Допускаю даже, что первичный мШЭИ вообще фантомный...

mishabara написал(а):Если частота лазера 640 МГц вызывает колебания порядка 10-15 кГц, то процесс очевидно нелинейный.

mishabara написал(а):Но поскольку имеет место потеря информации, и отсутствуют всякие оценки данных потерь, то совершенно неясно, существовало ли оно, вторичное возбужденное ЭМ поле.

mishabara написал(а):Поскольку уравнение Матье линейно, то случай не тот, и Вам лучше подыскать иное объяснение.

Впрочем, у Вас есть шанс найти и привести формулы случайно возникающего параметрического резонанса с понижением частоты в данном случае. Это процесс все еще линейный, и подпадает под уравнение Матье.
Но тогда придется подумать, причем ту солитоны

Vladimirovich написал(а):возражений нет ..

Vladimirovich написал(а):существует, явление было открыто в 1839 году Хайнрихом Вильхельмом Дофе и само вторичное возбуждение зарегистрированы при помощи электроэнцефалографии [это можно проверить в любой клинике)...ru.wikipedia.org/wiki/%D0%91%D0%B8%D0%BD...B8%D1%82%D0%BC%D1%8B

Vladimirovich написал(а):наиболее близко подходит вот это ... существуют различные формализации понятия множество состояний (точнее — точек фазового пространства) динамической системы, к которому она стремится с течением времени. т.е. стремления, что приводит к различным определениям аттрактора, задающим, соответственно, потенциально различные множества (зачастую — вложенные одно в другое).... базируясь на этом можно преодолеть указанные трудности ...ru.wikipedia.org/wiki/%D0%90%D1%82%D1%82...BA%D1%82%D0%BE%D1%80

Отредактировано mishabara (2010-09-09 22:50:37)

mishabara написал(а):mishabara, Вы хоть своими словами можете сказать, что такое аттрактор?
Если бы могли, то ни в жисть эту цитату не привели бы.

Vladimirovich написал(а):М-да. Цитатка та еще. Вместо разъяснения, она запутывает. Кстати, кусочек цитаты
вообще можно при большом желании присобачить к странному аттрактору. Особенно если творчески подойти к определению множество состояний.

