как раз об этом и шла речь в параграфе 9 пунктах а) и б)... а именно расшифровки алгоритма происходящего ...
Ну с одной стороны мы имеем backtracking который как механизм более-менее понятен.
С другой стороны конечно могут быть и другие механизмы, попробуйте сформулировать
Чукча будет думать целую ночь ... как согласно параграфа19 за большой 40-70 цикл шагов итерации (или предложения по замыслу ППГ) и короткому циклу 10-35 шагов, можно опознать ошибку в считывании информации с ДНК ... естественно прибегая только к физическим законам связанные со стоячими волнами и избегая метафизики со всеми ее проявлениями ...
ps
вообщем как тут ..
Начальник поезда Одесса-Москва по рации кричит машинисту:
- Сёма, что происходит? Почему мы не остановились на станции Котовск?
- Тормоза отказали.
- Что же теперь делать?
- Скорее соберите с пассажиров доплату за экспресс!
Чукча будет думать целую ночь ... как согласно параграфа19 за большой 40-70 цикл шагов итерации (или предложения по замыслу ППГ) и короткому циклу 10-35 шагов, можно опознать ошибку в считывании информации с ДНК ... естественно прибегая только к физическим законам связанные со стоячими волнами и избегая метафизики со всеми ее проявлениями ...
простите, а откуда цифры эти появились? 40-70, 10-35?
вы просто не поняли что в оригинале было написано. слово шаги замените на пары оснований. и главное - эти цифры относятся только к размерам сайта связывания РНК полимеразы на промотере, и не имеют никакого отношения к последуюшим стадиям когда РНК полимераза покинула промотер и начала двигаться вдоль гена м синтезировать РНК.
Вы уж Миша чтобы сэкономить Ваше и мое время предварительно проконсультируйтесь у Петра Петровича прежде чем модель предлагать. Удачной Вам продуктивной ночи
О опять не дают бедному Чукчи спокойно по размышлять о вечном ...
слово шаги в любом виде относится к Вашему слову размер сайта... это такая единица измерения условная ... и тогда всем Нам будет легче в понимании этих странных процессов.
ps
это пример наглядной итерации или шагов
Рецепт. Как в домашних условиях приготовить вкусный напиток из кактуса.
Пункт 1. Налить почти полный стакан водки.
Пункт 2. Выкопать кактус из горшка. Аккуратно ножницами удалить все колючки и корни.
Пункт 3. Взять кактус в руку, сжать его, и всю получившуюся жидкость выдавить в стакан.
Пункт 4. Содержимое стакана тщательно перемешать.
Пункт 5. Вкусный напиток готов. Выпить сразу, крупными глотками.
Примечание. Если у вас дома нет кактуса, то пункты 2, 3, 4 можно исключить.
слово шаги в любом виде относится к Вашему слову размер сайта... это такая единица измерения условная ... и тогда всем Нам будет легче в понимании этих странных процессов.
однако же цифры которые вы привели относятся к конкретным вещам, я вам подсказку сделал что эти конкретные вещи находятся только на промотере а дальше их нет. а вы описываете (хотите описать) как раз то что дальше
Ох не дадут Чукче уснуть эти мысли о главном .....
Естественно, разговор идет только об этом участке на котором и работают эти вещи т.е на связывании РНК-полимеразы (где расплетение ДНК) смотрите в параграфе 19 цветной рисунок ...
ps
ну а то что происходит далее, это примерно вот так ..
На стройке бетонная плита срывается с крана, бьет по перекрытию, сносит несущую балку после чего три этажа здания рушатся. Прораб почесал затылок и говорит:
- Вот это я понимаю, тетрис.
Естественно, разговор идет только об этом участке на котором и работают эти вещи т.е на связывании РНК-полимеразы (где расплетение ДНК) смотрите в параграфе 19 цветной рисунок ...
