Ключевое слово
20 | 03 | 2019
Новости Библиотеки

Шахматы онлайн

Чессбомб

Welcome, Guest
Username: Password: Remember me

TOPIC: Контексты и комментарии генома

Контексты и комментарии генома 10 Март 2019 08:01 #1

  • hide
  • hide's Avatar
  • OFFLINE
  • Сокольничий
  • Fed quod potui, faciant meliora potentes
  • Posts: 345
  • Thank you received: 1
  • Karma: 1
Дополним Уотсона и Крика... ;)

Контексты и комментарии генома 10 Март 2019 08:47 #2

  • hide
  • hide's Avatar
  • OFFLINE
  • Сокольничий
  • Fed quod potui, faciant meliora potentes
  • Posts: 345
  • Thank you received: 1
  • Karma: 1
Тезис-корректировка вобл-гипотезы.
Трансляция аминокислоты задается первыми двумя нуклиотидами триплета ДНК (мРНК).Третий нуклеотид "воблирует" (вставляется случайным образом) не хаотично,а является "комментарием" трансляции - аналогом контекстной информации (как в программировании комментарий кода при написании).
Логические предпосылки:
...............to be continued
Last Edit: 10 Март 2019 09:38 by hide.

Контексты и комментарии генома 10 Март 2019 12:50 #3

  • hide
  • hide's Avatar
  • OFFLINE
  • Сокольничий
  • Fed quod potui, faciant meliora potentes
  • Posts: 345
  • Thank you received: 1
  • Karma: 1
СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ИНТЕРВАЛЬНЫХ ОЦЕНОК ИЗБЫТОЧНОСТИ СИНОНИМИЧНЫХ КОДОНОВ мРНК ЖИВОТНЫХ И ЧЕЛОВЕКА
Д. Б. Корнев, А. В. Дмитриев
"...С 1980 гг. и по настоящее время, результаты исследований избыточности синонимичных кодонов аминокислотами крайне ограничены. Авторами [2] показано, что родственные организмы имеют сходный тип предпочтения кодонов, т.е. частота использования одного кодона из серии синонимичных больше чем для других...
...Кроме того, многие тРНК способны опознавать не только «свой» кодон, но и некоторые другие. Как правило тРНК, распознающие более одного синонимичного кодона, опознают их с разной эффективностью. Все это также влияет на выбор кодонов...
...в хордовых и артроподах наиболее часто Ala кодируется GCC; Asn – AAC; Asp – GAC; Gln – CAG; Gly – GGA, GGC; His – CAC; Ile – AUC, Leu – CUG; Phe – UUC; Thr – ACC; Tyr – UAC; Val – GUG. Для аминокислот Arg, Cys, Glu, Lys, Pro и Ser частота использования синонимичных кодонов одинакова. Примечательно, что подобная схема выбора кодонов характерна и для человека. Кроме того, артроподы, хордовые и человек для кодирования аминокислот отдают предпочтение кодонам, содержащим G или C (частота 0.5); менее часто – A или U (частота 0.3)..."

Как минимум,уже просматривается первое различие - опознавание с различной эффективностью,а следовательно,регуляторная функция скорости синтеза и экспрессии данного протеина...
Last Edit: 10 Март 2019 15:47 by hide.

Контексты и комментарии генома 10 Март 2019 16:24 #4

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 35598
  • Thank you received: 78
  • Karma: 23
здаётся мне, что хайд на самом деле наймит под науськиванием Петровича, чтобы троллить тут про вобл-гипотезу и липовые сиомы одиозного ботаника :angry:
Last Edit: 10 Март 2019 16:47 by Хайдук.

Контексты и комментарии генома 10 Март 2019 16:27 #5

  • nonlocality
  • nonlocality's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 6762
  • Thank you received: 14
  • Karma: -15
hide wrote:
СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ИНТЕРВАЛЬНЫХ ОЦЕНОК ИЗБЫТОЧНОСТИ СИНОНИМИЧНЫХ КОДОНОВ мРНК ЖИВОТНЫХ И ЧЕЛОВЕКА
Д. Б. Корнев, А. В. Дмитриев
"...С 1980 гг. и по настоящее время, результаты исследований избыточности синонимичных кодонов аминокислотами крайне ограничены. Авторами [2] показано, что родственные организмы имеют сходный тип предпочтения кодонов, т.е. частота использования одного кодона из серии синонимичных больше чем для других...
...Кроме того, многие тРНК способны опознавать не только «свой» кодон, но и некоторые другие. Как правило тРНК, распознающие более одного синонимичного кодона, опознают их с разной эффективностью. Все это также влияет на выбор кодонов...
...в хордовых и артроподах наиболее часто Ala кодируется GCC; Asn – AAC; Asp – GAC; Gln – CAG; Gly – GGA, GGC; His – CAC; Ile – AUC, Leu – CUG; Phe – UUC; Thr – ACC; Tyr – UAC; Val – GUG. Для аминокислот Arg, Cys, Glu, Lys, Pro и Ser частота использования синонимичных кодонов одинакова. Примечательно, что подобная схема выбора кодонов характерна и для человека. Кроме того, артроподы, хордовые и человек для кодирования аминокислот отдают предпочтение кодонам, содержащим G или C (частота 0.5); менее часто – A или U (частота 0.3)..."

