Нет, не вижу. Я уже округлил до %, а вы еще нет. В этом разница? ))

Вечером продолжим.

Вы ничего не округлили. Вы не закончили запись и только. Причём в проценты вы результат перевели не правильно. Сначала надо пропорцию составить, а потом уже перейти к процентным соотношениям. Если вы писали сразу в %, то не понятен ваш вопрос по поводу равенства 1. Вы частотные или долевые показатели спутали с процентными %.
Вечером это обсуждать не будем, у нас с вами разные зрительные галлюцинации.

Отредактировано ХаХа (2012-06-29 16:45:56)

Я все-таки не получил ответа, какова частота встречаемости нуклеотидов в цепочке ДНК. Ну, один пример тут привели, где частоты оказались такие: A - 31%, T - 25%, C - 31% и G - 13%. Но ведь это всего лишь один пример. А где статистика примеров? Насколько эти частоты универсальны или специфичны для различных организмов? А где статистика пар букв, троек букв и т.д.? Скажем, если я захотел узнать частоты встречаемости букв английского алфавита, то вот qps.ru/tUgdL Ссылка. Эти частоты являются средними, надо думать, по представительному корпусу английских текстов. А в случае нуклеотидов что известно, т. LUKA?

Скажем, если я захотел узнать частоты встречаемости букв английского алфавита, то вот Ссылка. Эти частоты являются средними, надо думать, по представительному корпусу английских текстов. А в случае нуклеотидов что известно, т. LUKA?

= смысл текста не передается ни последовательностью его букв, ни тем более, средними частотами их встречаемости.

---

ХаХа ведь сразу спрашивает и ставит задачу -

П.1 Насколько мне удалось разобраться в нуклеотидной последовательности, то научные работники из этой сферы, работают не с кодонами, а с аминокислотами которые им соотвествуют, которых как они говорят 20 (кто-то 21)

П.2 Задача ставиться такая: Исходя из чего (т.е. каков посыл) расставить соответствие кодон - буква руcского алфавита.

П.4 Символьный аппарат русского алфавита как нельзя удачно вписывается в данную кодоновую запись.



А Вы самоедствуюте.
И английский приплели со ссылкой зачем-то . Ведь четко сказано – буквы должны быть - из русского алфавита.

---

Хотя любой анализ любой последовательности букв или цифр может и пригодится, но впечатление такое, что это опять «Торсион» - уволенный администратором ППГ из своего сайта – просто Прикалывается.

Кстати, его виртуальный учитель ЛУКА всерьез считает самой вредной верхушкой айсберга физика Гаряева - в биологии )
Ведь такое Хайдуку и не придумать.

самоед написал(а):GC-состав и доля ди- и некоторых других последовательностей специфичны для таксонов. Есть частотные закономерности, характерные и почти для всех организмов - в общем, это довольно большая тема.

LUKA написал(а):Сходил по qps.ru/7y4b0 одной из Ваших ссылок. Не понял, если в первоначальном генетическом коде было не 4, а 2 буквы, то какие именно из четырех? Или они вообще были другие?

Не, тут емеются в виду не буквы, а кодоны. 3 буквы =1 кодон, 1 кодон = 1 аминокислота. Но буквы в кодонах одной и той же кислоты м быть разными — т еодну и ту же аминокислоту может кодировать не 1 или 2, а даже 6 кодонов. Это надо, чтобы в случае сбоя в одном из кодов, другой кодонон взял эстафету и продолжил кодировать без ошибок.

А, понятно, тогда получалось всего 4х4 = 16 аминокислот при 4 буквах. Меня вот это место там сбило:
Тогда тоже 16 аминокислот получается, но достаточно и 2 букв: (2х2)х(2х2) = 16. Правда, при этом используются не 2 префикса ИЛИ 2 суффикса, а 2 префикса И 2 суффикса.

Поскольку существует 4 различных нуклеотида, то общее число кодонов равняется 64, из которых 61 кодируют определённые аминокислоты, а 3 оставшихся кодона (UGA, UAG и UAA) сигнализируют об остановке трансляции полипептидной цепи и называются стоп-кодонами Это из Вики по запросу кадон

А аминокислот известно 100. наиболее древние - это 20 (или 21) аминокислот, которые собсно и рулят органикой, а остальные, помоложе, типа производные от них. Зачем нужны эти производные , не участвующие в образовании белка- пока не врубаюсь. надо разобраться .