Так в чем же конкретно таилось недопонимание принципов генетического ко-
дирования? Оно в излишней жесткости модели триплетного кода как чисто
физико-химической системы работы рибосомной машины и в неоправданном
приписывании триплетной модели кода всех генетических атрибутов. Cейчас, правда,
задыхаясь в триплетном ложе, пытаются найти различные ЭПИгенетики – метилирование НК,
конформации хроматина и пр. Все в пустую. Тяготит и довлеет ложное представление, основанное исключительно на принципе комплементарности взаимодействия оснований информационной РНК (иРНК) и транспортной РНК (тРНК), когда аденин «узнает» урацил, а гуанин «узнает» цитозин в процессе кодон-антикодонового «считывания» рибосомой информации с иРНК.
Белковый код понимается как некий универсальный и главный вектор
всей генетики и всей эмбриологии. Каноническая таблица генетического кода
стала своего рода фетишем, священной коровой или, если угодно, женой це-
заря, которая вне подозрений. Только однажды была опубликована работа,
осторожно бросившая лёгкую тень сомнения на модель триплетного кода, но
не привлекшая к себе никакого внимания. Уотсон-Криковский нобелевский
триумф и все последующие успехи в исследовании белоксинтезирующего ап-
парата, казалось, вели к сияющим высотам полного понимания работы челове-
ческого и прочих геномов.
Упомянутая работа с первыми сомнениями была опубликована в 1978 году.
Принял ее весьма уважаемый журнал – Труды Национальной Академии Наук США.
В статье завуалировано демонстрировалась противоречивость и неполнота три-
плетной модели генетического кода, но исследование это было явно недооце-
нено научной общественностью. Вернее, просто проигнорировано. Это была
статья Ульфа Лагерквиста, одного из уважаемых, известных мол. биологов, и называлась она ««Два из трех». Альтернативный метод кодонового чтения» [Lagerkvist U. 1978. «Two out of Three»: an alternative method for codon reading. Proc. Natl.Acad. Sci., USA, v. 75, pp. 1759 1762].
Лагерквист пишет: «Генетический код является универсальным, высоко
вырожденным, трехбуквенным кодом, в котором первые две позиции кодона
читаются антикодоном строго в соответствии с правилами классического спа-
ривания оснований. Третья позиция в кодоне, однако, создает принципиаль-
ные проблемы для обоснования самой парадигмы шифрования белков. Так
существует расхождение между большим числом кодонов в вырожденном коде
и ограниченным числом антикодонов, способных к чтению этих кодонов. Этот
провал попытался заполнить в 1966 году Ф.Крик своей изощренной (ingenious)
гипотезой [Crick F.H.C. 1966. Codon-anticodon pairing: the wobble hypothesis, v. 19, pp. 548-555.]. В этой классической работе Крик предположил, точнее, констатировал, что нуклеотид в 5’- позиции антикодона занимает «воблирующую» (от англ. wobble – качание) позицию и может фактически взаимодействовать с 3’-позицией кодона без соблюдения правил классического, термо-
динамически выгодного, спаривания оснований. Далее Лагерквист приводит
примеры таких «неправильных» спариваний оснований, подтвержденных экс-
периментально на бесклеточных рибосомальных системах, а также примеры
таких спариваний, которые запрещены даже Вобл гипотезой. Основываясь на
этих работах, он задает естественный и сакраментальный вопрос: приложи-
мо ли это аномальное поведение (при спаривании 3’-5’ нуклеотидов в кодон-
антикодоновых парах) к синтезу белков in vivo? Очевидный ответ, что правила
Вобл гипотезы должны работать во всех ситуациях, в которых участвуют Вобл
позиции, а это автоматически ведет к ошибкам в синтезе белка. Например, для
аминокислот Phe/Leu кодоновая группа (UUU, UUC,UUA и UUG) на антикодоне
с ‘G’ в Вобл позиции не может узнать кодоны UUA и UUG, что ведет к ошибке и
введению в синтезируемый белок Phe вместо Leu.
Видно и другое, фундаментальное, генолингвистическое
явление, как бы не замечаемое или игнорируемое. Это явление обнаруживает-
ся в том, что в некоторых кодоновых семействах четверки кодонов, точнее, их
значащие одинаковые двойки нуклеотидов шифруют не одну, а две различные
аминокислоты, а также стоп-кодоны. Так, дублетное UU-семейство кодирует
фенилаланин и лейцин, AU – изолейцин и метионин, UA – тирозин, Och и Amb
стоп-кодоны, CA – гистидин и глицин, AA – аспарагин и лизин, GA – аспараги-
новую и глутаминовую, UG – цистеин, триптофан и Umb стоп-кодон, AG – се-
рин и аргинин. Продолжая лингвистические аналогии, назовем это явление
ОМОНИМИЕЙ первых двух кодирующих нуклеотидов в некоторых кодоновых
семействах.
В отличие от синонимии, омонимия потенциально опасна, что и отметил Ла-
герквист, хотя и не ввел термин-понятие «омонимии» в применении к белково-
