Петр Х .... Вообще то читать надобно то что какие вопросы задал в параграфе 1 Уважаемый пользователь WsK.... именно эти вопросы пока не смогли объяснить профессионалы ... так что подключайтесь, а то вместо триплетного кода получается шибко большие множества (конечные) и не хватает данных для понимания укладок аминокислот в геометрию смысла ...
ps
Тут главное не забывать, что ...
Мальчика от мужчины отличает только стоимость игрушек.
Уважаемые бояре, беседа получается весьма содержательной с выходом на незапланированные уровни. Но вернёмся к ДНК, которая читается в хвост и в гриву, то есть в обоих направлениях. Вот представьте, что Вы хотите зашифровать некую информацию, для этого используете определённый код, для начала вполне устроит двоичный, но есть условие, что для его сохранности он дополняется комплементарным компонентом, по принципу зеркала, отражение существует только тогда, когда есть объект. То есть Вы шифруете 0-0-1-1-0-1 и вынужденно получаете комплементарную цепь 1-1-0-0-1-0, по принципу зеркала зависящим от Вас. А потом в итоге оказывается, что отражение информации и её оригинал используются равноправно, хотя заведомо понятно, что информация в оригинале (левой цепочке ДНК) не идентична отражению (правой цепочке ДНК). Неужели природа так глупа, что не может отличить Василису от её водяных двойников. В этом какой-то весьма глубокий смысл скрыт, даже более важный чем выбор начала транскрипции. Значит и на фрагменты отражения навесили самостоятельную наследуемую информацию.
Уважаемые бояре, беседа получается весьма содержательной с выходом на незапланированные уровни. Но вернёмся к ДНК, которая читается в хвост и в гриву, то есть в обоих направлениях. Вот представьте, что Вы хотите зашифровать некую информацию, для этого используете определённый код, для начала вполне устроит двоичный, но есть условие, что для его сохранности он дополняется комплементарным компонентом, по принципу зеркала, отражение существует только тогда, когда есть объект. То есть Вы шифруете 0-0-1-1-0-1 и вынужденно получаете комплементарную цепь 1-1-0-0-1-0, по принципу зеркала зависящим от Вас. А потом в итоге оказывается, что отражение информации и её оригинал используются равноправно, хотя заведомо понятно, что информация в оригинале (левой цепочке ДНК) не идентична отражению (правой цепочке ДНК). Неужели природа так глупа, что не может отличить Василису от её водяных двойников. В этом какой-то весьма глубокий смысл скрыт, даже более важный чем выбор начала транскрипции. Значит и на фрагменты отражения навесили самостоятельную наследуемую информацию.
1) цепи отличаются, РНК-полимераза распознает направление цепи как минимум благодаря тому что химические связm фосфат-сахар отличается от связи сахар-фосфат.
2) представьте такую двойную спираль:
ATGCATTTGCCCCCTATA
TACGTAAACGGGGGATAT
Представьте, что промотер находися в конце этой двойной спирали. Это значит что только там может связаться РНК-полимераза и тольуо оттуда может начать двигаться. Поскольку она может транскрибировать только в одном направлении, то она может транскрибировать только одну цепь в данном случае. Для того чтобы транскрибировать вторую цепь нужно чтобы был второй промотер, а если его нету то вторая цепь не транскрибируется в нашем примере
Уважаемый Петр Твердый Орешек … вообще-то можно представить аминокислоты не только в виде упругих энергетических шариков, но и более сложной конфигурации, например как тут ..
особенно учитывая, что их опознала, и прикрепилась к ним тНРК
В этом случае становится достаточно интересным вопрос о пространственной ориентировки этой своеобразной молекулы и механизма узнавания оной для дальнейшего синтеза по заданным параметрам. Наличие двух ветвей расплетенной ДНК в какой том мере может помочь сделать пространственную ориентировку реальной и управляемой (в этом случае модули комплексов рибосомы и ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B0%D0%BC...B0%D0%BD%D0%B8%D1%8F организованная рамка считывания будут своеобразными усилителями ЭМ поля) особенно с учетом работы тРНК.
