova, G. Structural insights into the translational infidelity mechanism. Nat. Commun. 6, 7251 (2015).
Selmer, M. et al. Structure of the 70S ribosome complexed with mRNA and tRNA. Science 313, 1935–1942 (2006).
Fernandez, I. S. et al. Unusual base pairing during the decoding of a stop codon by the ribosome. Nature 500, 107–110 (2013).
Schmeing, T. M., Voorhees, R. M., Kelley, A. C. & Ramakrishnan, V. How mutations in tRNA distant from the anticodon affect the fidelity of decoding. Nat. Struct. Mol. Biol. 18, 432–436 (2011).
Holley, R. W. et al. Structure of a ribonucleic acid. Science 147, 1462–1465 (1965).
Ogle, J. M., Murphy, F. V., Tarry, M. J. & Ramakrishnan, V. Selection of tRNA by the ribosome requires a transition from an open to a closed form. Cell 111, 721–732 (2002).
Yokoyama, S. et al. Molecular mechanism of codon recognition by tRNA species with modified uridine in the first position of the anticodon. Proc. Natl Acad. Sci. USA 82, 4905–4909 (1985).
Mazumdar, S. K. & Saenger, W. Molecular structure of poly-2-thiouridylic acid, a double helix with non-equivalent polynucleotide chains. J. Mol. Biol. 85, 213–219 (1974).
Demeshkina, N., Jenner, L., Yusupova, G. & Yusupov, M. Interactions of the ribosome with mRNA and tRNA. Curr. Opin. Struct. Biol. 20, 325–332 (2010).
Nakamura, Y. Codon Usage Database www.kazusa.or.jp/codon/ (2007).
Frédéric Dardel, F. K. Bioinformatics: Genomics and Post-Genomics John Wiley & Sons, Ltd. (2006).
Takai, K. & Yokoyama, S. Roles of 5-substituents of tRNA wobble uridines in the recognition of purine-ending codons. Nucleic Acids Res. 31, 6383–6391 (2003).
Egli, M. & Sarkhel, S. Lone pair-aromatic interactions: to stabilize or not to stabilize. Acc. Chem. Res. 40, 197–205 (2007).
Wohlgemuth, I., Pohl, C., Mittelstaet, J., Konevega, A. L. & Rodnina, M. V. Evolutionary optimization of speed and accuracy of decoding on the ribosome. Philos. Trans. R. Soc. Lond. B Biol. Sci. 366, 2979–2986 (2011).
Kramer, E. B. & Farabaugh, P. J. The frequency of translational misreading errors in E. coli is largely determined by tRNA competition. RNA 13, 87–96 (2007).
Johansson, M., Zhang, J. & Ehrenberg, M. Genetic code translation displays a linear trade-off between efficiency and accuracy of tRNA selection. Proc. Natl Acad. Sci. USA 109, 131–136 (2012).
Manickam, N., Nag, N., Abbasi, A., Patel, K. & Farabaugh, P. J. Studies of translational misreading in vivo show that the ribosome very efficiently discriminates against most potential errors. RNA 20, 9–15 (2014).
Moazed, D. & Noller, H. F. Binding of tRNA to the ribosomal A and P sites protects two distinct sets of nucleotides in 16S rRNA. J. Mol. Biol. 211, 135–145 (1990).
Demeshkina, N., Jenner, L., Westhof, E., Yusupov, M. & Yusupova, G. New structural insights into the decoding mechanism: translation infidelity via a G.U pair with Watson-Crick geometry. FEBS Lett. 587, 1848–1857 (2013).
Westhof, E., Yusupov, M. & Yusupova, G. Recognition of Watson-Crick base pairs: constraints and limits due to geometric selection and tautomerism. F1000Prime Rep. 6, 19 (2014).
Grosjean, H., de Crecy-Lagard, V. & Marck, C. Deciphering synonymous codons in the three domains of life: co-evolution with specific tRNA modification enzymes. FEBS Lett. 584, 252–264 (2010).
Jenner, L., Demeshkina, N., Yusupova, G. & Yusupov, M. Structural rearrangements of the ribosome at the tRNA proofreading step. Nat. Struct. Mol. Biol. 17, 1072–1078 (2010).
Mueller, M., Wang, M. & Schulze-Briese, C. Optimal fine phi-slicing for single-photon-counting pixel detectors. Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 68, 42–56 (2012).
Kabsch, W. Xds. Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 66, 125–132 (2010).
Adams, P. D. et al. PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution. Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 66, 213–221 (2010).
Emsley, P., Lohkamp, B., Scott, W. G. & Cowtan, K. Features and development of Coot. Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 66, 486–501 (2010).
56.Karplus, P. A. & Diederichs, K. Linking crystallographic model and data quality. Science 336, 1030–1033 (2012).