му коду. Такая ситуация, вроде бы, действительно должна вести к неоднознач-
ности кодирования аминокислот и стоп-сигналов: один и тот же кодоновый
дублет, в пределах некоторых выделенных Лагерквистом семейств, кодирует
две разных аминокислоты или является «разностоповым».
Можно перегруппировать эти кодоновые семейства еще более наглядно. Такая завершающая перегруппировка дублетных кодоновых семейств и
неоднозначно шифруемых ими аминокислот (а также функций стоп-кодонов)
позволяет отчетливо увидеть омонимию триплетного кода в целом. Из восьми
кодоновых семейств, систематизированных по значащим дублетам, пять омо-
нимичны. Это выражает тот непреложный и не замечаемый (игнорируемый)
факт наличия второго, омонимичного, многозначного измерения триплетного
кода. Код знаково синонимо-омонимичен. И это фундаментальное явление.
Принципиально важно понять: если синонимия кода — это благо (избыток
информации), то омонимия — потенциальное зло (неопределенность, неодно-
значность информации). Но это мнимое зло, поскольку белок синтезирующийаппарат легко обходит эту трудность, о чем речь пойдет ниже. Если же автоматически следовать таблице (модели) генетического кода, тогда зло становится
не мнимым, но реальным. И тогда очевидно, что омонимический вектор кода
ведет к ошибкам в синтезе белков, поскольку рибосомный белоксинтезиру-
ющий аппарат, каждый раз встречаясь с тем или иным омонимичным дубле-
том и руководствуясь правилом чтения «два из трех», должен выбрать одну и
только одну аминокислоту из двух различных, но кодируемых неоднозначно
тождественными дублетами-омонимами. А также принять решение (в случае
UA-семейства) – остановить синтез пептидной цепи (выбрать стоп кодон) или
включить в ее состав тирозин. Если выбор неправильный (а как правильно вы-
брать, таблица кода нам не сообщает), это приведет к ошибкам в синтезе бел-
ков. Потенциально опасная омонимия, ведущая к неправильному «прочтению»
кодона антикодоном, следует из случайности (не знаковости) бытия 5’-нуклео-
тида антикодона, связывающегося с 3’- кодоном в омонимичных кодонах. Та-
кую случайность многие оспаривают, апеллируя к Криковским Вобл-правилам
кодон-антикодонового спаривания. Поставим точки над i.
Ф.Крик пытался снять странности неканонического поведения пары 3’-5’ с
помощью т.н. Вобл–гипотезы» [Crick F.H.C. 1966. Codon-anticodon pairing: the wobble hypothesis, v. 19, pp. 548-555.]. Она вводит понятие неоднозначного соответствия кодонов аминокислотам в ген-кодируемых белках и говорит о возможности не канонического и случайного спаривания 5’ нуклеотида антикодона транспортной РНК (тРНК) с 3’ нуклеотидом кодона информаци-
онной РНК (иРНК) при ее трансляции в белок. Проще говоря, при биосинте-
зе белков иногда реализуется возможность нестрогого соответствия кодон-
антикодоновых нуклеотидов в этом положении. Это значит, что образуются
неканонические пары оснований3, не отличающиеся существенно по геометри-ческим параметрам (Гуанин-Уридин и др). Кроме того, из Вобл-гипотезы, да и
просто из общей Криковской схемы (модели) кода, автоматически следует, что
в кодонах (триплетах) генов только первые два нуклеотида (дублет) кодируют
последовательности аминокислот в белковых цепях. 3’- кодоновые нуклеоти-
ды не участвуют в кодировке аминокислотных последовательностей в белках.
Эти 3’- нуклеотиды, хотя и детерминированы жестко молекулой ДНК, но допу-
скают произвольные, случайные, не канонические спаривания с 5’- нуклеоти-
дами антикодонов транспортных РНК, переносящих аминокислоты. А посему
эти 5’- нуклеотиды антикодонов могут быть любыми из 4-х возможных. Следо-
вательно, связки 3’- нуклеотиды в кодонах и спаривающиеся с ними 5’- нуклео-
тиды в антикодонах, не имеют гено-знакового характера и играют роль «сте-
рических костылей», заполняющих «пустые места» в кодон-антикодоновых па-
рах. Короче говоря, 5’- нуклеотидs в антикодонах случайны, «воблируют» — от
английского ‘wobble’ (качание, колебание, виляние). Вот суть Вобл-гипотезы.
Если принять идею «стерических костылей», тогда ясно, что 3’- нуклеотид в
омонимичных кодонах иРНК не участвует в кодировке аминокислот для дан-
ного белка. На первый взгляд возникает некий генетико-семантический про-
извол и модель триплетного кода, вроде бы, теряет логику и очевидный смысл.
Подтверждая это, приведем слова фактического автора теории триплетного
кода Френсиса Крика, начертанные им в своей автобиографической книге не-
задолго до смерти [Crick F.H.C. 1989. What mad pursuit. A personal view of scientific discovery. Basic Books, Inc., Publishers. New York. Перевод на Русский: Фрэнсис Крик «Безумный поиск. Личный взгляд на научное открытие». Институт компьютерных исследований. Москва-Ижевск, 2004. Стр. 98]:

