Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
18 Май 2016 17:00 #3666
А за рубежом к этому времени стали появляться публикации с первыми попытками осуществить ПЦР – полимеразную цепную реакцию. Теперь эту аббревиатуру знают все. В двух словах, ПЦР позволяет путем многократного синтеза ДНК-полимеразой одного и того же участка ДНК (а для этого достаточно даже одной матричной молекулы), намножающегося в геометрической прогрессии, извлечь его из генома, визуализировать, секвенировать – одним словом, прочесть по буквам кода. Этот новый методический прорыв в генной инженерии, отмеченный вскоре после полной доработки Нобелевской премией, поначалу делал лишь робкие шаги. И эти шаги не остались незамеченными Е.И. Шварцем. В нашем «колхозе» был и О.К. Кабоев, который к тому времени привез из очередной командировки на Дальний Восток ряд термофильных бактерий, выделил из них терморезистентную ДНК-полимеразу и описал ее свойства в J. Bacteriology. Такая полимераза являлась одной из главных составляющих ПЦР, которая проходила сменяющие друг друга фазы плавления ДНК (нагрев до 92˚С), отжига ДНК (охлаждение до 50˚С) и т.д. Используя Кабоевскую полимеразу из Thermus thermophilus, Женя Шварц впервые в России воспроизвел долгожданную ПЦР. Этот метод Шварц и Кабоев не только поставили в ОМРБ, но и обучили ему, снабдив полимеразой многие лаборатории России от Москвы до Новосибирска
Работа, в которой впервые были отработаны многие методы молекулярного клонирования, была успешно завершена в 1987 году. Именно в этот период была сформирована группа молодых активных талантливых исследователей, в которую первоначально входят С. Е. Хальчицкий, Е. М. Зайцева, О. К. Кабоев, А. А. Гольцов, Е. Н. Зайцев, и которая затем становится ядром разрастающейся лаборатории.
Коллектив, возглавляемый Евгением Иосифовичем, первым в СССР и одним из первых в мире применил метод полимеразной цепной реакции (ПЦР) для диагностики мутационных повреждений ДНК. Для этих целей О. К. Кабоевым выделена и использована ДНК-полимераза из культуры термофильной бактерии Thermus thermofilis, привезенной из экспедиции на Курильские острова
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
18 Май 2016 18:27 #3670
щас понюхал:
Полимера́зная цепна́я реа́кция (ПЦР) — экспериментальный метод молекулярной биологии, позволяющий добиться значительного увеличения малых концентраций определённых фрагментов нуклеиновой кислоты (ДНК) в биологическом материале (пробе).
стало быть, если ПЦР увеличила заметно концентрацию, то было каких-то дохлых фрагментов, но не (мШЭИ) фантомов же
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
18 Май 2016 18:33 #3671
Хайдук wrote:
щас понюхал:
Полимера́зная цепна́я реа́кция (ПЦР) — экспериментальный метод молекулярной биологии, позволяющий добиться значительного увеличения малых концентраций определённых фрагментов нуклеиновой кислоты (ДНК) в биологическом материале (пробе).
стало быть, если ПЦР увеличила заметно концентрацию, то было каких-то дохлых фрагментов, но не (мШЭИ) фантомов же
Ты бы Хайдук почитал публикации Монтанье о микоплазме... сейчас ссылки дам
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
18 Май 2016 18:39 #3674
limarodessa wrote:
Ты бы Хайдук почитал публикации Монтанье о микоплазме
наверно пока только Монтанье с Петровичем возятся с микоплазмой, мало всё-таки будет их обоих, нужно чтоб бОльше товарищей занялось ею дабы поднять (если повезёт) статистику и уверенность
'...We initially observed (Montagnier and Lavallee, personal communication) that some filtration procedures aimed at sterilizing biological fluids can yield under some defined conditions the infectious microorganism which was present before the filtration step. Thus, filtration of a culture supernatant of human lymphocytes infected with Mycoplasma pirum, a microorganism of about 300 nM in size, through filters of 100 nM or 20 nM porosities, yielded apparently sterile fluid. The latter however was able to regenerate the original mycoplasma when incubated with a mycoplasma negative culture of human lymphocytes within 2 to 3 weeks....'
…
‘…In addition to M. pirum, a more classical bacterium, E. Coli, was utilized for the purpose of the analysis….M. pirum is a peer-shaped small bacterial cell, ressembling M. pneumoniae, which can be grown in synthetic enriched medium (SP4) (Tully et al., 1977) but also mutiplies at the surface of human T lymphocytes. The strain (Ber) used in our experiments was isolated from a T lymphocyte culture derived from the blood of an apparently healthy subject (Grau et al., 1993). The strong mycoplasma adherence to lymphocytes is mediated by a specific adhesin, whose gene had been previously cloned and sequenced by the authors (Tham et al., 1994). We used as primary source of the mycoplasma, supernatants of infected human T lymphocyte cultures or of cultures of the CEM tumor T cell line. All cell cultures were first tested for the lack of M. pirum contamination by polymerase chain reaction (PCR) and nested PCR, before starting the experiments. Titers of 106-107 infectious Units/ml of M. pirum were readily achieved after 5-6 days of incubation following deliberate infection of both types of cultures….’