Очень хороший вопрос про считывания информации или с левой или с правой ветви ДНК, но тут возможен и следующий вариант.. www.cancerquest.org/index.cfm?page=49&la...ian&changeto=russian Транскрипционный фактор узнает стартовую последовательность (промотер) гена, который должен быть транскибирован. И тут этому фактору все равно слева или справа будет считывание информации главное, что бы был найден сигнал для начала считывания. Так как движение всего этого комплекса осуществляется строго в одну сторону. А транскрипционный фактор присоединяется к этому комплексу случайным образом. Как мы видим, что одновременно начало считывания для левой и правой части быть не может. Однако этот процесс может быть фундаментально заложен в алгоритме работы всего комплекса. Так как в живых организмах на Земле встречаются только левосторонние аминокислоты, которые не смешиваются с правосторонними.
Особую роль нужно отдать так называемой рамке считывания, так как в ней заложена информация (или прообраз) объемного трехмерного (возможно ЭМ поля) слепка той аминокислоты которую нужно последовательно выбрать из окружающего пространства. Выделить, сравнить, и использовать или повторить поиск в окружающем пространстве используя цитоскелет клетки . Ну а это прообраз работы ВГ ППГ.
1) цепи отличаются, РНК-полимераза распознает направление цепи как минимум благодаря тому что химические связm фосфат-сахар отличается от связи сахар-фосфат.
Представьте, что промотер находися в конце этой двойной спирали. Это значит что только там может связаться РНК-полимераза и тольуо оттуда может начать двигаться. Поскольку она может транскрибировать только в одном направлении, то она может транскрибировать только одну цепь в данном случае. Для того чтобы транскрибировать вторую цепь нужно чтобы был второй промотер, а если его нету то вторая цепь не транскрибируется в нашем примере
Всё это замечательно, мы выяснили, что РНК-полимераза двигается только в одну сторону, потому что сахарофосфатные связи асимметричны, потом появилось утверждение, что эта самая полимераза движется как Лёва две шаги налево, две шаги направо, шаг вперёд и две назад, причём в одних утверждениях прозвучало, что откат полимеразы (движение назад) возможен, в других утверждениях прозвучало, что этот механизм невозможен. В какой-то мере это принципиальные моменты, хотя ответов на исходные вопросы - как определяется начало конкретного акта транскрипции всё равно не дают.
Далее мы выяснили, что транскрипируются обе цепочки ДНК, в тех случаях если между стартовым и стоп-кодонами заключена некая информация.
Примем, что РНК-полимераза может двигаться только в одном направлении, тогда левая цепочка транскрипируется сверху вниз, а правая снизу вверх, но тут возникает вопрос, а каковы правила разъезда на узкой дороге, каковой является двойная спираль ДНК. Когда полимераза расплетает фрагмент ДНК, то рвутся межнуклеотидные связи в спирали, причём оба конца каждой разорванной связи активны и жаждут присоединения диполя или радикала, коих множество в окружающей ДНК среде. Вероятно полимераза как-то блокирует связи в одной цепочке, а на основании связей другой цепочки строит И-РНК. Если она поступает таким образом, то она задействует сразу обе цепочки, а если связи одной из цепочек не блокированы, то они будут вскоре связаны с диполями или радикалами, которые потом надо будет отщеплять, но о таком механизме слов не было.
Так как вполне возможен вариант когда ген одной цепочки будет частично перекрыт читаемым геном другой цепочки и вариант того, что оба эти гена одновременно будут подвергнуты транскрипции , естественно в разных направлениях, точнее полимеразы будут идти навстречу друг другу. Каков же механизм их разъезда если каждая может двигаться только вперёд и каждая занимает обе цепочки спирали ДНК?
А если они могут двигаться в обоих направлениях, то вариантов транскрипции будет столько, сколько я указывал в первом посте. Какая-то неувязочка.
Либо есть механизм блокирующий транскрипцию нахлёстывающихся друг на друга генов, но опять же каков он.