Ув. Чукча, обратите внимание что РНК полимераза связывается на промотере, но транскрипция идет не на промотере. И расплетается ДНК тоже не на промотере. Спокойной продуктивной ночи
Уже конечно обратил ... на Сайты связывания Факторы транскрипции т.е. участки ДНК, которые взаимодействуют с факторами транскрипции, называются сайтами связывания ТФ. Взаимодействие осуществляется за счет электростатических сил, водородных связей и сил Ван-дер-Ваальса. За счет корпоративного, стерически детерминированного действия данных сил, которое определяется пространственной структурой белковой молекулы, ТФ связываться только с определенными участками ДНК. Не все нуклеотидные основания в ДНК, входящие в сайт связывания ТФ, имеют одинаковую значимость при взаимодействии с белком. Вследствие этого, ТФ обычно связывают не участок со строго определенной первичной структурой, а группу структур с близким сходством, каждую — с разной степенью сродства.
нужное уже подчеркнуто... именно эти жернова не понимания и пытаемся преодолеть ..
ps
Почти как тут ..
Жизнь - это как езда на машине по мегаполису. Чуть зазевался, упустил время - и ты уже едешь не туда, куда тебе нужно(хочется), туда, куда позволяют разметка и знаки.
Уже конечно обратил ... на Сайты связывания Факторы транскрипции т.е. участки ДНК, которые взаимодействуют с факторами транскрипции, называются сайтами связывания ТФ. Взаимодействие осуществляется за счет электростатических сил, водородных связей и сил Ван-дер-Ваальса. За счет корпоративного, стерически детерминированного действия данных сил, которое определяется пространственной структурой белковой молекулы, ТФ связываться только с определенными участками ДНК. Не все нуклеотидные основания в ДНК, входящие в сайт связывания ТФ, имеют одинаковую значимость при взаимодействии с белком. Вследствие этого, ТФ обычно связывают не участок со строго определенной первичной структурой, а группу структур с близким сходством, каждую — с разной степенью сродства.
Чукча не из Сибири написал(а):
нужное уже подчеркнуто... именно эти жернова не понимания и пытаемся преодолеть ..
Чукча не из Сибири написал(а):
Уже конечно обратил ... на Сайты связывания Факторы транскрипции т.е. участки ДНК, которые взаимодействуют с факторами транскрипции, называются сайтами связывания ТФ. Взаимодействие осуществляется за счет электростатических сил, водородных связей и сил Ван-дер-Ваальса. За счет корпоративного, стерически детерминированного действия данных сил, которое определяется пространственной структурой белковой молекулы, ТФ связываться только с определенными участками ДНК.
Именно правильное понимание этих процессов может вывести на следующее....
1.В приложении к нашим проблемам, можно говорить о возможности сопоставления осцилляторов с молекулярными образами активационных молекул
2.В приложении к нашим проблемам, можно описать возможность реализации возбуждения осцилляторов в биологической среде для накопления энергии от маломощного источника облучения с целью ее трансформации для управления параметрами искусственного создания энергетических пузырей как аналогов активационных молекул.
3.В приложении к нашим проблемам можно показать специфическую энергетическую среду в которой происходят все эти действия и возможности моторных белков , надмолекулярных комплексов И ТОНКОЙ РЕГУЛЯЦИИ их активности
4. В приложениях к нашим проблемам можно показать что семейство солитонов играют роль опознавания на коротких 30 и длинных 40 шагах работы системы модуля ФТ представляя аналог считывания или распознавания информации из ДНК.
5. Сюда красиво ложатся пространственные теории с использование бутылок Клейна и передачи энергии
6. Тут явно применима М-теория и так далее ...
ps
Почти как тут ..
Вы спрашиваете, как я отношусь к сексу? Да я ему жизнью обязан
это пример наглядной итерации или шагов
Рецепт. Как в домашних условиях приготовить вкусный напиток из кактуса.
Пункт 1. Налить почти полный стакан водки.
Пункт 2. Выкопать кактус из горшка. Аккуратно ножницами удалить все колючки и корни.
Пункт 3. Взять кактус в руку, сжать его, и всю получившуюся жидкость выдавить в стакан.
Пункт 4. Содержимое стакана тщательно перемешать.
Пункт 5. Вкусный напиток готов. Выпить сразу, крупными глотками.