Как минимум,уже просматривается первое различие - опознавание с различной эффективностью,а следовательно,регуляторная функция скорости синтеза и экспрессии данного протеина...
Только что дал сжатое объяснение по поводу некоторых ваших недопониманий функций сиом-кодонов.
Но случайно стёр. Жаль. Но повторю.

То, что вы сейчас дали - уход в сторону таксономических различий. Они есть, но это не имеет отношения к стратегической проблеме ВЫБОРА в случае сиом-кодонов, которую вы не допоняли. Надо сначала разобраться со СТАНДАРТНОЙ таблицей генетического белкового кода для E.coli, а вы перескочили на другие классы биосистем. Для каждого из классов биосистем ген. код имеет небольшие различия. Это различия ДИАЛЕКТОВ, тактические различия. И с каждым из них надо работать отдельно. НО повторю, к проблеме СИОМИИ это имеет косвенное отношение.

И этот ва вывод: "Как минимум,уже просматривается первое различие - опознавание с различной эффективностью,а следовательно,регуляторная функция скорости синтеза и экспрессии данного протеина..." о различии опознаваний ничего не говорит о механизмах опознаваний в случаях таксономических диалектов. Но именно механизмы опознаваний стратегически важны. Предполагаю, что и в диалектах кодов они имеют тот же контекстный (смысловой) характер.

Контексты и комментарии генома 10 Март 2019 16:32 #6

  • hide
  • hide's Avatar
  • OFFLINE
  • Сокольничий
  • Fed quod potui, faciant meliora potentes
  • Posts: 345
  • Thank you received: 1
  • Karma: 1
nonlocality wrote:
Но именно механизмы опознаваний стратегически важны
Так ни кто ж не спорит.. :) Но,они,по-моему,лежат в области бихимии... :dontknow:

Контексты и комментарии генома 10 Март 2019 16:33 #7

  • hide
  • hide's Avatar
  • OFFLINE
  • Сокольничий
  • Fed quod potui, faciant meliora potentes
  • Posts: 345
  • Thank you received: 1
  • Karma: 1
Хайдук wrote:
здаётся мне....
:patstulom: :patstulom: :patstulom:

Контексты и комментарии генома 10 Март 2019 16:42 #8

  • hide
  • hide's Avatar
  • OFFLINE
  • Сокольничий
  • Fed quod potui, faciant meliora potentes
  • Posts: 345
  • Thank you received: 1
  • Karma: 1
nonlocality wrote:
но это не имеет отношения к стратегической проблеме ВЫБОРА в случае сиом-кодонов
Речь не об омонимах или сиомах...А о том,что синонимы в квартетах (дуплетах),каждый в отдельности,обладают неравнозначностью в эффективности трансляции.И из этой неравнозначности выбирается та,которая необходима для адекватной трансляции в данный момент...
Last Edit: 10 Март 2019 16:48 by hide.

Контексты и комментарии генома 10 Март 2019 16:42 #9

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 35598
  • Thank you received: 78
  • Karma: 23
hide wrote:
Хайдук wrote:
здаётся мне....
:patstulom: :patstulom: :patstulom:
:angry:
Last Edit: 10 Март 2019 16:46 by Хайдук.

Контексты и комментарии генома 10 Март 2019 19:45 #10

  • nonlocality
  • nonlocality's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 6762
  • Thank you received: 14
  • Karma: -15
hide wrote:
Так ни кто ж не спорит.. Но,они,по-моему,лежат в области бихимии...
Это предмет для комплексного изучения физиками, лингвистами, генетиками и биохимиками.