Уважаемый Петр Твердый Орешек … вообще-то можно представить аминокислоты не только в виде упругих энергетических шариков, но и более сложной конфигурации, например как тут
Миша, подождём что скажет Миттельшпиль, ленища разбираться перед Рождеством
Всё это замечательно, мы выяснили, что РНК-полимераза двигается только в одну сторону, потому что сахарофосфатные связи асимметричны, потом появилось утверждение, что эта самая полимераза движется как Лёва две шаги налево, две шаги направо, шаг вперёд и две назад, причём в одних утверждениях прозвучало, что откат полимеразы (движение назад) возможен, в других утверждениях прозвучало, что этот механизм невозможен. В какой-то мере это принципиальные моменты, хотя ответов на исходные вопросы - как определяется начало конкретного акта транскрипции всё равно не дают.
откат возможен - это стохастический процесс. а транскрипция возможна только в одну сторону вдоль цкпи потому что этот процесс требует энергии и целый ряд сопряженных реакций для которых направление важно
Примем, что РНК-полимераза может двигаться только в одном направлении, тогда левая цепочка транскрипируется сверху вниз, а правая снизу вверх, но тут возникает вопрос, а каковы правила разъезда на узкой дороге, каковой является двойная спираль ДНК. Когда полимераза расплетает фрагмент ДНК, то рвутся межнуклеотидные связи в спирали, причём оба конца каждой разорванной связи активны и жаждут присоединения диполя или радикала, коих множество в окружающей ДНК среде. Вероятно полимераза как-то блокирует связи в одной цепочке, а на основании связей другой цепочки строит И-РНК. Если она поступает таким образом, то она задействует сразу обе цепочки, а если связи одной из цепочек не блокированы, то они будут вскоре связаны с диполями или радикалами, которые потом надо будет отщеплять, но о таком механизме слов не было.
если (бы) две рнк-полимеразы встретились на узкой дороге, то они бы не разъехались. столкнувшись, они бы вероятно остановились обе. видел такую работу, стаокиваются и останавливаются.
есть еще механизм под названием интерфернеция, когда две рнк-полимеразы пытаются связаться с соседними промотерами, но только одна реально связывается потому что вторая ей мешает.
по поводу диполей и радикалов - лажа. любая молекула окружена диполями и радикалами, и в этом плане разделение двух нитей днк ничего не меняет.
Так как вполне возможен вариант когда ген одной цепочки будет частично перекрыт читаемым геном другой цепочки и вариант того, что оба эти гена одновременно будут подвергнуты транскрипции , естественно в разных направлениях, точнее полимеразы будут идти навстречу друг другу. Каков же механизм их разъезда если каждая может двигаться только вперёд и каждая занимает обе цепочки спирали ДНК?
они не разъедутся. тут скорее регуляция на других уровнях - кто быстрее начал транскрипцию, кто сильнее связан и.т.д.
А если они могут двигаться в обоих направлениях, то вариантов транскрипции будет столько, сколько я указывал в первом посте. Какая-то неувязочка.
варианты транскрипции определяются тем, где сидит промотер около старта гена, и где сидит последовательность которая останавливает рнк-полимеразу около конца гена (обычно это цепочка из нескольких АТ пар). очень много белков (транскрипционных факторов и не тольо) задействовано в этой регуляции, и то, где сидят на днк сайты связывания этих белков, а так же наличие\отсутствие этих белков и их концентрации -- это определяет все варианты какие есть и определяет какой из этих вариантов транскрибируется в данных обстоятельствах..
очень много белков (транскрипционных факторов и не тольо) задействовано в этой регуляции, и то, где сидят на днк сайты связывания этих белков, а так же наличие\отсутствие этих белков и их концентрации
Вот это стохастическое регулирование самое чудное
. Полагаю, что бывают пороговые уровни концентрации, ниже которых некоторые механизмы просто не успевают сработать вовремя (из-за приубавленной вероятности) и цепочка дальнейших реакций обрывается, а с тем и некоторая важная биологическа функция
. Полагаю, что бывают пороговые уровни концентрации, ниже которых некоторые механизмы просто не успевают сработать вовремя (из-за приубавленной вероятности) и цепочка дальнейших реакций обрывается, а с тем и некоторая важная биологическа функция
mittelspiel написал (или огрызнулся... или съязвил или ...)
пока что этот поток мыслей не оформился во что-то читабельное
Самое интересное тут идет подводка (проводка ... осмысление и так далее ) в следующем .. если конечно нет возражений про написанное (узнанное...) , это предложение ...
Транскрипционный фактор узнает стартовую последовательность (промотер) гена, который должен быть транскибирован.