Кстати, прикольно- 64 кодона и 64 клетки в шахматах. Может, люди интуитивно угадали число природы? ))

Да, я это уже понял. Только вот подозреваю, что 64 клетки в шахматах появились не сразу, а в результате длительной конкуренции, эволюции. Поначалу могло быть и меньше, и больше. То же и с 4 нуклеотидами. Поначалу их тоже могло быть больше-меньше. Скажем, если мы возьмем обычный алфавит, то когда-то гласные буквы в нем не фиксировались, а фиксировались одни согласные, хотя гласные ЗВУКИ, конечно, были для перемежения согласных, а иначе и говорить-то невозможно. Греки же додумалить включить в алфавит и гласные буквы. Отсюда у меня вопрос: какие из 4 нуклеотидов гласные, как бы, и какие согласные?

Отсюда у меня вопрос: какие из 4 нуклеотидов гласные, как бы, и какие согласные?

Похоже, это в тему Лингвистика, генетика и мозх ))) Не, язык людей и язык нуклеотидов - разные вещи. Просто назвали условно, чтобы легче было представить.

Угу написал(а):Понятно, что разные. Но некоторые аналогии быть должны. Чем отличаются гласные от согласных? Звуки ясно чем отличаются, а буквы? Например, в русской азбуке согласных вдвое больше, чем гласных, но на письме их соотнонение меньше: не 2 к 1, а только 4 к 3, т.е. согласные буквы встречаются относительно реже, чем гласные, а значит, согласные буквы ценнее, информативнее. Нечто подобное можно ожидать и для нуклеотидов. Выше в одной из ДНК встречаемости нуклеотидов были такие: A - 31%, T - 25%, C - 31% и G - 13%. Курьезно, но если гласными здесь считать С и G, а А и Т согласными (хотя скорее наоборот), то получится, что отношение числа гласных к числу согласных будет 44 : 56, что близко к 3 : 4. Хотите узнать, в каком тексте, возьмем текст посвежее, доля гласных (обычных, к которым еще припишем букву Й) будет равна 44.0%? Можете полюбоваться:

Указ О порядке установления уровней террористической опасности, предусматривающих принятие дополнительных мер по обеспечению безопасности личности, общества и государства. qps.ru/Jbi9h Полный текст указа.

А в последнем бюджетном послании Путина для сравнения эта доля равна 43.8%.

Отредактировано самоед (2012-07-01 16:07:52)

///Понятно, что разные. Но некоторые аналогии быть должны. Чем отличаются гласные от согласных? ///

Для Вас вопрос - что впереди - программа (схема, чертеж и тд) - или кирпичики из чего строятся чего-либо. Типа - из любой последовательности кирпичиков (нуклеотидов, АК, сахаров и тд) - мог бы возникнуть Слон без четежа хобота и бивней? Реальный слон. А не инфузория, построенная из того же материала.
= любые буквы способны к самосборке?
= интересны любые мнения, но не пишите так уверенно, что сахар в ДНК - глюкоза.

Для Чукчей тоже вопрос - что первичнее - обобществленные эмоции в возникновении эгрегора - или сам эгрегор.

Выше в одной из ДНК встречаемости нуклеотидов были такие: A - 31%, T - 25%, C - 31% и G - 13%. Курьезно, но если гласными здесь считать С и G, а А и Т согласными (хотя скорее наоборот), то получится, что отношение числа гласных к числу согласных будет 44 : 56, что близко к 3 : 4. Хотите узнать, в каком тексте, возьмем текст посвежее, доля гласных (обычных, к которым еще припишем букву Й) будет равна 44.0%? Можете полюбоваться:
Указ О порядке установления уровней террористической опасности, предусматривающих принятие дополнительных мер по обеспечению безопасности личности, общества и государства. Полный текст указа.
А в последнем бюджетном послании Путина для сравнения эта доля равна 43.8%.

Кстати, интересный феномен - А может быть в комплиментарной паре только с Т, а С- только с G. если например, делать разбивку: А- гласная, Т-согласная, С-гласная, G-согласная, то по Вашим данным А и С встречаются чаще. А если учитывать, что в языке согласных больше, то значит Аи С - согласные, а Т и G - гласные. Хотя про гласные согласные это фигня, а вот про то, как часто они встречаются в том или ином гене- это м б очень важно.