Контексты и комментарии генома 10 Март 2019 20:12 #11

  • nonlocality
  • nonlocality's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 6762
  • Thank you received: 14
  • Karma: -15
hide wrote:
Речь не об омонимах или сиомах...А о том,что синонимы в квартетах (дуплетах),каждый в отдельности,обладают неравнозначностью в эффективности трансляции.

ПГ: Неравнозначность синонимов для стандартного ген. кода E.coli (разберемся для начала с ним) ИСКЛЮЧЕНА для всех их восьми семейств. Они равнозначны в смысле кодирования своей одной и той же аминокислоты в каждом из восьми семейств. Каждое семейство кодирует СВОЮ и только СВОЮ аминокислоту, отличающуюся от кодируемых в других семействах. Удобнее для четкости пользоваться моим представлением Таблицы ген. кода www.scirp.org/journal/PaperInformation.aspx?PaperID=85202 (Табл.!).

И из этой неравнозначности выбирается та,которая необходима для адекватной трансляции в данный момент...

ПГ: Это из другой таксон-группы. Если эта неоднозначность относится к частотам использования син. кодонов, то такая неоднозначность не имеет отношения к однозначному синонимическому кодированию. А именно ее обсуждаем и сравниваем с неоднозначным шифрованием сиом-кодонов в Стандартной Таблице Кода.

Контексты и комментарии генома 10 Март 2019 20:33 #12

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 35598
  • Thank you received: 78
  • Karma: 23
ждём-с как ув. хайд будет ржать над этой вселенской брехнёй :rofl:

Контексты и комментарии генома 10 Март 2019 21:13 #13

  • hide
  • hide's Avatar
  • OFFLINE
  • Сокольничий
  • Fed quod potui, faciant meliora potentes
  • Posts: 345
  • Thank you received: 1
  • Karma: 1
Ладно...Подойдем по-другому. Зачем нужны кодоны-синонимы? Ведь,не для красоты повествования? :unsure:
Last Edit: 10 Март 2019 21:56 by hide.

Контексты и комментарии генома 10 Март 2019 21:29 #14

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 35598
  • Thank you received: 78
  • Karma: 23
коротче: незачем и никчему :tired:
Last Edit: 10 Март 2019 21:32 by Хайдук.

Контексты и комментарии генома 11 Март 2019 02:05 #15

  • Поршень
  • Поршень's Avatar
По идеологии «Группы Чукч...» все это ДНК-рнк «аминокислотное хозяйство» нужно для разметки пространства и передачи энергии для организации нитей-цепей, на базе которых строится био-компьютер осцилляторно нейронного типа.
Мнимое не совпадение третьего кодона это местные измы от того что «знатоки» якобы работают только с целыми числами трактуя, этим своё недопонимания другими числовыми измерениями, дробными например.
Отсюда весь этот волновой мусор.
Last Edit: 11 Март 2019 03:18 by Хайдук.

Контексты и комментарии генома 11 Март 2019 06:49 #16

  • nonlocality
  • nonlocality's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 6762
  • Thank you received: 14
  • Karma: -15
Поршень wrote:
По идеологии «Группы Чукч...» все это ДНК-рнк «аминокислотное хозяйство» нужно для разметки пространства и передачи энергии для организации нитей-цепей, на базе которых строится био-компьютер осцилляторно нейронного типа.
Мнимое не совпадение третьего кодона это местные измы от того что «знатоки» якобы работают только с целыми числами трактуя, этим своё недопонимания другими числовыми измерениями, дробными например.
Отсюда весь этот волновой мусор.
Хамская безграмотность.

Контексты и комментарии генома 11 Март 2019 13:10 #17

  • hide
  • hide's Avatar
  • OFFLINE
  • Сокольничий
  • Fed quod potui, faciant meliora potentes
  • Posts: 345
  • Thank you received: 1
  • Karma: 1
Чукчи пишут:
"...Основа этого лежит в том факте, что рибосома обеспечивает присоединение к цепи растущей молекулы 15-20 аминокислотных остатков в секунду, это требует наличие подобного "аминокислотного облака" в шаговой доступности для проведения хим.реакция по стандартным схемам..."

И не только аминокислотного,а также облака всех разновидностей тРНК и облака энзимов,регулирующих соединение аминокислот к тРНК и кодона к антикодону... :lol:
Last Edit: 11 Март 2019 13:11 by hide.