так что если изменить этот Транскрипционный Фактор то считывать он будет то, что в него вставлено (задано) и не факт что его будут особенно беспокоить кодоны тивпа общепринятых сигналов начала или конца для классического варианта транскрипции... ему могут быть заданы совсем другие кодоны для начала и конца ... и на выходе он может выдать не только аминокислоту стандартного вида но и другой биологический материал вплоть до готового вируса Эболы .... тело которого тоже зашито в ДНК последовательности, но пока спит до поры до времени, ну а нас пока интересуют вопросы программной смерти клетки, то и этот сигнал в явном виде не зашит в ДНК а требуют своего Транскрипционного Фактора ... а пусковой механизм этого Т-Фактора ... это набор информации на мембранах клетки, прохождение сигнала по цитоскилету или с помощью вирусов несущих этот прообраз ...
ps
Главное что бы не было как тут ...
В Париже в патентное бюро обращается человек. Говорит, что изобрел двигатель для автомобилей, который работает не на бензине, а на воде. Проверили, действительно работает. Стали оформлять изобретение.
- В принципе, можем предложить вам два альтернативных варианта: оформить как одно изобретение или как два - мотор на воде и вода как горючее. Вы же специалист по горючему?
- Да, я очень много лет работал с нефтью в Саудовской Аравии. Там, кстати, и сделал свое изобретение.
- А почему вы там свое изобретение не запатентовали?
- Я пытался. Но когда я описал им свое изобретение, они мне тоже предложили два альтернативных варианта.
- Каких?
- Повешение или четвертование.
Это для напоминания … Ван-дер-ваальсовое взаимодействие, сила электромагнитного взаимодействия и Энергия водородной связи…. естественно нужно рассматривать Три радиуса этого влияния по степени и скорости взаимодействия , все остальные силы можно считать белым шумом к рассматриваемому процессу (quantoforum.ru/biology/193-transkriptsiya-dnk?start=60#87586 пост 74) у. И конечно очень правильно заметил ув. П.Хайдук, что они стягиваются в воронку вероятностного стохастического процесса, который и заканчивается работой по транскрипции … Почти как в теории струн...
Самым интересным в нашей дискуссии я полагаю то, что считывание информации происходит с обеих цепочек ДНК, хотя одна из них первично программируемая, а вторая всего лишь комплементарный (вынужденный) слепок. Однако, обе цепочки используются в работе клетки, следовательно, структура белка как такового не столь важна для организма. Те белки, структура которых значима, вероятно, прописаны в первично программируемой цепочке, а во вторичной цепочке что вышло, то и вышло, но организму и это годится.
В связи с таким подходом очень интересен вопрос распределения информации в половых клетках, и как потом разбирается в этом зародыш. Хотя, понятно, что молекула ДНК также принудительно достраивается до двойной спирали, но всё равно интересно. То есть в одной гамете первичная цепочка служит моделью, и к ней достраивается слепок – вторичная цепь, а в другой гамете моделью становится вторичная цепь, а к ней достраивается вторично-вторичная, которая в дальнейшем будет выполнять роль первично программируемой цепи.
Как говорил Воланд, вопросы крови так запутаны.
mittelspiel написал (или огрызнулся... или съязвил или ...)
просто написал. дружелюбно но честно. мне нечего пока комментить в ваших текстах потому что там элементарное непонимание того, что такое аминокислота и другие элементарные вещи. кроме того, там не сформулировано утверждение.
Мне было бы интересно получить некую реакцию на то что я написал Вам в ответ в четырех постах перед этим. Ато выглядит так, что я пишу, а Вы не читаете. Спасибо.
варианты транскрипции определяются тем, где сидит промотер около старта гена, и где сидит последовательность которая останавливает рнк-полимеразу около конца гена (обычно это цепочка из нескольких АТ пар). очень много белков (транскрипционных факторов и не тольо) задействовано в этой регуляции, и то, где сидят на днк сайты связывания этих белков, а так же наличие\отсутствие этих белков и их концентрации -- это определяет все варианты какие есть и определяет какой из этих вариантов транскрибируется в данных обстоятельствах..
mittelspiel написал(а):
Мне было бы интересно получить некую реакцию на то что я написал
Мы вообще то и пытаемся описать эти Ваши моменты правда используя другую конструктивную базу .....
mittelspiel написал(а):
там элементарное непонимание того, что такое аминокислота и другие элементарные вещи
хотелось бы узнать тут подробнее ... ведь ссылки на первоисточники тоже давались и Ваши тоже бы не пропали бы даром в поисках истины ....