Насчет сахара в Днк и глюкозы- It s my mistake , в другой теме было. Вот текст по хим формуле ДНК и РНК

У всех живых существ макромолекулы ДНК построены по одному и тому же плану. Они слагаются в основном из одних и тех же нуклеотидов, каждый из которых содержит по одной молекуле фосфорной кислоты и сахара, а также одно из четырех азотистых оснований — аденин, гуанин, цитозин или тимин. Аденин и гуанин являются пуриновыми основаниями, тогда как тимин и цито- зин — пиримидиновыми. Пурины и пиримидины называют основаниями по той причине, что в кислой среде они способны присоединять к себе ион H'1'. Пиримидины являются производными шестичленного пиримидинового кольца, тогда как пурины представляют основания, у которых второе пятичленное кольцо слито с шестичленным кольцом.
Сахаром в ДНК является 2-дезокси-D-рибоза, отличающаяся от глюкозы тем, что в ее молекуле не 6, а 5 атомов углерода, т. е. является пятиуглеродным са-харом (пентозой). Особенностью этого сахара является также то, что он имеет атом водорода (Н), присоединенный к одному (специфическому) из атомов уг-лерода, но не гидроксильную группу. Следовательно, этот сахар представляет собой дезоксирибозу, т. к. он является рибозой, лишенной кислорода.
Сахарофосфат соединяется с азотистым основанием посредством р-гликозидной связи. Основание прикрепляется к I положению де-зоксирибозы. Структура, образованная соединением азотистого основания и сахара, носит название нуклеозида. Таким образом, химическими группами, которые образу-ют ДНК, являются пуриновые и пиримидиновые азотистые основания (аденин, гуанин, тимин и цитозин), сахар (2-дезокси-D-рибоза) и фосфорная кислота.
РНК характеризуется такой же структурой, как и ДНК. Однако в отличие от ДНК в РНК сахаром является рибоза с кислородом, представляющая собой са-хар с 5 атомами углерода, к одному из которых прикреплена 2'-гидроксильная группа (-ОН). Кроме того, в РНК тимин не имеет метильной группы и является урацилом, т. е. в РНК тимин заменен на урацил, также являющийся пиримиди-новым основанием.
Нуклеиновые кислоты называют кислотами по той причине, что их фосфатные группы освобождают в растворах ионы водорода.

Есть ещё несколько аналогий, которые интересны своей совокупностью, так как в них достаточно интересно проявляется структура современного русского алфавита, ряда натуральных чисел и позвоночника человека. Я приведу её всю сразу, без пояснений (спорность возможна), дам как наблюдаемый факт.
Берём ряд натуральных числе от 3 до 35 и представим их в виде сомножителей. Получим:
1. 7 чисел, которые имеют три и более сомножителей (единицу в качестве сомножителя не принимаем во внимание). Числа следующие [12,18,20,24,27,28,30];
2. 12 чисел, которые имеют только два сомножителя, которые можно разнести на две группы по 6 чисел в каждой - [6,10,14,22,26,34] и [9,15,21,25,33,35];
3. 10 чисел, которые не имеют сомножителей, в математике такие числа называются простыми – [3,5,7,11,13,17,19,23,29,31];
4. 4 числа, в качестве сомножителя которых входит только число 2 – [4,8,16,32].

Структурное разбиение позвоночника человека с разбиением букв русского алфавита по этой же структуре.

1. Шейные позвонки - (Л, М, Н, Р, Ц, Ч, Щ) - непарные согласные - числа имеющие три и более сомножителей - [12,18,20,24,27,28,30] = 7 штук;
2. Грудные позвонки - (Б, В, Г, Д, Ж, З, П, Ф, К, Т, Ш, С) - парные согласные - числа имеющие только два сомножителя [6,10,14,22,26,34] и [9,15,21,25,33,35] - 6 пар = 12 штук;
3. Поясничные и крестцовые позвонки - (А, О, Э, Ы, У, Я, Ё, Е, И, Ю) – гласные (5 гласов и 5 полугласов ) - простые числа [3,5,7,11,13,17,19,23,29,31] = 10 штук;
4. Копчиковые позвонки - (Х, Й, Ь, Ъ) - звукофонемная неопределённость - числа имеющие в качестве сомножителя только число 2 - [4,8,16,32]= 4 штуки.
Исходя из этого, мною и был поставлен вопрос о возможном разбиении группы кодонов которым соответствуют известные (и не совсем известные) аминокислоты.
Поскольку структуру позвоночника 4 + 10 + 12 + 7=33, реализовывала нуклеотидная последовательность (аминокислоты), то может схожая структура заложена и в ПН?
Есть ещё одна группа «образов» которые можно представить в виде структуры 4 + 10 + 12 + 7 = 33, но она не совсем в тему (как говориться).

ps. Если попытаться абстрагироваться от тонкостей и деталей наук которые описывают ПН (биологию и химию), ПН где встречается урацил, я бы отнёс к фантому ПН, задача которой перенести инфу из пункта А в пункт В и по фантому выстроить реальный объект. Т.е. при декодировочном анализе ПН перевёл бы её в некий стандарт, т.е. заменил бы U на T.