Контексты и комментарии генома 11 Март 2019 13:49 #18

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 35598
  • Thank you received: 78
  • Karma: 23
угу, а что, проблема есть? :dontknow:

Контексты и комментарии генома 11 Март 2019 15:20 #19

  • hide
  • hide's Avatar
  • OFFLINE
  • Сокольничий
  • Fed quod potui, faciant meliora potentes
  • Posts: 345
  • Thank you received: 1
  • Karma: 1
Ага...И ты с ними? ;)

Контексты и комментарии генома 11 Март 2019 15:39 #20

  • Поршень
  • Поршень's Avatar
Дело в том, что «Группа Чукч...» по всей видимости выделили для примера аминокислоты, остальное естественно также присоединяется к этой «цепи данных» но в виде структурных элементов для био-компьютера как «передаточных узлов-триггеров- усилителей...и т.д.»

Контексты и комментарии генома 11 Март 2019 15:54 #21

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 35598
  • Thank you received: 78
  • Karma: 23
долдоня о био-компьютере чукчы льют воду на мельницу ... Петровича :tired:
Last Edit: 11 Март 2019 15:56 by Хайдук.

Контексты и комментарии генома 12 Март 2019 15:44 #22

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 35598
  • Thank you received: 78
  • Karma: 23
nonlocality wrote:
Неравнозначность синонимов для стандартного ген. кода E.coli (разберемся для начала с ним) ИСКЛЮЧЕНА для всех их восьми семейств. Они равнозначны в смысле кодирования своей одной и той же аминокислоты в каждом из восьми семейств. Каждое семейство кодирует СВОЮ и только СВОЮ аминокислоту, отличающуюся от кодируемых в других семействах.
интересно как визард хайд относится к этой фиолетовой брехне Петровича? :popcorn:
Last Edit: 13 Март 2019 13:24 by Хайдук.

Контексты и комментарии генома 13 Март 2019 09:26 #23

  • nonlocality
  • nonlocality's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 6762
  • Thank you received: 14
  • Karma: -15
Напоминание Хайду:

Перечитайте нашу статью о сиомии ген кода www.scirp.org/journal/PaperInformation.aspx?PaperID=85202
Могу дать Русский оригинал статьи в личку.

Кодоны AAU и ААС - синонимы (внутрипарная синонимия) и они кодируют Аспарагин, но два других кодона того же семейства четвёрки UU синонимично кодируют Лизин (тоже внутрипарная синонимия). НО (!) две этих пары синонимов кодируют РАЗНЫЕ аминокислоты - Аспарагин и Лизин (МЕЖПАРНАЯ ОМОНИМИЯ (!). Вот тут-то и понадобится контекстная ориентация с делегированием иного буквенного значения виртуально вобулирующего 3'-нуклеотида каждой из этих омонимично противостоящих пар. Помните пример "я забыл коГсвоей квартиры"? По этому контексту надо делегировать значение буквы Д вместо Г, чтобы получилось осмысленное слово КОД. Поэтому тут несколько сложнее рассуждать надо. И ваше утверждение-вопрос "Есть ли 100% уверенность,что белок ,транслируемый одним из синомимов (для аспартата их два),абсолютно одинаково функционирует, вне зависимости от выбора кодона - синонима?" правильно по отношению к внутрипарной синонимии кодонов AAU и ААС, но ошибочно для другой внутрипарной синонимии UUU и UUG. И не путайтесь с кодами ДНК и мРНК. Напомню, что в мРНК вместо Т cтоит U. Таким образом UU семtйство (четверка по первым двум буквам, по Лагерквисту) требует мРНК контекстной ориентации для делегирования значения буквы для вобулирующего 3'-нуклеотида. Иначе может произойти ошибка в выборе аминокислоты для кодируемого белка.

Контексты и комментарии генома 13 Март 2019 09:40 #24

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 13660
  • Thank you received: 36
  • Karma: 0
Кругом злодейства !.. :unsure:
Страсти - это ветры, надувающие паруса корабля, иногда они его топят, но без них он не мог бы плавать. (Вольтер)

Контексты и комментарии генома 13 Март 2019 09:58 #25

  • hide
  • hide's Avatar
  • OFFLINE
  • Сокольничий
  • Fed quod potui, faciant meliora potentes
  • Posts: 345
  • Thank you received: 1
  • Karma: 1
Об омонимах - пока отложим...Проблема :В чем смысл синонимичности (избыточности) кода? Ведь он не дает разнообразия при трансляции для приспособляемости, а мутации кодонов можно просто перекрыть аналогичными дубликатами...
Last Edit: 13 Март 2019 10:01 by hide.