Примечание. Если у вас дома нет кактуса, то пункты 2, 3, 4 можно исключить.
На пост 43
все рассматриваемые проблемы связаны с представлением биологических (химических) молекул в виде функциональным модулей (со специфическим функциями и возможностями пространственной ориентацией) для попытки с моделировать их поведение или управление из вне, поиск решающих наглядных примеров (кроме апостоза)..
Насчет сабра ... излазил все окрестности нашел но пробовать не стал, цикл укороченный лучше применять...
ps
просто вспомнил про это ..
Три причины почему не выполнена работа?
Забыл, запил, забил!
Насчет сабра ... излазил все окрестности нашел но пробовать не стал, цикл укороченный лучше применять...
Главное руками его не трогать, колючки маленткие незаметные но потом не выташишь. Одеваете перчатки, разрезаете его, и из серидины берете кусочки - вкусно.
Чукча не из Сибири написал(а):
все рассматриваемые проблемы связаны с представлением биологических (химических) молекул в виде функциональным модулей (со специфическим функциями и возможностями пространственной ориентацией) для попытки с моделировать их поведение или управление из вне, поиск решающих наглядных примеров (кроме апостоза)..
Ну во первых не вода , а информация, и нужно тесто... тут я согласен... пошел за мукой ...
ps
Письмо найденное в бутылке посреди океана:
Нахожусь на необитаемом острове. Ни автомобилей, ни магазинов, ни смога, ни шума. Чтоб вы там все лопнули от зависти!
Пока собирается мука для информационного пирога, можно ознакомится и с вариантами посуды в которой это можно приготовить ....
Напомню идет обсуждение пп 41
Взаимодействие осуществляется за счет электростатических сил, водородных связей и сил Ван-дер-Ваальса.
и тут интересно про проявление электростатических сил ( к стати о посуде..)...
Основание для применении ru.wikipedia.org/wiki/%D0%AD%D0%BB%D0%B5...82%D0%B8%D0%BA%D0%B0 теории Максвелла заключается не в законе Кулона, а в принятии гипотезы, которая выражается в следующем о специальном свойстве проводящей замкнутой поверхности. Такая замкнутая поверхность является своеобразным экраном, защитой для всего пространства, заключённого внутри неё. (physics.aps.org/synopsis-for/10.1103/PhysRevLett.105.233906 Пример реализации - физиками из Китая при помощи метаматериалов недавно уже создали иллюзию части такой плоскости - плазмоны особой структуры искривляют траекторию электромагнитного излучения таким образом, что наблюдатель вместо канала, разделяющего две стенки, видит непрерывную поверхность (плазмонами называют квазичастицы, которые представляют собой квантования колебаний плотности электронного газа).).
Практически описана система которая достаточно полно подтверждает возможности существования гиперповерхности (с использованием извращенных бутылок Клейна) на которых возможно проходят эти события quantoforum.ru/nobelprize/112-volnovoj-g...m-14?start=780#30896 пп 793 из 14 тома дискуссии. А это является большим шагом в подтверждении теории о взаимодействии фантомов активационных молекул на возможность управления мембранными порами не стандартными методами с использованием мШЭИ сверх слабого излучения ...
Всё замечательно, но можно уточнить немного по ходу дискуссии.
На микрофото п.19 И-РНК с обеих сторон двойной спирали ДНК и довольно плотно, означает ли это, что работа идёт с обеими цепями сразу, мне что-то подсказывает, что так оно и есть.
И второе уточнение, если полимераза передвигается по цепи ДНК с учётом связей дезоксирибозы и фосфата, то как реализуется её откат.
Я так понимаю, что ни механизма определяющего начало транскрипции, ни механизма определяющего начало отката полимеразы и верификации данных попросту пока никто не знает. Что происходит потом как-то изучено, а эти мелочи выпали из зоны интереса либо находятся вне досягаемости исследователей. В науке часто такое практикуется, сначала узнают что бывает потом, а момент непосредственной причинно-следственной связи постичь не могут, в конце концов осознавая эту невозможность просто постулируют данную причинно-следственную связь в одном из её возможных вариантов, но потом начинают просачиваться на свет и иные варианты этой связи, и цикл повторяется.