Отредактировано ХаХа (2012-07-01 19:38:42)

Угу написал(а):Тут какая-то нестыковочка. Если гласных и согласных поровну, по две, то согласные, как более ценные, должны вроде бы встречаться не чаще, а реже. Но если они будут реже встречаться, то на наш алфавит непохоже будет, чего не хотелось бы. Я хочу сказать, что гласных вряд ли две, скорее одна или полторы.

ХаХа написал(а):Это очень интересно. Но я наблюдаю тут некоторые натяжечки, например, с буквами Х и И. Чем согласная Х (не число 4) отличается от других непарных согласных? 10 гласных тоже разбиваются не 5 + 5, а скорее 6 + 4.

Отредактировано самоед (2012-07-01 19:23:04)

Я написал, что спорность возможна и я её обсуждать не хочу. По Х и Й есть звукофонемная неопределенность поэтому тоже не хочу обсуждать. Привёл структуры как факт, поэтому предлагаю либо принять, либо идти на другую ветку, к лингвистам. Гласные делятся 5 + 5 =10. А-ЙА=Я; О-ЙО=Ё; Ы-ЙЫ=И; Э-ЙЭ=Е;У-ЙУ=Ю. Тоже спорить не хочу, коль есть такой подход.

Отредактировано ХаХа (2012-07-01 19:51:46)

Бояре, я предлагаю Вам для оффтопа создать отдельную тему, или даже воспользоваться одной из уже существующих.
Хвост дискуссии перемещен в Книга флуда и оффтопа - 2

Тем более, что цель перевода из Латинского алфавита в Русский так и не ясна? ... расфасовка на гласные и согласные тоже? .. Замените это алфавит на числовой и добавьте туда цифры валентности молекулы до третьего знака после запятой ... и все эти мифы пропадут ... а то получается попытка выхода на контекстное чтения по скрытому смыслу божественному а ля Петя Гаряев ... Природа не терпит фальшивой сложности ...
ps
В супермаркетах, по большому счету, продается только две вещи – мешки для мусора и мусор для мешков.

П.87 Vladimirovich – Лучше вернуться к основной теме.

Вы абсолютно уверены, что анализ любых текстов применим к последовательности нуклеиновых кислот или наоборот ?)

Тут только Ха-Ха и ЛУКА так считают. И анализируя частоту встречаемости нуклеотидов и их двоек, троек, четверок в геноме человека, сравнивая ее с русским языком - всерьез оперируют понятиями - кодоны и аминокислоты , где 98% ДНК - не имеет отношения к аминокислотам делают какие-то выводы.
И анализирую последовательность мтДНК, не учитывают активное редактирование мтРНК, что делает сравнение таких частот бессмысленным.

---

Типа -
П.77 Есть ещё несколько аналогий, которые интересны своей совокупностью, так как в них достаточно интересно проявляется структура современного русского алфавита, ряда натуральных чисел и позвоночника человека. Я приведу её всю сразу, без пояснений (спорность возможна), дам как наблюдаемый факт….

…Исходя из этого, мною и был поставлен вопрос о возможном разбиении группы кодонов которым соответствуют известные (и не совсем известные) аминокислоты.

---

Или - частное мнение ЛУКИ на физиков в биологии

П.36 Есть определённый опыт - студенты, приходящие в биологию из физфаков, как правило, довольно слабы - есть опыт общения и работы Мне приходилось слушать лекции таких физиков - наивность иногда просто поражает. Это просто эмпирический факт - физики намного чаще чудят в биологии. ППГ - это просто вершина айсберга
Отредактировано LUKA (2012-06-29 07:58:34)

---

= а малейшую критику сразу бегут жаловаться, успевая походу обкакать невинные возражения ника самоеда...
= Ваше и Хайдука конкретные мнения на эту тему интересно было бы услышать...