«Важно отметить, что структура генетического кода не имеет очевидного смысла, хотя определенные закономерности все же наблюдаются – в некоторых случаях это одни и те же первые два основания в кодонах, кодирующие одну аминокислоту, тогда как третье может быть любым».

Уточним. 3’- нуклеотид в кодоне теоретически может быть любым из
4-х возможных, поскольку спаривается с 5’- нуклеотидом антикодона случай-
но и эта пара, как уже говорилось, не участвует в кодировке аминокислот для
данного белка. Но, еще раз, в реальности 3’- кодоновые нуклеотиды детерми-
нированы в исходной ДНК и генетических канонов не нарушают. «Нарушают»
же каноны именно 5’- антикодоновые, комплементарные 3’- кодоновым. Уди-
вительно, Ф.Крик видел синонимическую вырожденность кода, но не видел
омонимическую. Хотя его фраза «…код не имеет очевидного смысла» говорит
нам, что гениальный мозг Ф.Крика сознавал ограничения предложенной им
модели и неоднозначности, связанные с 5’- «воблирующим» антикодоновым
нуклеотидом, когда иРНК покодонно читается рибосомой в комплексе с тРНК
по правилу «два из трёх». И этот комплекс ‘рибосома-иРНК-тРНК’ неизбеж-
но должен решать типично лингвистическую смысловую проблему омонимии.
Иначе ошибки в синтезе белков неизбежны.
Ф.Крик не видел очевидного смысла в своей модели. Почему? Но дальше
он продолжает - Некоторые закономерности все же наблюдаются. Почему
только некоторые? Понятно, что закономерности, приведенные им - в синонимии для семейств кодонов, сгруппированных по одинаковым первым двум
основаниям (третье любое), т.е. для половины всех кодоновых семейств, а
именно для CT, GT, TC, CC, AC, GC, CG, GG - синонимических семейств. Каждое из
них кодирует по одной из двадцати разных аминокислот или является стопо-
вым. При этом 3’ нуклеотид в паре с 5’ нуклеотидом антикодона не участвуют в
кодировании, что и обеспечивает синонимию. Однако, и это важно, Ф.Крик ни-
чего определенного не говорит ни здесь, ни в Вобл гипотезе о другой половине
кодоновых семейств. Это TT, AT, TA, CA, AA, GA, TG, AG семейства, где в каждом из
них кодируются по две разные аминокислоты или стоп функция. При этом роль
3’-5’ кодон-антикодоновой пары никак не комментировалась Ф.Криком. Дума-
ется, что неопределенность кодирования именно в этом странном семействе
смущала Ф.Крика и побудила его сказать об отсутствии очевидного смысла в
его модели. Он нигде не говорит о том, что же происходит за пределами этих
синонимических некоторых случаев. А за этими пределами находится стран-
ное нечёткое семейство кодонов - TT, AT, TA, CA, AA, GA, TG, AG. Не найти в
работах Ф.Крика ничего на этот счёт. Таким образом, Ф.Крик неявно поставил
вопрос о кодировании в нечётком семействе. И не ответил на него. Нет ниче-
го по этой принципиальной позиции и в современных исследованиях. Ответ в
гипотезе о контекстных ориентациях генетического аппарата (квантового био-
компьютера) при его работе с нечётким (омонимическим) семейством.
Поставим такой вопрос: «воблирование» — синоним случайности, но случай-
но ли «воблирование»? Представляется, что это псевдослучайность. Обоснуем
фундаментальную важность явления «как бы» случайности 5’- нуклеотида в
антикодонах в омонимичных ситуациях при синтезе белков рибосомой. Связка
3’-5’ нуклеотидов в кодон-антикодоне в омонимичной ситуации намеренно не
является элементом гено-знаковой структуры рибосомной техники «чтения»
иРНК. Причина этого в том, что, кроме прочего, белковый код является мен-
тальной структурой, работающей с текстами иРНК, текстами не в метафори-
ческом смысле (поэтому кавычки убираем), а с реальными текстами-мыслями,
текстами-командами. Обсуждаемая «как бы» случайность необходима. Она
дает гибкость коду, позволяя биосистемам в ходе естественного отбора осу-
ществлять приспособительно-разведывательный белковый поиск, синтезиро-
вать пробные белки, подстраиваясь к переменчивым условиям внешней среды.
Вот почему эта как бы случайность необходима. Белковый код синонимично
щедр, богат, избыточен. Но одновременно он врастает через омонимию в дру-
гие — смысловые ареалы генетического кодирования на текстовом уровне
иРНК, а возможно, и пре-иРНК.
Итак, мы имеем два вектора кода белков — синонимический и омонимиче-
ский. Первый обеспечивает избыточность информации по выбору аминокис-
лот. Второй выводит из неопределенных ситуаций при их выборе, базируясь на
фундаментальном атрибуте генетической информации – её текстовости, линг-
вистичности. Если бы организмы автоматически руководствовались моделью
кода в канонических Криковских рамках и следовали бы ей без каких-либо
поправок, то жизнь на Земле была бы невозможна. Однако в этом отношении
все относительно спокойно. Синтез белка – достаточно точный процесс имен-