PauLita wrote: О симметриях уже говорил. И много. Но данное представление кода не имеет прямого отношения к роли вобулирования в аспекте деления кодонов на синонимы и омонимы. Протри ведро и смени окраску.

PauLita wrote: Это все из другой оперы, да и ты не солист.

nonlocality wrote:
Тебе же на molbiol уже посоветовали, куда его засунуть:

zelensky, 03.03.2005 wrote:

nonlocality wrote: Вы ещё начните применять обращение "сынок". Говорят, это позволяет почувствовать себя главным.

Помните принцип? - в науке претендент до тех пор неудачник, лох и шарлатан, пока убедительно не докажет обратное.
Измышлизмы Шипова ничем не лучше по результату, чем теория Якубовского.

Викторович wrote: Представляете, и у нас тоже работает.

nonlocality wrote:
А что, солист?- из этой:

Структура, которая создается идеальным кодом, представляет собой инвариант при переходе от одной изоморфной структуры к другой. Такой инвариант структуры и есть информация в рамках «шенноновского» интервала абстракции. Это означает, что при передаче одной и той же информации можно использовать РАЗНЫЕ кодовые волновые сигналы, инвариантные смыслу информации, а, следовательно,— и структур в момент приема этой информации. Иначе: коды сообщения РАЗЛИЧАЮЩИЕСЯ, а смысл ОДИН и локальная структура с динамикой приемников в момент акцепции сигналов ОДИНАКОВА, например,— тождественные жидкокристаллические упаковки по типу холестериков и тождественный спектральный состав акустических и электромагнитных колебаний. Если при этом директора холестериков будут промодулированы идентично с образованием голограммы (в общем случае — дифракционной решетки), содержащей некоторую знаковую (образную) биоинформацию, то возникнет именно такая ситуация с биосигналом, инвариантным одновременно источнику, носителю и приемнику информации. Это самоорганизующаяся система, которой адресовано передаваемое сообщение от других клеток и тканей; и сама структура, приняв сигналы, передает их дальше, являясь также распределенной системой ассоциативной памяти, как и геном эукариот. В этом смысле элементы структуры являются элементами надмолекулярного биокомпьютера, архитектоника и функции которого фрактально вырастают в новый уровень, более развитый по сравнению с хромосомным голографическим биокомпьютером, и это один из многих уровней квазиразумной деятельности биосистем помимо работы мозга. Континуум эдементов осуществляет опознание «метаболического образа» организма в виде волновой модели через систему знаков, частным случаем которых являются волновые фронты голограмм, и oперирует этими образами для организации метаболизма в пространствевремени биосистемы. Элементы такой структуры — это элементарные и «объект», и «субъект» одновременно, поскольку в этой ячейке «самопознания» происходит взаимный обмен информацией, взаимоотождествление каждого элемента этой системы с каждым, их «взаимоизучение» с помощью специфических отражательных актов. Между элементами устанавливаются информационные потоки, которые выполняют роль гносеологических посредников в процессе взаимоотражения. Биохимические посредники — это иРНК, тРНК (для Д, Р), физические посредники - это гетерополя: акустические и электромагнитные, включая солитонные. Биохимическая информация инвариантна к ее химическим носителям: одна и та же структура белка (первичная) кодируется разными носителями (ДНК хромосом, иРНК, тРНК). Сходная ситуация с физическими каналами биокоммуникаций: содержание физической информации инвариантно к ее волновым носителям - сверхслабым звуку и свету внутриклеточных компонент.

nonlocality wrote:

nonlocality wrote: У вас работает язык, а у физиков железо. Причём в их отсутствии, с предсказуемым результатом, и на серийном оборудовании.

Викторович wrote: А вы разве не чувствуете себя моськой, не знакомой с работами Шипова, Тертышного и Максименко?

А также Грабововй, Мулдашев, Кашпировский, Малахов и Паниковский

nonlocality wrote: №Моськой.." Считаете, что испражняться синонимами - путь к победе?

Нет необходимости полностью изучать "труды" перечисленных товарисчей. Достаточно ознакомиться с основами, что понять отсутствие необходимости в них. Что собственно, подтверждено временем: уже мало кто помнит о них, а скоро и совсем позабудут.

Викторович wrote: Лазер ЛГН-303 - серийный и работает в наших технологиях прекрасно. И не только у нас. А язык ваш, в данном случае, пустое шлёпание. Вы бы по сути его работы у нас что-нибудь сказали. А то базарно как-то получается. И скучно. Будто вам на хвост наступили.

PauLita wrote: ... Вот Паниковского, только, трогать не нужно.

nonlocality wrote:

Викторович wrote: Не путайте себя с толковыми исследователями, что много и давно работают в торсионике. Ссылку на новый журнал в этой области уже давал. Про спинтронику акад. РАН Бучаченко говорил. Ознакомились? Нет? Тогда разговор с вам не имеет смысла.