А Чукча не из Сибири молодец, копает глубоко, настойчиво и по делу.
На микрофото п.19 И-РНК с обеих сторон двойной спирали ДНК и довольно плотно, означает ли это, что работа идёт с обеими цепями сразу, мне что-то подсказывает, что так оно и есть.
Транскрипция может идти (и идет) с обеих цепей ДНК, но в обратных направлениях.
WsK написал(а):
И второе уточнение, если полимераза передвигается по цепи ДНК с учётом связей дезоксирибозы и фосфата, то как реализуется её откат.
РНК-полимераза, как и любая другая макромолекула-мотор, может двигаться в разных направлениях с разной вероятностью. Картинка которую я даю ниже показывает схематически что РНК-полимераза может в разнвх реакциях участвовать, не только в реакции ковалентного присоединении нуклеотида сцепленной с передвижением вниз вдоль по цепи ДНК. Транскрипционные факторы дополнительные регулируют эти процессы.
Вот примерная картинка: www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2854675/figure/F6/
WsK написал(а):
Я так понимаю, что ни механизма определяющего начало транскрипции, ни механизма определяющего начало отката полимеразы и верификации данных попросту пока никто не знает. Что происходит потом как-то изучено, а эти мелочи выпали из зоны интереса либо находятся вне досягаемости исследователей.
Транскрипция может идти (и идет) с обеих цепей ДНК, но в обратных направлениях.
Вот этот момент мне крайне интересен даже не с биологической точки зрения, а чисто с информационной. Если левая цепочка составлена правильно, то правая всего лишь комплементарная цепь. Скажем так левая цепь - это оригинал, а правая зеркальная копия, ну или модель и форма для её отливки. Так вот мне интересен тот момент, что природе важна и модель и форма для её получения - это колоссально.
А ссылки я посмотрю, спасибо.
По всей видимости при транскрипции идет взаимодействие (информационное на базе ЭМ) так как получаемый результат с левой и правой части ДНК расплетения практически не отличаются по результату ...
ps
Почти как тут в вариантах поиска ...
Вечная женская проблема:
Как при знакомстве с молодым человеком отличить хорошего человека от плохого, если оба хотят от тебя одного и того же?!
Для ответа на этот вопрос, сделаем предварительный экскурс ... ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A1%D0%B8%D0%BB...BB%D1%8C%D1%81%D0%B0 Ван-дер-ваальсовое взаимодействие, состоит из трех типов слабых взаимодействий:
К ван-дер-ваальсовым силам относятся взаимодействия между диполями (постоянными и индуцированными). Ориентационные силы, диполь-дипольное притяжение. Осуществляется между молекулами, являющимися постоянными диполями. Примером может служить HCl в жидком и твердом состоянии. Энергия такого взаимодействия обратно пропорциональна кубу расстояния между диполями. Дисперсионное притяжение (лондоновские силы). Взаимодействием между мгновенным и наведенным диполем. Энергия такого взаимодействия обратно пропорциональна шестой степени расстояния между диполями. Индукционное притяжение. Взаимодействие между постоянным диполем и наведенным(индуцированным). Энергия такого взаимодействия обратно пропорциональна шестой степени расстояния между диполями. Все это сидит наru.wikipedia.org/wiki/%D0%AD%D0%BB%D0%B5...82%D0%B8%D0%BA%D0%B0 Электростатике Максвелла
или на более простом понятие .... www.fieldphysics.ru/1c01/ сила электромагнитного взаимодействия движущихся зарядов эквивалентна силе инерции, которая возникла бы при неинерциальном движении одного заряда относительно другого с массой, обусловленной потенциальной энергией их взаимодействия. И базируется на следующих данных Влияние ru.wikipedia.org/wiki/%D0%92%D0%BE%D0%B4...B2%D1%8F%D0%B7%D1%8C водородной связи на физические свойства
Связь этого типа, хотя и слабее ионной и ковалентной связей, тем не менее играет очень важную роль во внутри- и межмолекулярных взаимодействиях. В частности, элементы вторичной структуры (например, -спирали, -складки) в молекулах белков стабилизированы водородными связями.