но потому, что он использует приемы, свойственные лингвистике и логике, т.е
осознанию. Рибосомный аппарат и геном в целом есть квази разумная система,
читающая текст иРНК потриплетно (локально, по частям) и вместе с тем как
целое: континуально, нелокально. Именно нелокальность чтения, осознавание
смысла прочтенного снимает проблему омонимии кодонов. Каким образом это
происходит?
Еще раз обратимся к полузабытой и недооцененной статье Лагерквиста, но
не для того, чтобы снова и снова критиковать триплетную модель белкового
кода. Она сыграла свою, отнюдь не слабую, роль в развитии генетики и биоло-
гии в целом. Цель в другом – понять белковый код как дуалистичную знаковую
систему, оперирующую на основе слепой физико-химии, с одной стороны и одновременно, с использованием квази смысловых построений текстов ДНК и
РНК и квази ментальных функций генома, с другой. При этом триплетный код –
лишь одна из множества подсистем кодирования и создания динамичного об-
раза будущего организма, причем низшая подсистема. Непонимание этого тор-
мозит развитие биологической мысли, приводит к достаточно бессмысленным
и дорогим программам исследований. Лагерквист первым озвучил противоре-
чивость триплетной модели белкового кода, но не понял причины. Он пытался
вывести модель кода из логического тупика, но безрезультатно. Он ничего не
мог противопоставить очевидному и странному, что правило «два из трех» вы-
полняется для рибосомной трансляционной машины также и в условиях in vivo,
цитируем, «с частотой, которую нельзя не принять во внимание». Далее Ла-
герквист пишет: «Если это так, клетка с определенной вероятностью могла бы
читать неправильно, и это будет означать наличие угрозы неправильной транс-
ляции, если метод «два из трех» был бы использован не подходящим образом.
В любых кодоновых семействах это ведет к ошибкам в белковом синтезе». Од-
нако что есть «использование не подходящим образом» правила «два из трех»
для Лагерквиста так и осталось риторическим вопросом. Выход из очевидного
противоречия он видит в следующем: «... те места в коде (в иРНК (ПГ)), где
метод чтения «два из трех» может привести к ошибкам трансляции, заняты ис-
ключительно кодонами с низкой вероятностью встречаемости. Такая органи-
зация кода и конкуренция между тРНК с антикодонами, способными прочи-
тать все три положения (нуклеотидов) в кодонах, эффективно нейтрализуeт
метод «два из трех» от его использования с угрозой неточной трансляции».
Такое утверждение просто не соответствует истинному положению вещей,
поскольку 50% кодонов омонимичны. Половина всех кодонов не может оцениваться как редко
встречаемые. Но даже редко встречаемые омонимичные кодоны, при их непра-
вильном прочтении, дадут ошибки в синтезе белков, что неприемлемо для ор-
ганизма. Словом, видимые невооруженным глазом логические противоречия
модели Ф.Крика попросту игнорируются. Этому также способствует то, что рибосомы
de facto практически не ошибаются с выбором аминокислот. Все это привело
к соблазну считать триплетную модель корректной. Однако зияющие дыры в
«канонической» модели кода становятся все шире и заметнее.
Чтобы выйти из омонимического тупика, необходима простая, но ключевая
идея: вновь обратиться к лингвистике и почерпнуть оттуда понятие контекста,
которое снимает эту проблему. Омоним утрачивает неоднозначность только в
контексте, т.е. роль части становится ясной, когда ее рассматривают в составе
целого. В этом смысле понятие контекста (целостного текста) иРНК — отнюдь
не метафорично. Как-то исподволь, задним числом молекулярные биологи и
генетики признают это, используя идею «второго генетического кода» [Овчин-
ников Л.П., -- Ци-
тируем Л.П.Овчинникова, одного из видных молекулярных биологов: «Инициирующий кодон узнается только в определенном контексте. Если мы зададим вопрос, можно ли, имея перед собой последовательность нуклеотидов какой-либо иРНК, таблицу генетического кода и зная, что трансляция иРНК идет в направлении от 5’- к 3’-концу, а белковая цепочка растет от N-конца
к C-концу, написать последовательность аминокислот белка, закодированного
в этой иРНК, то будем вынуждены ответить на поставленный вопрос отрица-
тельно. … Нельзя определить, с какого места иРНК мы должны начать перево-
дить последовательность нуклеотидов в последовательность аминокислот. Уже
очень давно стало ясно, что начало трансляции иРНК не совпадает с началом
самой иРНК. Свидетельством этому служат полицистронные иРНК бактерий,
в которых инициация белкового синтеза происходит на каждом цистроне, а
также присутствие в иРНК про- и эукариот 5’-концевых нетранслируемых по-
следовательностей. Вместе с тем установлено, что биосинтез белка как у про-,