Контексты и комментарии генома 13 Март 2019 10:32 #26

  • Vladimirovich
  • Vladimirovich's Avatar
  • NOW ONLINE
  • Инквизитор
  • Posts: 77017
  • Thank you received: 1002
  • Karma: 81
hide wrote:
Проблема :В чем смысл синонимичности (избыточности) кода?
Петрович неспособен дать ответ :)
Впрочем тут про Крика

А про Петровича тут quantoforum.ru/nobelprize/2942-volnovoj-...ovichem-o-tripletakh
Vladimirovich wrote:
Говорить же, что значение 3го нуклеотида зависит от первых двух, с математической точки зрения есть сугубая схоластика, и, не побоюсь этого слова, брехня.
Это как говорить, что значение последнего ноля на денежке зависит от первых двух
Мы и так знаем, что 100 это это не 500

Внятного ответа нет. :glasses:
Каждому - своё.

Контексты и комментарии генома 13 Март 2019 10:41 #27

  • nonlocality
  • nonlocality's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 6762
  • Thank you received: 14
  • Karma: -15
hide wrote:
Об омонимах - пока отложим...Проблема :В чем смысл синонимичности (избыточности) кода? Ведь он не дает разнообразия при трансляции для приспособляемости, а мутации кодонов можно просто перекрыть аналогичными дубликатами...
Так вы уже ответили. Избыточность синонимов для того и нужна, чтобы "перекрыть" поврежденные кодоны-синонимы.
Вообще, легко заметить, что в Коде Сиомы и Синонимы находятся в позиции Инь-Ян. Гегелевское единство и борьба противоположностей.

Контексты и комментарии генома 13 Март 2019 11:06 #28

  • nonlocality
  • nonlocality's Avatar
  • OFFLINE
  • Петрович
  • Posts: 6762
  • Thank you received: 14
  • Karma: -15
Vladimirovich wrote:
Vladimirovich wrote:
Говорить же, что значение 3го нуклеотида зависит от первых двух, с математической точки зрения есть сугубая схоластика, и, не побоюсь этого слова, брехня.
Это как говорить, что значение последнего ноля на денежке зависит от первых двух
Мы и так знаем, что 100 это это не 500

Внятного ответа нет.
Зависит не от первых двух, но от контекста мРНК. Главное-то и не поняли...
И еще поправка: сначала определяется контекст-зависимое значение 3-й буквы (вспоминаем пример с коГ и коД. Только После этого ВЕСЬ сиом-кодон приобретает ТОЧНЫЙ смысл-значение, что ведет к правильному выбору одной аминокислоты из двух разных. А также аминокислоты или стоп позиции, если рибосома встретила сиом кодон из из TG или TA семейств дублетов (первых двух букв сиом кодонов, где кодируется и стоп-позиция). См.
www.scirp.org/journal/PaperInformation.aspx?PaperID=85202

Контексты и комментарии генома 13 Март 2019 11:36 #29

  • hide
  • hide's Avatar
  • OFFLINE
  • Сокольничий
  • Fed quod potui, faciant meliora potentes
  • Posts: 345
  • Thank you received: 1
  • Karma: 1
nonlocality wrote:
Избыточность синонимов для того и нужна, чтобы "перекрыть" поврежденные кодоны-синонимы.
Тут что-то не так... :mad: У Природы всё чётенько.Не может быть,чтобы кодировка одной АК четырьмя РАЗНЫМИ кодонами не имела дополнительной функциональной нагрузки,кроме дублирования... :?
Last Edit: 13 Март 2019 11:52 by hide.

Контексты и комментарии генома 13 Март 2019 11:43 #30

  • Vladimirovich
  • Vladimirovich's Avatar
  • NOW ONLINE
  • Инквизитор
  • Posts: 77017
  • Thank you received: 1002
  • Karma: 81
nonlocality wrote:
Зависит не от первых двух, но от контекста мРНК. Главное-то и не поняли...
Как это не поняли?
500 очень даже зависит от контекста - рублей или евро :)
nonlocality wrote:
И еще поправка: сначала определяется контекст-зависимое значение 3-й буквы (вспоминаем пример с коГ и коД. Только После этого ВЕСЬ сиом-кодон приобретает ТОЧНЫЙ смысл-значение
Ну и что? Это схоластика
Определяем 500 или 100. Какая нам разница, какое ТОЧНЫЙ смысл-значение у последнего ноля?
Ну вот какая?
Мы знаем, что это разные вещи
Каждому - своё.
Last Edit: 13 Март 2019 11:47 by Vladimirovich.
Рейтинг@Mail.ru

Научно-шахматный клуб КвантоФорум