…
’…Filtration of the clarified supernatant was first performed on 0.45 M (450 nM) Millipore filters to remove debris, and subsequently on 0.1 M (100 nM) Millipore filters or on 0.02 M (20 nM) Whatman filters, to remove mycoplasma cells. Indeed, the two 100 nM and 20 nM filtrates were confirmed sterile when aliquots were incubated for several weeks in SP4 medium. Repeated search for traces of mycoplasma DNA by PCR and nested PCR using specific primers for the adhesion gene or for the 16S ribosomal gene was consistently negative. However when the filtrates were incubated for two weeks (100 nM filtrate) or three weeks (20 nM filtrate) with a culture of human activated T lymphocytes, the mycoplasma was recovered in the medium with all its original characteristics as previously observed…’
Второй материал – из архива препринтов и фрагмент из него :
’…The story started ten years ago when one of us (L.M.) studied the strange behaviour of a small bacterium, a frequent companion of HIV, Mycoplasma pirum, and like HIV a lover of human lymphocytes. L.M. was trying to separate the bacterium, which is about 300 nm in size, from viral particles whose size is about 120 nm by filtration using filters of 100 nm and 20 nm. Starting with pure cultures of the bacterium on lymphocytes, the filtrates were indeed sterile for the bacterium when cultured on a rich cellular medium, SP4. Polymerase chain reaction (PCR) and nested PCR, based on primers derived from a gene of M. pirum which had been previously cloned and sequenced, adhesin, were negative in the filtrate.
However, when the filtrate was incubated with human lymphocytes, (previously controlled for not being infected with the mycoplasma) the mycoplasma with all its characteristics was regularly recovered!…’
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
18 Май 2016 18:41 #3676
Хайдук wrote:
стало быть, если ПЦР увеличила заметно концентрацию, то было каких-то дохлых фрагментов, но не (мШЭИ) фантомов же
Азы-то знать надо. В отрицательном контроле пусто, т.е. контаминаций нет. В положительном искомая фракция ДНК, которая по секвенированию на 99% совпадает с исходной донорской ДНК. Детально у Вики. Скинул ей.
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
18 Май 2016 18:50 #3678
nonlocality wrote:
В отрицательном контроле пусто, т.е. контаминаций нет. В положительном искомая фракция ДНК, которая по секвенированию на 99% совпадает с исходной донорской ДНК.
и сколько раз это повторено, в условиях самых разных помех?
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
18 Май 2016 19:22 #3683
Молодец,Игорь!
Очень прицельно проиллюстрировал (вместе с Монтанье), что даже если микоплазму гарантированно отфильтровать, то ее фантом проходит сквозь фильтры (фантом - это физ. поле, его нельзя отфильтровать механически). И вот геном микоплазмы срабатывает в фильтрате, где нет самой микоплазмы, но фантом остался. И мы видим реконструкцию микоплазмы по ее фантомной матрице. То же и по отношению к ВИЧ, считает Монтанье. Достаточно фантома ВИЧ и человек заражается, поскольку ВИЧ реконструируется по его фантому. Какой удар для паразитирующей фармакологии! Никакие вакцины и химия не поможет. Нужны квантовые антибиотики, наподобие тех, что мы сделали для больных детей, пораженных патогенными бактериями. И дети были вылечены.
Мы пошли и дальше - танслировали ген NeuN на культуру стволовых клеток и запустили нейрогенез, т.е дифференцировку стволовыхв нейроны. И сам ген NeuN появился в культуре стволовых клеток и заработал, давая свой продукт - белок NeuN, который был флуорестцентно мечен и начал светиться. Статья готова, но есть несколько сторонних нюансов, с которыми предстоит разобраться. Кстати, Олег их увидел, как и мы...
В общем, Монтанье гигант и достоин 2-й Нобелевской. А его гноят. Но он в Китае имеет свой институт. Жаль, что последняя публикация его и соавт. опубликована 5 лет назад. Боюсь, засекретили. Боюсь, работает на войну. Китай будет страшен квантовым генетическим оружием. Это примерно то, чего добивается чукча со своим мШЭИ колхицина.
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
18 Май 2016 19:36 #3687
Хайдук wrote:
лишь ... 8 раз?? и эти 8 раз вы принимаете за надёжную статистику?? омфг
Я же говорю, работа продолжается. Получены обнадеживающие результаты. Будем работать с другими институтами РАН и зарубежьем, чтобы получить независимые подтверждения.
Волновой геном №32. Беседы с Петровичем о главном
18 Май 2016 19:40 #3689
Vladimirovich wrote:
Если бы Вы допетрили до этого двадцать лет назад...
Допетрил еще в 1984 году в Инст. Физ-Тех.Проблем АНСССР. Когда, будучи СНС и руководителем группы, получил фантомы ДНК и возват ФПУ на ДНК методом корр. лазерной спектроскопии. Цена этого - увольнение. И еще много других приключений.