WsK написал(а):
Самым интересным в нашей дискуссии я полагаю то, что считывание информации происходит с обеих цепочек ДНК, хотя одна из них первично программируемая, а вторая всего лишь комплементарный (вынужденный) слепок
Если бы ППГ не зациклился на резолюции товарища Крика (не путать с Беней Криком) и его гоп компании, то он тоже бы увидел что в создании транскрипции участвуют явно не один кодон, а целая россыпь... правда мне кажется , что левая и правая часть этого действия это своеобразные координаты воронки вероятности... а вообще то мы тут пытаемся сместить все эти видение в вопрос УПРАВЛЕНИЯ этим процессом ... тихонько подбираясь к заветным уравнениям Матье и его последователей ...
Если бы ППГ не зациклился на резолюции товарища Крика (не путать с Беней Криком) и его гоп компании, то он тоже бы увидел что в создании транскрипции участвуют явно не один кодон, а целая россыпь... правда мне кажется , что левая и правая часть этого действия это своеобразные координаты воронки вероятности... а вообще то мы тут пытаемся сместить все эти видение в вопрос УПРАВЛЕНИЯ этим процессом ... тихонько подбираясь к заветным уравнениям Матье и его последователей ...
Миша, мне к сожалению по-прежнему нечего комментить. Слишком много неправильного в ваших словах из того что является элементарным знанием. Сходите в библиотеку, возьмите там трехтомник Молекулярная и клеточная биология и прочитайте. Это конечно сделать труднее чем по интернету по верхам хватать, но оно того стоит.
а так же наличие\отсутствие этих белков и их концентрации -- это определяет все варианты какие есть и определяет какой из этих вариантов транскрибируется в данных обстоятельствах..
mittelspiel написал ...
возьмите там трехтомник Молекулярная и клеточная биология и прочитайте.
Это очень напоминает следующий анекдот .. Разговор в Одессе ... скажите как пройти на Дерибасовскую улицу ? ...
Ответ Одессита .. идите прямо, потом на право и опять прямо, там будет базар, купите петуха и полощите ему мозги, а мне не надо, так как Вы стоите на Дерибасовской улице ..
Я не могу сказать что Молекулярная и клеточная биология моя настольная книга, но в моем столе она лежит, и может быть подробнее скажете на какой странице главе или томе там написаны эти КОЛИЧЕСТВЕННЫЕ характеристики для всех этих вариантов того что Вы привели в первой цитате ... Мы тут пока вместе с Вами подбираемся к вопросам на которые пока НЕТ ВРАЗУМИТЕЛЬНЫХ ОТВЕТОВ.
ps
а то ситуация стала напоминать вот этот ..
Экзамен. Явно переволновавшийся студент спрашивает:
- А писло чесать?
Препод:
- Чешите, если поможет...
Я не могу сказать что Молекулярная и клеточная биология моя настольная книга, но в моем столе она лежит, и может быть подробнее скажете на какой странице главе или томе там написаны эти КОЛИЧЕСТВЕННЫЕ характеристики для всех этих вариантов того что Вы привели в первой цитате ... Мы тут пока вместе с Вами подбираемся к вопросам на которые пока НЕТ ВРАЗУМИТЕЛЬНЫХ ОТВЕТОВ.
Миша, так прочитайте ее от корки до корки. Пока что я вижу что Вы ее не читали
Нда..ответ в лучших традициях ППГ... читайте мой трехтомник Волновой Геном там все и много про что написано ...
ps
Почти как тут ..
- Давеча перечитывал Ленина, заснул на втором учиться...
Нда..ответ в лучших традициях ППГ... читайте мой трехтомник Волновой Геном там все и много про что написано ...
Ну извиняйте, прочесть трехтомник Молекулярная и клеточная биология - это Ваш первы шаг. Это минимальная информация которой Вы должны обладать для того чтобы пытаться строить математические модели.
