Ключевое слово
20 | 03 | 2019
Новости Библиотеки

Шахматы онлайн

Чессбомб

Welcome, Guest
Username: Password: Remember me

TOPIC: Квантовые эффекты в биологии

Квантовые эффекты в биологии 14 Июль 2011 05:45 #31

  • Vladimirovich
  • Vladimirovich's Avatar
  • NOW ONLINE
  • Инквизитор
  • Posts: 77020
  • Thank you received: 1002
  • Karma: 81
Quantrinas написал(а):
Vladimirovich написал(а):
Прыжок протона - энто как бы разрушение молекулы в некотором роде.
Нет, это переход между конформациями.
Хорошо, ежели не разрушится, будем считать конформацией

Каждому - своё.

Квантовые эффекты в биологии 14 Июль 2011 06:17 #32

  • Quantrinas
  • Quantrinas's Avatar
  • OFFLINE
  • Физик
  • Posts: 12016
  • Thank you received: 4
  • Karma: 0
limarodessa написал(а):
А когда пойдет репликация то в дочерней ДНК окажутся электроны сохранившие начальную когерентность которая была в исходной ДНК ...
Ничего они не сохранят, время жизни такой когерентности очень мало.

Квантовые эффекты в биологии 14 Июль 2011 06:17 #33

  • Quantrinas
  • Quantrinas's Avatar
  • OFFLINE
  • Физик
  • Posts: 12016
  • Thank you received: 4
  • Karma: 0
Vladimirovich написал(а):
Хорошо, ежели не разрушится, будем считать конформацией

Квантовые эффекты в биологии 14 Июль 2011 06:32 #34

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 13660
  • Thank you received: 36
  • Karma: 0
Quantrinas написал(а):
Ничего они не сохранят, время жизни такой когерентности очень мало
Что даже если электрон находится в орбитали которая не участвует в химической реакции ?
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)

Квантовые эффекты в биологии 14 Июль 2011 06:45 #35

  • Quantrinas
  • Quantrinas's Avatar
  • OFFLINE
  • Физик
  • Posts: 12016
  • Thank you received: 4
  • Karma: 0
limarodessa написал(а):
Что даже если электрон находится в орбитали которая не участвует в химической реакции ?
А как он тогда с кем-нибудь запутается.

Квантовые эффекты в биологии 14 Июль 2011 06:53 #36

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 13660
  • Thank you received: 36
  • Karma: 0
Quantrinas написал(а):
А как он тогда с кем-нибудь запутается
Ну если он путешествует через водородную связь соединяющую две одиночные цепи ДНК в двойной цепи ДНК из одной цепи в другую то во время движения и запутается. А когда цепи расплетутся то он окажется в другой цепи являясь запутанным с первой цепью из которой он попал во вторую.
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)

Квантовые эффекты в биологии 14 Июль 2011 12:48 #37

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • NOW ONLINE
  • Наместник
  • Posts: 35604
  • Thank you received: 78
  • Karma: 23
По-видимому, расплетение идёт рука в руку с распутыванием

Квантовые эффекты в биологии 15 Июль 2011 09:31 #38

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 13660
  • Thank you received: 36
  • Karma: 0
Quantrinas написал(а):
Электроны там вообще прыгают куда хотят, а вот протонам это труднее.
Надо полагать что это так но... большинство публикаций по преносу частиц между парами в ДНК - по протону а не по электрону
В этом нет противоречия ?

Charge transfer and environment effects responsible for characteristics of DNA base pairing

Ab initio molecular orbital calculations on DNA base pair radical ions: effect of base pairing on proton-transfer energies, electron affinities, and ionization potentials
Investigation of proton transfer within DNA base pair anion and cation radicals by density functional theory (DFT)
Ab initio molecular orbital calculations of DNA bases and their radical ions in various protonation states: evidence for proton transfer in GC base pair radical anions
DNA mutations induced by proton and charge transfer in the low-lying excited singlet electronic states of the DNA base pairs: A theoretical insight
Proton Transfer in DNA Base Pairs
Double Proton Transfer: From the Formamide Dimer to the Adenine.cntdot..cntdot..cntdot.Thymine Base Pair
Effects of protonation on proton transfer processes in Watson–Crick adenine–thymine base pair
Effects of protonation on proton-transfer processes in guanine–cytosine Watson–Crick base pairs
Electron correlated and density functional studies on hydrogen-bonded proton transfer in adenine-thymine base pair of DNA
Double proton transfer in the isolated and DNA-embedded guanine-cytosine base pair
Double-proton transfer in adenine-thymine and guanine-cytosine base pairs. A post-Hartree-Fock ab initio study
A DNA Sensor for Sequencing and Mismatches Based on Electron Transport Through Watson–Crick and Non-Watson–Crick Base Pairs