так и у эукариот, всегда начинается с одной и той же аминокислоты — ме-
тионина. Можно было бы предположить, что трансляция информации, зако-
дированной в иРНК, начинается с первого от 5’-конца метионинового кодона,
которым является триплет AUG. Для многих моноцистронных эукариотических
иРНК это действительно так, хотя бывают и исключения. Однако это совсем
не так для полицистронных иРНК бактерий, где инициация часто происходит
на триплетах AUG, отстоящих очень далеко от начала иРНК. Этим триплетам
может предшествовать большое количество других AUG, на которых иници-
ации не происходит. Более того, оказалось, что первый метионин в белке в
некоторых случаях включается не на метиониновом кодоне AUG, а на кодоне
GUG, который соответствует в таблице генетического кода аминокислоте вали-
ну. Иногда инициация с метионина может происходить и на других кодонах:
AUA и AUU (кодонах изолейцина), UUG и, возможно, CUG (кодонах лейцина).
Стало очевидным, что для узнавания кодона в качестве инициирующего ва-
жен не только сам и, может быть, не столько сам кодон, но какой-то контекст,
делающий его инициирующим. У эукариот инициация происходит… чаще
всего с первого AUG, однако только в том случае, если этот AUG находится в
оптимальном контексте: за два нуклеотида до него обязательно должен на-
ходиться пурин (A или G), а непосредственно за ним должен следовать G. Если
первый AUG в эукариотической иРНК находится не в оптимальном контексте,
он пропускается и инициация начинается со следующего AUG. Для такой ини-
циации очень важно также наличие кэп-структуры на 5’-конце иРНК и, как ни
странно, поли(А) последовательности на противоположном конце молекулы.
Кэп-структура и поли(А) последовательность узнаются специфическими бел-
ками, которые также необходимы для инициации. При таком способе инициа-
ции трансляции у эукариот последовательность иРНК как бы просматривается
(сканируется) с начала иРНК (от ее кэп-структуры) для поиска кодона AUG в
оптимальном контексте. Такая инициация получила название «кэп-зависимая»
инициация по сканирующему механизму. Сравнительно недавно было показа-
но, что аминокислота селеноцистеин (очень редкая, но функционально очень
важная аминокислота) непосредственно включается в белок. Возникает зако-
номерный вопрос, как же закодирована эта аминокислота. Ведь значение всех
64 возможных кодонов уже четко определено, и все они используются в коди-
ровании двадцати стандартных аминокислот и сигналов терминации. Исследо-
вания показали, что селеноцистеин кодируется UGA (терминирующим кодоном
в таблице генетического кода), если за ним находится особая стимулирующая
последовательность. Эта последовательность может отстоять от UGA на очень
большом расстоянии — иногда она может быть на расстоянии 200 нуклеотидов
и находиться в 3’-нетранслируемой области иРНК».
Как видим из этой длинной, но чрезвычайно важной цитаты, классическая
молекулярная биология, а вслед за ней генетика, вынуждены занять идею кон-
текста у лингвистики (но только в метафорическом смысле). И второе, не ме-
нее важное, положение также вводится – это фактор дальнего влияния опре-
деленных иРНК-блоков (кэп, поли(А), стимулирующие последовательности) на
далеко удаленное в иРНК место включение рибосомой первой определенной
аминокислоты в синтезирующуюся белковую цепь. Понадобилась и дополни-
тельная идея «просмотра-сканирования» всей иРНК, т.е. контекста иРНК. Все
эти объясняющие факторы в общем виде предсказаны нами ранее. В том числе
и возможный механизм сканирования полинуклеотидов за счет солитонных возбуждений
РНК и ДНК (Гаряев, 1997, Волновой генетический код,). Заметим также и другой важный момент перекодировки кодонов в зависимости от контекстов, что также никак не укладывается
в прокрустово ложе канонической триплетной модели.
Цитируем и дальше Л.П.Овчинникова. «Некоторые иРНК содержат сиг-
налы на изменение рамки считывания. Некоторые иРНК содержат в трансли-
руемой области терминирующие кодоны, но эти кодоны успешно обходятся за
счет изменения рамки считывания перед ними или непосредственно на них.
Рамка может сдвигаться на -1, +1 и + 2. Существуют специальные сигналы в
иРНК, изменяющие рамку считывания. Так, сдвиг рамки трансляции на -1 на
РНК ретровируса происходит на специфической гептануклеотидной после-
довательности перед шпилечной структурой в иРНК. Для сдвига рамки на +1
на иРНК бактериального фактора терминацинации RF-2 важны нуклеотидная
последовательность на месте сдвига (кодон UGA), последующий кодон, а так-
же предшествующая им последовательность, комплементарная к 3’-концевой
последовательности рибосомной РНК (аналог последовательности Шайна-
Дальгарно)».

