limarodessa написал(а):Я тоже так считаю что на этот вопрос Вы ответ легко найдете. Это вопрос принципиальный. Это для меня стартовая точка будет, когда я пойму решаемая проблема или нет. Добавлю к этому списку вопросов еще один: сидят ли нуклеосомы на ДНК при обмене гомологичными локусами у эукариот или нет, и если нет, то что с ними происходит.

mittelspiel написал(а):Проблема даже не в этом... Проблема в том что компьютера на котором предлагается считать в этой статье в мире просто еще не существует... У него совсем другой принцип действия и элементная база... Сейчас ученые бьются над тем чтобы создать такой комп. Но фишка в том что такой комп (что указано в выделенным мною жирным) позволяет сделать возможным то что Вы написали невозможным к настоящему времени

mittelspiel написал(а):limarodessa написал(а):Отредактировано limarodessa (2011-06-19 15:58:34)

limarodessa написал(а):Я думал Вы хотите решать конкретную задачу которую можно реально решить в течение нескольких месяцев.

limarodessa написал(а):Пока что я не вижу агрументов которые позволяли бы это свести к точечному процессу

mittelspiel написал(а):Вот эти ребята утверждают что у них такой комп есть

aqua.dwavesys.com/
www.dwavesys.com/en/dw_homepage.html

limarodessa написал(а):Да при чем тут комп. Мы пока с моделью не разобрались

mittelspiel написал(а):nar.oxfordjournals.org/content/32/22/6683.short

mittelspiel написал(а):

limarodessa написал(а):Вообще ничего похожего на суперкомпьютер

pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/bi00198a004

limarodessa написал(а):Вот это уже очень близко. Только это рекомбинация у бактерий. А Вы хотели эукариот. Разница очень большая.

mittelspiel написал(а):Это не суперкомпьютер. Современным суперкомпьютерам не под силу считать уравнение Шредингера без упрощений для больших молекул. А тому компьютеру который как они утверждают создали - под силу. Там квантовый параллелизм. двойка в степени числа кубитов. Тысяча кубитов и уравнение Шредингера для ДНК ваше. Но проблема в том что сегодня больше 15 кубитов соединить параллельно не могут.

P. S.

Я вообще считаю что природа их (тысячи кубитов) уже соединила в ДНК.

limarodessa написал(а):Аналогично. Это вообще упрощенная модельная система. До эукариот далеко

mittelspiel написал(а):Так или нет?

mittelspiel написал(а):Понимаете в чем все дело. Моя цель - выяснить - может ли ДНК обеспечить препятствование декогеренции (разрушению квантовой когерентности) внутри себя . В какой степени для этого нужны большие вычислительные мощности (суперкомпьютеры) мне пока что трудно сказать. Возможно кому то достаточно взглянуть на молекулу в базе и все станет ясно.

Я вижу два возможных варианта как природа могла бы препятствовать декогеренции в ДНК :

1. ДНК как естественная ловушка где времена химреакций обеспечивают сохранение когерентности (один беларуский ученый высказал в двух статьях такую мысль)
2. Квантовая коррекция ошибок когда в ДНК существует большое количество кубитов

Вообще кубитами на ДНК Хамерофф балуется

Отредактировано limarodessa (2011-06-19 16:28:21)

limarodessa написал(а):Это отличается от задачи моделирования кроссинговера которая мне была интересна

limarodessa написал(а):это как?

mittelspiel написал(а):Ну хорошо. Давайте как и договаривались не будем обращать внимание на мои интересы. На каком софте Вы видите перспективным делать ту задачу которая Вам интересна ?

mittelspiel написал(а):Вообще мысль о том что время химической реакции меньше чем время за которое разрушается квантовая когерентность некоторых орбиталей реагентов в химической реакции развивается российским академиком Салиховым. Но проблема в том что в ДНК реакции идут по нуклеофильному механизму и насколько здесь применимы эти построения трудно сказать. Ну а вообще ДНК имеет подобные кристаллам свойства. А в качестве ловушек для сохранения квантовой когерентности сейчас используют именно кристаллы. Кстати упомянутый мною в посте 194 беларуский ученый писал именно об использовании ДНК в качестве ловушки.

Отредактировано limarodessa (2011-06-19 16:42:46)

limarodessa написал(а):если покрутить молекулы начиная с какой-то конфрмации кроссинговера, то надо использовать софт для молекулярной динамики NAMD под UNIX (разработан группой Клауса Шультена, которого Вы выше цитировали). Но мне честно говоря было бы более интересно построить более простую модель без молекулярной динамики. Базируясь на ограниченном числе сотояний системы. Некоторые из них могли бы ьыть квантовыми.

limarodessa написал(а):можете кинуть ссылку?

mittelspiel написал(а):С удовольствием . Ждите. Вам только на английском или русский вариант тоже ?

limarodessa написал(а):да не важно

mittelspiel написал(а):Вот в этих двух статьях автор в одном абзаце пишет что в качестве ловушек препятствующих декогеренции могли бы выступать биомолекулы которые (в частности ДНК) обладают свойствами схожими с кристаллами

www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0079663801800159
iopscience.iop.org/1063-7869/42/5/R02;js...54C770B490FBD6E10.c2

при этом автор дает ссылки на вот эти две статьи (впрочем почему он делает такой вывод 12 лет назад мне честно говоря неясно)


www.pnas.org/content/94/20/10641.short
www.nature.com/nature/journal/v388/n6640/abs/388355a0.html

Отредактировано limarodessa (2011-06-19 16:57:28)

limarodessa написал(а):знаком с ним. уважаемый физик. но в биологии не разбирается

mittelspiel написал(а):Ну не знаю - там вроде рецензенты в журналах...

limarodessa написал(а):ну так там все правильно написано у него. и ничего конкретно по нашему вопросу

Игорь, митоз и мейоз обширное и сложное поле, а квантовую сцеплённость нужно конкретно/локально застукать. Может она вездесуща, а мы пока почему-то слепы и не замечаем её . Наверное численные методы молекулярной динамики никак НЕ заточены на обнаружение сцеплённости и значит не помогут.

Хайдук написал(а):Квантовая сцепленность разрушается в результате декогеренции. Поэтому она не вездесуща а если существует в природе то только в специальным образом организованных системах позволяющих управлять квантовой когерентностью на определенных временных интервалах. На сегодняшний день доказано существование квантовой когерентности в природе только в механизме фотосинтеза. Появились публикации в солидных журналах в которых предполагается наличие квантовой сцепленности в птичьем компасе

Хайдук написал(а):Посмотрите посты 24 и 92 в теме quantoforum.ru/biology/127-bazy-po-prost...-biomolekul?start=90 Базы по пространственной структуре биомолекул

Хайдук написал(а):Именно потому что механизмы митоза и мейоза весьма сложно организованы они не могут быть исключены как такие которые могут сохранять квантовую когерентность

limarodessa написал(а):