Proton transfer in the adenine-thymine base pair
The origin of spontaneous point mutations in DNA via Lwdin mechanism of proton tunneling in DNA base pairs: Cure with covalent base pairing*
Spontaneous DNA Mutations Induced by Proton Transfer in the Guanine Cytosine Base Pairs: An Energetic Perspective
Theoretical study of proton transfers between base pairs of DNA
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)

Квантовые эффекты в биологии 15 Июль 2011 14:20 #39

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • NOW ONLINE
  • Наместник
  • Posts: 35604
  • Thank you received: 78
  • Karma: 23
limarodessa написал(а):
большинство публикаций по преносу частиц между парами в ДНК - по протону а не по электрону
В молекулах электроны почти всегда запутаны, Игорь, им легче оставаться такими. Видимо, расплетание ДНК укантропопывает даже их сцеплённость, хоть они и остаются такими в пределах лишь одной, однако, из разошедшихся ниток ДНК

Квантовые эффекты в биологии 16 Июль 2011 13:33 #40

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • NOW ONLINE
  • Наместник
  • Posts: 35604
  • Thank you received: 78
  • Karma: 23
Игорь, не стоит жаловаться, что якобы никого не колышет пост 38 - попросту и скорее всего протоны заведомо НЕ переносятся (то бишь НЕ запутываются нелокальным образом) между разошедшимися нитками ДНК. По-видимому, это относится также и к гораздо более лёгким и шустрым электронам

Квантовые эффекты в биологии 16 Июль 2011 13:59 #41

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Протонирование/депротонирование оснований днк, это, насколько я понимаю присоединение протона из раствора или отсоединение протона в раствор. Поскольку протоны идентичны, то это эквивалентно передаче протона вдоль цепи днк. Однако в реальности скорее всего вдоль цепи передается лишь заряд в виде электрона, а протон передпвать незачем, потому как в воде протонов свободных полно

Квантовые эффекты в биологии 17 Июль 2011 10:51 #42

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
В общем как и в полупроводниках, туннелируют в реальности электроны, что эквивалентно переносу 'дырки' то бишь протона. А сами по себе протоны в этих экспериментах вдоль двойной спирали днк не передвигаются. Передвигается дырка, а недостающие протоны берутся в водном растворе

Квантовые эффекты в биологии 17 Июль 2011 11:01 #43

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 13660
  • Thank you received: 36
  • Karma: 0
mittelspiel написал(а):
вдоль двойной спирали днк
вообще то речь не о вдоль а о через водородную связь

Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)

Квантовые эффекты в биологии 17 Июль 2011 11:08 #44

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Тем более непонятен вопрос, потому как водородная связь это по определению и есть обобществленнный протон. он никуда не передается, он делокализован в этой связи. А протонирование и депротонирование это совсем другое

Квантовые эффекты в биологии 17 Июль 2011 11:09 #45

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 13660
  • Thank you received: 36
  • Karma: 0
mittelspiel написал(а):
Тем более непонятен вопрос, потому как водородная связь это ро определению и есть обобществленнный протон. он никуда не передается, он делокализоаан в этой связи. А протонироаание и депротонирование это совсем другое
Ну чувствуется что вы не читали статьи в посте 38
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)

Квантовые эффекты в биологии 17 Июль 2011 11:16 #46

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Какие именно статьи?
Конкретную ссылку дайте

Квантовые эффекты в биологии 17 Июль 2011 11:18 #47

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 13660
  • Thank you received: 36
  • Karma: 0
mittelspiel написал(а):
Конкретную ссылку дайте
Сейчас - подождите пожалуйста
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)

Квантовые эффекты в биологии 17 Июль 2011 11:25 #48

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 13660
  • Thank you received: 36
  • Karma: 0
mittelspiel написал(а):
Тем более непонятен вопрос, потому как водородная связь это ро определению и есть обобществленнный протон. он никуда не передается, он делокализоаан в этой связи. А протонироаание и
депротонирование это совсем другое
mittelspiel написал(а):
Какие именно статьи?
Конкретную ссылку дайте
Приводить статьи буду по хронологии их публикации (всегда так на компе храню)

начнем вот с этих двух

www.sciencedirect.com/science/article/pii/0009261478855195
pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja00509a012

вторая статья тех же авторов что и первая и является продолжением первой

что такое депротонирование и где об этом сказано в этих статьях ?

Отредактировано limarodessa (2011-07-17 15:26:22)
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)
Last Edit: 11 Март 2015 15:07 by Vladimirovich.