Ясно, что такие сдвиги рамок считывания иРНК чистой физико-химией не
объяснить, равно как и контекстные дальние влияния и «переосмысления» ко-
донов. Это уже иные знаковые измерения генома, переход на его логические
операции как квантового компьютера [Gariaev P.P., Birshtein B.I., Iarochenko A.M., Marcer P.J., Tertishny G.G., Leonova K.A., Kaempf U. 2001. The DNA-wave biocomputer. «CASYS», International Journal of Computing Anticipatory Systems (ed. D.M.Dubois), Liege, Belgium, v. 10, pp. 290-310, www.rialian.com/rnboyd/ ].

Далее Овчинников пишет: «Считывание иРНК в пределах одного цистрона не всегда является непрерывным. Первоначально считалось, что последовательность нуклеотидов
в иРНК всегда читается непрерывно от инициирующего до терминирующего
кодона. Однако оказалось, что при трансляции иРНК гена 60 фага Т4 после-
довательность значительной длины может пропускаться. При этом рибосома
совершает как бы прыжок по иРНК с одного глицинового кодона GGA, находя-
щегося перед терминирующим кодоном UAG, на другой глициновый кодон GGA,
который отстоит от первого на 50 нуклеотидов. Механизм этого явления пока
не очень ясен».

Вот еще один из многочисленных примеров геномной работы, не укладыва-
ющийся в каноны и догмы. Действительно, такие «как бы прыжки» рибосомы
должны быть результатом реального прочтения и понимания смысла иРНК. И
здесь уже нет места аллегории или метафоре. Все эти отклонения от канонов
триплетной модели и называют сейчас «вторым генетическим кодом», как рискнул заявить Овчинников.
Что это за код? Какие механизмы лежат в его основе? Надо полагать, что ключевой из
них – лингвистические потенции молекул ДНК и РНК, которые являются, по
сути, реальными ментальными конструкциями. Только в этом, не метафориче-
ском варианте, мы можем понять истинный смысл перечисленных примеров
отступления от якобы «общих» правил трансляции генетической информации
с текстов иРНК. Подведем промежуточный итог фундаментальных явлений, ко-
торые официальная наука вынуждена констатировать, причем без объяснений
(их у нее нет):
а) дистантность контекстного влияния удаленных иРНК последова-
тельностей на точное осмысление кодона, читаемого рибосомой, и на его
перекодировки,
б) нелокальное сканирование больших протяженностей иРНК,
в) смысловые сдвиги рамок считывания иРНК,
г) дальние «прыжки» рибосом по иРНК,
д) перекодировки кодонов.
Попытаемся понять, что происходит в контекстных ситуациях, включая омо-
нимические с кодирующими дублетами (правило Лагерквиста «два из трех»).
Принявши тезис о квазиразумности генома, мы обязаны трактовать генетиче-
ские омонимии точно также, как это делается в лингвистике. А именно: инфор-
мационная нагрузка омонима открывается только при прочтении и понимании
текста как целого (или достаточно большой части его), т.е. контекста, незави-
симо от того, человеческий это текст или генетический. Мы не можем понять, к
примеру, смысл омонима «лук» и омонима «коса» вне целой фразы или пред-
ложения. Аналогично рибосомная трансляционная квази разумная система
должна прочитать и понять весь текст иРНК или большую его часть, чтобы на
этом основании принять точное решение о выборе одного из двух омонимиче-__ских (одинаковых) дублетов кодонов, кодирующих разные аминокислоты и/
или стоп-сигналы. Или принять решение о «прыжке» рибосомы на определен-
ное расстояние вдоль цепи иРНК. То же относится к ситуациям перекодировок
кодонов, но здесь, вероятно, понятие контекста имеет более широкий ареал,
уходящий за рамки лингвистики. Например, в случае аминокислотного голо-
дания или при тепловом шоке. В этом случае биосистемой как «контекстные»
учитываются критические ситуации эколого-биохимического характера, тре-
бующие сиюминутных или длительно эволюционных адаптаций с последующей
закачкой новых аминокислот и синтеза новых пробных белков. Вообще, отно-
шение к синтезу белков должно существенно измениться. Этот процесс нельзя
более воспринимать как чисто физико-химические акты взаимодействий ДНК,
РНК, ферментов, белков рибосом, аминокислот и других метаболитов. Здесь
мы имеем один из бесчисленных примеров разномасштабной разумности, как
всего организма, так и тканей, клеток и генома в целом.
Исторически сложилось, что лингвистическая терминология по отноше-
нию к белковому коду используется давно и повсеместно. А именно с момен-
та, когда в начале 60-х годов прошлого века Ф.Крик и М.Ниренберг молекулу
ДНК стали называть текстом. Это было гениальное предвосхищение, но Ф.Крик
и большинство, использующих такой прием и поныне, понимают текстовость
ДНК, РНК и белков как метафору, беря взаймы у лингвистики ее ментальное
начало. Пусть «классические генетики» допустят на минуту, что эти термины по
отношению к хромосомному аппарату — не метафоры. Тогда логично принять
сильное положение, что белоксинтезирующая система и геном в целом обла-
дают малой частью сознания и мышления или их аналогом форме биокомпью-
тинга [Гаряев и др., 1997, Волновой генетический код; Gariaev P.P., Birshtein B.I., Iarochenko A.M., Marcer P.J., Tertishny G.G., Leonova K.A., Kaempf U. 2001. The DNA-wave biocomputer. «CASYS», International Journal of Computing Anticipatory Systems (ed. D.M.Dubois), Liege, Belgium, v. 10, pp. 290-310, www.rialian.com/rnboyd/dna-wave.doc]. Природа объединяет
разумным началом реальные физико-химические и квантовые акты в архисложной метаболической сети белкового синтеза.
Хотя идея геномного компьютинга in vivo это также всего лишь модель, но
модель, существенно более развитая по сравнению с пониманием белкового
биосинтеза как чистой физикохимии и биохимии. Геном по-своему разумен.
Такое восприятие восходит к Аристотелю, к его постулату энтелехии, а далее к
Дришу. К этому повороту, а точнее, возврату на новом уровне к формуле «causa
finales», классическая генетика не готова до сих пор. Она тормозит мысль био-
логов, что контрпродуктивно. Это застой, и мы видим следствия — традицион-
ная генетика и вслед за ней медицина не могут и не смогут решить ни проблему
рака, ни проблему туберкулеза, СПИДа, продления жизни людей и т.д. Но вы-
ход есть. Это переход к принятию иных, биосемиотических, моделей генома, о
чем здесь и идет речь. Тут уже многое сделано. Биосемиотический аспект гене-
тики блестяще представлен работами Седова и Чебанова, а также несколькими
зарубежными исследователями [www.zanoza.lv/blog/gordon/430]. Они
видят в геноме не только текстовость, но и эстетические направляющие: «Во многих участках ДНК выявлены рефрены — «темы с вариациями», ритмические и смысловые повторы, напоминающие омонимы, поэтические рифмы и музыкальные темы».

Последнее достаточно любопытно. Возможно, фундаментально. Недавно нам удалось «экстрагировать» из цифровой записи «радиозвука» мШЭИ ДНК гармоническую (музыкальную) составляющую. Она составляет примерно половину записи, другая половина – ангармонична, но
имеет определенный порядок, не хаотична. Возможно, это отображает деление ДНК эукариот на кодирующую (гены белков и РНК) и «некодирующую» по научному официозу часть (спейсерные, интронные участки, повторяющиеся последовательности), но кодирующие, как нам представляется, на другом уровне организации генома. Более высоком уровне, который здесь и обсуждается.

Вот так уже можно обсуждать чисто научные аспекты.

ППГ написал(а):Vladimirovich написал(а):Кого обсуждать то будем - Гаряева или Овчинникова?

Отвечает Натальин Павел biomolecula.ru/content/403 :

PauLita написал(а):Вы вырываете некие ссылки из другого форума и лепите их сюда... если у Вас нет своего мнения, то так и скажите ... Вас поймут,... требования поста 1 еще раз почитайте, и не делайте вид что малограмотны .. ... В материалах ППГ Вы что то опровергаете если да, конкретно и что ... и не чего тут размазывать белую кашу по чистому столу

PauLita написал(а):А связи никакой нет?

PauLita написал(а):Очень просто: прочитайте мои ответы там же по поводу триплетного кода. А заодно и мой коммент по синтиям Крэйга Вентера, что в прямой связи с идеями ЛВГ.

Надо бы, действительно, добавить еще один пункт к правилам для 13-й темы - не вырывать цитаты из общего контекста. Или специально оговариваться. А то снова утонем в подленьких и нечестных приемчиках апанентов.