Особенностями водородной связи, по которым её выделяют в отдельный вид, является её не очень высокая прочность, её распространенность и важность, особенно в органических соединениях, а также некоторые побочные эффекты, связанные с малыми размерами и отсутствием дополнительных электронов у водорода. Природа водородной связи
Ранее образование водородной связи обычно объясняли действием электростатических сил, то есть атом водорода, несущий слабый положительный заряд, притягивается к электроотрицательному атому, который несет небольшой отрицательный заряд. Теперь ученые склоняются к тому, что водородная связь может быть частично ковалентной - это означает, что при ее формировании происходит обобщение электронов водорода и второго образующего связь атома. Свойства
Энергия водородной связи значительно меньше энергии обычной ковалентной связи (не превышает 40 кДж/моль). Однако этой энергии достаточно, чтобы вызвать ассоциацию молекул, то есть их объединение в димеры или полимеры И вот теперь вооружившись этими данными, мы должны НУЖНУЮ МОЛЕКУЛУ соорентировать в пространстве, ПОСТАВИТЬ В ОЧЕРЕДЬ и подвести к нужному участку для начала взаимодействия.
Именно место рас плетения его левая и правая часть ветки ДНК возможно и играют роль этой пространственной ловушки для выполнения последовательности этих действий. В этом случае в выборе этих позиций и нужны левая и правая часть расплетенной ДНК, а наличие солитоннох образований на этих полимерах и играют роль спусковых механизмов для выполнения этих действий .., о чем и указано в newsample.com/01/TezisPPG.htm Постулатах Фантомной Теории
Для ответа на этот вопрос, сделаем предварительный экскурс ...
Однако на вопрос так и не ответили. Почему думаете что обе цепи транскрибируются одинаково? Они ведь имеют как минимум одно принципиальное отличие - ассимметрию по отношению к промотеру.
Вот тут то и может быть зарыта истина ... так как они (левая и правая часть расплетения ДНК в n-шагов) участвуют ОДНОВРЕМЕННО в одном и том же процессе, т.е сборке и результат этого ТОЛЬКО ОДНА мРНК .... а именно получение этого ИНФОРМАЦИОННОГО слепка ... и участвуют тут не один кодон, а целый слепок из 30-40 шагов ... что и называет это фразой наш знаменитый ППГ... и двигаться этот слепок может только в одну сторону, что и видно на рисунке в параграфе 19 (так как нет там толкучки... и обвешаны эти сотни молекул РНК-полимеразы достаточно равномерно).... а расстояние в точке расплетение между левой и правой веткой ДНК играет роль для ориентации внешних молекул при сборке и удержании оных на нужном расстоянии .... и в этом случае дешифровка последовательности сборки молекулы мРНК будет более сложной чем якобы считываение по одной ветке ... и участвует тут вполне возможно левая часть для определения последовательности, а правая для пространственной ориентации при стыковке молекул ...
ps
Никогда не бойся делать то, что ты не умеешь. Помни, ковчег был построен любителем. Профессионалы построили Титаник.
Миша, ну вот видишь, как вас с Петровичем застукали уже на первых шагах транскрипции триплетоф (пожалуй и дуплетоф, если так уж приспичило). Мне не понятно Кто, какой научный гуру (Любищеф?) в своё время так фпарил эту лелеянную муху ВГ в башки Петровичу с Вами, что до сих пор не можете очухаться от сего ментального багажа перед лицом крутых экспериментальных фактов молекулярной (в отличие от волновой) генетики?
Петр Твердый Орешек ... Все приведенные данные пока даже близко не касаются ВГ ППГ, а взяты из наблюдений молекулярных биологов - генетиков .... и касаются только замеченных фактов и имеющих явную природу для не стыковок .....
ps
Главное помнить вот эту зависимость ...
Если результат не зависит от способа решения — это математика, а если зависит — это бухгалтерия.