Квантовые эффекты в биологии 17 Июль 2011 11:35 #49

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Так дело не пойдет. У меня нет возможности читать все статьи.
Если есть конкретный вопрос по конкретному месту в конкретной статье то это другое дело

Квантовые эффекты в биологии 17 Июль 2011 11:38 #50

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • NOW ONLINE
  • Наместник
  • Posts: 35604
  • Thank you received: 78
  • Karma: 23
mittelspiel написал(а):
водородная связь это по определению и есть обобществленнный протон.
... то бишь запутанный по Игорю?
Значит между разошедшимися нитками ДНК такой связи больше нет, видимо и к разочарованию Игоря

Квантовые эффекты в биологии 17 Июль 2011 11:58 #51

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Прочитал я эту статью. Там насколько я понял речь идет не о физической передаче протона, а о химической реакции протонирования. В случае пар оснований ДНК так же известна под названием таутомеризация или мутагенез

Квантовые эффекты в биологии 17 Июль 2011 12:15 #52

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • NOW ONLINE
  • Наместник
  • Posts: 35604
  • Thank you received: 78
  • Karma: 23
Видимо, Игорь роет и не может смириться с мыслью, что пока квантовая запутанность тусуется, видимо, на малых расстояниях между молекулами во время химических реакций и взаимодействий

Квантовые эффекты в биологии 17 Июль 2011 12:32 #53

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 13660
  • Thank you received: 36
  • Karma: 0
mittelspiel написал(а):
В случае пар оснований ДНК так же известна под названием таутомеризация
Хайдук написал(а):
Игорь роет
Спасибо ребяты... цены вам нет :

www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0009261405005993
Quantum entanglement and nonlocal proton transfer dynamics in dimers of formic acid and analogues


...
Whether interconversion of hydrogen bonded centrosymmetric dimers of formic acid occurs through stepwise single-proton or pairwise double-proton transfer is a subject of controversy arising from a misleading treatment of proton dynamics. Quantum entanglement suggests a totally different mechanism. Dimers are in a superposition of indistinguishable tautomers for which interconversion is irrelevant. Disentanglement opens a tunneling channel for single-proton transfer across a nonlocal symmetrical double minimum potential. The nonlocal dynamics of a disentangled dimer is that of half-protons located at four sites with D2h symmetry.
...


Ищите и обрящите... стучите и отверзнется вам...
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)
Last Edit: 11 Март 2015 15:08 by Vladimirovich.

Квантовые эффекты в биологии 17 Июль 2011 12:35 #54

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Ну это классичесаая система с таутомеризацией.

Квантовые эффекты в биологии 17 Июль 2011 12:46 #55

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • NOW ONLINE
  • Наместник
  • Posts: 35604
  • Thank you received: 78
  • Karma: 23
limarodessa написал(а):
Quantum entanglement and nonlocal proton transfer dynamics in dimers of formic acid and analogues
Расстояния-то остаются малыми, наверное. По-видимому, пока только фотосинтез и компас птиц представляют некий нетривиальный интерес в смысле нового, неожиданного энтанглмента


limarodessa написал(а):
Disentanglement opens a tunneling channel for single-proton transfer across a nonlocal symmetrical double minimum potential. The nonlocal dynamics of a disentangled dimer is that of half-protons located at four sites with D2h symmetry.
Что понимают под нелокальной динамикой в условиях улетучившегося энтанглмента?

Квантовые эффекты в биологии 17 Июль 2011 12:54 #56

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Таутомеризация это классическая система,
И в каком-то смысле она представляет собой память.
В том же смысле как любая химическая связь.
Но для того чтобы хранить информацию длительное время таутомеры не подходят из-за нестабильности.
Более стабильная химическая связь при помощи которой можно записывать информацию это метилирование например. Так мы и подходим к пониманию современной эпигенетики

Квантовые эффекты в биологии 17 Июль 2011 13:14 #57

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • NOW ONLINE
  • Наместник
  • Posts: 35604
  • Thank you received: 78
  • Karma: 23
Полагаю, что в голове у Игоря запутаница о запутанности со сцеплённостью
. Приводил даже многомировую интерпретацию Хью Эверетта, но не развил её, не полез в детали, чурался неудобных вопросов

Квантовые эффекты в биологии 17 Июль 2011 17:53 #58

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Я полагаю, что в водной среде при физиологических условиях наличие квантовой запутанности означает наличие химической связи. И наоборот, любая химическая связь гарантирует запутанность участвующих в ней электронов

Квантовые эффекты в биологии 17 Июль 2011 18:35 #59

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • NOW ONLINE
  • Наместник
  • Posts: 35604
  • Thank you received: 78
  • Karma: 23
Если в компасе птиц запутанности хватает на микросекунды, то как оная возникает заново и заново?

Квантовые эффекты в биологии 17 Июль 2011 18:43 #60

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
про запутанность в компасе птиц это что, гипотеза? Я полагал что он работает по принципу геомагнитной локализации... То бишь чувствует магнитное поле и поле тяготения земли, как в любимых Крысом томагавках
Рейтинг@Mail.ru

Научно-шахматный клуб КвантоФорум