Я так понимаю, что измеренных характеристик первичного мШЭИ не существует...

Я же предупреждал. Теперь ЗДЕСЬ форумные хулиганы перешли на квази-грязе-Эзопов язык, но ПО СУТИ, ПО ТЕМЕ мы от них НИЧЕГО не услышим. Засоряют. Долой!

Предложил изобретателю мШЭИ-лазера поучаствовать в дискуссии. Согласился. Так что все детали по лазерной физике, применительно к нашему варианту, он, надеюсь, изложит. Мы с ним работаем уже около 10 лет. И в Канаде он был с нами, помогал. Так что в курсе всего.

Вася П ...Чукча житель планеты Земля .. и имеет право участвовать в дискуссии ..
Разберем пока некоторые цитаты нашего Оловянного товарища ...
не надо так категорично, поступательно дойдем и до этого ...
Вы достаточно интересно искажаете мысли других ... если перефразировать то что Вы написали то можно ту же самую мысль выразить и так ...
1.Гапонов-Грехов А. В., Рабинович М. И. Л. И. Мандельштам и современная теория нелинейных колебаний и волн.- УФН, 1979, 128, № 4, с. 579-624.
2.Васильев В.А., Романовской Ю. М., Яхт В. Г. Автоволновые процессы в распределенных кинетических системах.- УФН, 1979, 128, № 4, с. 625-666.
В приведенных рассуждениях ППГ явно указано на эти процессы описываемые ими как воблируемые приведены и конкретные примеры этих состояний.

Чукча не из Сибири написал(а):Чукча не из Сибири написал(а):Ссылаться на Мандельштама при изложении Волнового Генома - это все равно, что ссылаться на закон всемирного тяготения при неудачной попытке строительства дома

Что касается конкретных примеров этих состояний, то не приведено ни единой формулы, позволяющей считать что-то конкретным.

О Великий Инквизитор... во первых строках хочу Вам напомнить что, этот пример был использован для того, что бы показать как можно было бы выразить цитаты Нашего Оловянного Чайника и по другому, и при том смысл высказываний не теряется ... однако тут по требованию общественности и ищется этот милый подход (или переход) к аттрактам (и при том своими словами)... но это не принципиальные мелочи ...
Очень жалко что ППГ каждое свое предложение не снабдил цифровым индексом для удобства цитирования .. однако вот его пассаж ..
Именно вод этих понятий и дает возможность расписать эти явления и на другом уровня понимания физики и математики с начальным курсом обучения арифметики... Допустить ввод возможностей участия в этих процессах и солитонов и других волновых явлений ... и по Мандельштаму и по Горскому и по другим сходным позициям ... К сожалению биологическая наука пока более подробных формул чем алгебра Буля еще не пользуется .. и этот пробел и может быть и с Вашей помощью придется восполнять ..

Vladimirovich написал(а):А какое Ваше мнение на эти ссылки в труде Лингвистико-волновой геном: теория и практика. П.П.Гаряев; Институт квантовой генетики. — Киев, 2009:

PauLita написал(а):Я считаю, что ссылка на Спинозу - это шедевр

Чукча не из Сибири написал(а):Хочется верить... Но возможность так и осталась возможностью, нес па?

Уважаемый Вася П... Диспут в этой ветке не рецензирование всех работ ППГ или его статей, а разборка его идей для практического воплощения в жизнь.. Если Вы с каким то положением его теории или боже упаси с Постулатами Фантомной Теории ВГ ППГ не согласны или есть дополнения, то Вот о них и нужно вести тут речь... а для общих ФРАЗ для Вас выделена 14 ветка этих дискуссий ... где смело можно оперировать всеми возможными средствами отвлечения от существа темы ..

Vladimirovich написал(а):Тогда Вам понравится и прием цитирования в работе П. П. Гаряев. Волновой геном. Москва. «Общественная польза». 1994 самой себя:

PauLita написал(а):Ну в ВИНИТИ могла быть какая-то ранняя версия депонирована...
Не будем придираться

Vladimirovich написал(а):

ППГ написал(а):Ждем в предвкушении!

Чукча не из Сибири написал(а):Это после полного провала mp3 матриц Гаряева?

ППГ написал(а):Недопонимание обычно встречается у нерадивых студентов.

По поводу триплетного кода - нет модели триплетного кода. Есть таблица соответствия между тройкой нуклеотидов и встраиваемой аминокислотой. И взята эта таблица не из просветлённого ума, а из однозначных экспериментальных данных. Могу повторить, из однозначных экспериментальных данных.
Понятно, что экспериментальная таблица всегда является излишне жесткой, поскольку отражает правду жизни. И по прихоти научного шарлатана её невозможно изменить...

чайник555 написал(а):Я конечно же не подстрекатель но я бы в такой ситуации на месте Петровича не стерпел бы и напомнил про вобл-проблему

ППГ написал(а):Обычно люди прибегают к излишним эмоциям, когда пытаются впарить свою ботву на уровне веры... К таким людям относятся истеричные и стервозные женщины, политики уровня Геббельса, научные шарлатаны...