Ув. ЛУКА поставил перед нами некоторую, забыл уже какую проблему, свзанную с симметриями кодоноф или whatever. Упорядоченность и симметрии телесно-морфологической структуры живых организмов очевидны. Вопрос такой: как это якшается с симметриями, о которых талдычил ЛУКА ?

ОК написал(а):Нет, совершенно не уверен. Даже скорее наоборот.
Впрочем, я не биолог.

Ув. ЛУКА поставил перед нами некоторую, забыл уже какую проблему, свзанную с (п.89)

Не только эту.
Четыре дня решали проблемму, с проскакиванием пяти стоп-кодонов в гене Алу1.

Теперь воюет с этой. Переводом ...

Впрочем, я не биолог. (п.90)

Впрочем - он тоже. Но и не математик.

Просьба к пишущим, помнить о том что писалось выше. В данной теме, напоминаю, ставится вопрос: Каков посыл в возможной процедуре сопоставления 32 букв русского алфавита (пост №2 как пример).
Примером может служить пост№77. В одной книге вычитал, (не дословно), Крик сказал: Если не знаешь функции изучай структуры.
Примеры структуры 4 + 10 +12 + 7 =33 я в посте № 77 привёл.
Обращение моё связано с отсутствием знаний в области физикохимических свойств 20 (а кто и 21) аминокислот.
Для того чтобы увидеть структуру позвоночника нужно быть медиком или Андреем Визалием,
для того чтобы увидеть структуру натуральных чисел нужно быть Пифогором или закончить как минимум 4 класса общеобразовательной школы, чтобы увидеть структуру русского алфавита нужно быть русским и тоже неплохо учиться в школе, но чтобы увидеть структуру (схожую с приведённой в посте № 77) аминокислот нужно быть опытным .... сами знаете кем. Вот я и спрашиваю сами знаете кого, возможно ли группирование аминокислот по каким-то свойствам в схожую структуру.
ps
Частотный вариант я предложил для затравки и благодарю LUKA. за его помощь, так как если схожая структура (хотя бы в урезанном варианте, так как аминокислот 20, а сгруппировать надо 33) для аминокислот всё же найдётся, то это будет только групповое соответствие, а не поэлементное, поэтому частотный анализ для группы уже можно проводить с большей уверенностью в верности получаемой расстановки кодон - буква русского алфавита.

Отредактировано ХаХа (2012-07-02 20:16:00)

Вернется он, так как в его попытках есть некий смысл, правда только что дешифрирования текстов кодонов по написанию их названия без ввода дополнительных характеристик , это примерно то же самое, что показывать путь к коммунизму ...
ps
Если у вас нет гипертонии, остеохондроза, машины, квартиры, мебели и алиментов… значит вы молоды и у вас всё впереди…

Благодарю модератора, за то что поступились принципами, я вам честно скажу, привык реагировать на слова ЛЮБЫЕ, и на гадости тоже, но после этого как-то не очень получается настроится на простой человеческий разговор.
Вот что мне удалось пока найти.
Классификация аминокислот, основанная на полярности радикалов.
12 аминокислот (может быть совпадение, но одна группа из структуры 4 + 10 + 12 +7 налицо, смотри пост №77)
6 штук: Неполярные R-группы: Глицин, Аланин, Валин, Лейцин, Изолейцин, Пролин
6 штук: Полярные, незаряженные R-группы: Серин, Треонин, Цистеин, Метионин, Аспаргин, Глутамин
Аналог звонких и глухих согласных (Б, В, Г, Д, Ж, З, П, Ф, К, Т, Ш, С)
Далее
2 аминокислоты Отрицательно заряженные R-группы: Аспаргиновая кислота, Глутаминовая кислота
3 аминокислоты Положительно заряженные R-группы: Лизин, Аргинин, Гистидин
3 аминокислоты Ароматические R-группы: Фенилаланин, Тирозин, Триптофан
С этими сложно
В общем классификация осуществляется по тем или иным свойствам R-групп. Кстати возможно и гипотетически предсказать существование «ещё неких» аминокислот, если удастся «наложить» на них структуру 4 – 10 – 12 – 7

Отредактировано ХаХа (2012-07-05 14:34:46)

Тема почищена. Лишнее в спец.теме quantoforum.ru/nobelprize/203-nobelevski...mitet-zakroma-org-16 Нобелевскiй комитетъ. Закрома.org (№16)