Ключевое слово
28 | 03 | 2024
Новости Библиотеки
Шахматы Онлайн
Welcome, Guest
Username: Password: Remember me

TOPIC: Базы по пространственной структуре биомолекул

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 13:52 #91

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
Молекулярная динамика вообще посвящена расчету молекулярных траекторий. Вы это хотите рассчитывать?
Нет, вот это:

www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0009261405010651

--

onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1560/IJC.47.1.59/full

mittelspiel написал(а):
HyperChem это программная оболочка из которой можно запускать разные приложения. Вы о каком конкретно типа расчета говорите. Что конкретно хотите рассчитывать
Если HyperChem не для моего случая тоды нуно гауссиан запущать
Last Edit: 11 Март 2015 15:08 by Vladimirovich.

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 13:54 #92

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Там две статьи в посте 24. Есть исчо для таких простых систем. Для сложных - тоже самое только сложнее.
Там вычисления для молекулы водорода и этилена. Приближенные вычисления. С многими допущениями. Для более сложных молекул не только время расчета на порядки увеличится, но и методика расчет изменится. В остальном да, можете попробовать пойти по этому пути.
ДЕТАЛИ ВЫЧИСЛЕНИЙ
Для вычисления коэффициентов волновой функции в CISD-методе или, экви-
валентно, элементов редуцированной матрицы плотности CISD
1 , а также для того
чтобы найти собственные значения матрицы плотности, т.е. естественные спиновые
орбитали, был использован пакет программ Gaussian 03 [29].
При расчете диссоциации молекулы H2 волновая функция раскладывалась с по-
мощью CISD-метода. В этой системе возможны лишь одинарные или двойные
возмущения, а потому CISD-метод оказывается методом полных конфигурацион-
ных взаимодействий (FCI-методом). При исследованиях димера этилена волно-
вая функция раскладывалась с помощью метода связанных кластеров один–два
(CCSD-метода) [30], [31]. Он является численным методом, используемым при опи-
сании многочастичных систем, и может быть применен для расчета корреляционных
эффектов в системе двух связанных тел. CCSD-метод представляет собой обрезан-
ный по взаимодействию метод связанных кластеров (CC-метод). Это означает, что
используются только синглетные и дублетные операторы возмущений, следователь-
но, этот метод не может рассматриваться как подобный FCI-методу. Тем не менее,
с его помощью можно описывать взаимодействие отдельных молекул лучше, чем в
CISD-методе [23].
Для обеих систем (молекулы H2 и димера этилена) входное состояние подго-
тавливливалось с помощью вычислений по неограниченному методу Хартри–Фока

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 16:47 #93

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
Вона как:

Quantum Mechanics in Physics and Chemistry with Applications to Biology
By
Rabi Majumdar
(Author)

Quantum Chemistry Aided Design of Organic Polymers: An Introduction to the Quantum Chemistry of Polymers and Its Applications
By
Jean Marie Andre

Отредактировано limarodessa (2011-06-05 20:50:32)

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 19:49 #94

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Вона как:
Как?

Базы по пространственной структуре биомолекул 06 Июнь 2011 02:44 #95

  • PP
  • PP's Avatar
  • OFFLINE
  • Холоп
  • Posts: 31409
  • Thank you received: 224
  • Karma: -124
mittelspiel написал(а):
В остальном да, можете попробовать пойти по этому пути.
Тут еще некое образование надобно получить, а это займет очень много времени. Почему я и советую подумать о постановке экспериментов, где задача будет ставиться на более простом уровне. Впрочем интуиция подсказывает, что на уровне целой ДНК квантовые эффекты не играют значительной роли.

Базы по пространственной структуре биомолекул 06 Июнь 2011 06:14 #96

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
Как?
во как:

Quantum Bio- Informatics II: From Quantum Information to Bio- Informatics
By
L Accardi, W Freudenberg, Masanori Ohya

Базы по пространственной структуре биомолекул 06 Июнь 2011 17:10 #97

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
PP написал(а):
Тут еще некое образование надобно получить, а это займет очень много времени.
Где-то проскакивала информация если я не ошибаюсь что ув. limarodessa первое образование имеет по физике низких температур. А по психологии - уже второе образование. В таком случае должОн уметь разбиратиься во всяких базовых штуках с расчетами. Ну или если подзабыл несложно вспомнить.

Базы по пространственной структуре биомолекул 06 Июнь 2011 17:11 #98

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
во как:
не очень понял как по сути вопроса дела обстоят

Базы по пространственной структуре биомолекул 06 Июнь 2011 17:11 #99

  • Vladimirovich
  • Vladimirovich's Avatar
  • OFFLINE
  • Инквизитор
  • Posts: 106491
  • Thank you received: 2058
  • Karma: 105
limarodessa написал(а):
во как:
Quantum Bio- Informatics II: From Quantum Information to Bio- Informatics
By
L Accardi, W Freudenberg, Masanori Ohya
Загадками говорить изволите

Каждому - своё.

Базы по пространственной структуре биомолекул 06 Июнь 2011 17:37 #100

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
Vladimirovich написал(а):
Загадками говорить изволите
Да неее... просто я сейчас открыл для себя мир англоязычной научной литературы (не периодики) и интенсивно занимаюсь освоением соответствующих сайтов. Оказывается англоязычных книг на несколько порядков больше чем русскоязычных (в том числе переводных). Пока еще ничего не перевел - занимаюсь систематизацией материала

Базы по пространственной структуре биомолекул 06 Июнь 2011 17:42 #101

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
Где-то проскакивала информация если я не ошибаюсь что ув. limarodessa первое образование имеет по физике низких температур. А по психологии - уже второе образование. В таком случае должОн уметь разбиратиься во всяких базовых штуках с расчетами. Ну или если подзабыл несложно вспомнить
Мне почему то вот что подумалось: наличие современных баз структур молекул и специализированных программ для квантовохимических расчетов оных может в какой то степени компенсировать отсутствие возможности лабораторной проверки гипотез.

Особенно меня впечатлило что в некоторых базах сразу же дается набор ссылок и абстрактов по соответствующему фрагменту ДНК:

ndbserver.rutgers.edu/atlas/xray/structu...A/ad0001/ad0001.html
www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9838004
Last Edit: 11 Март 2015 15:09 by Vladimirovich.

Базы по пространственной структуре биомолекул 06 Июнь 2011 17:53 #102

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Мне почему то вот что подумалось: наличие современных баз структур молекул и специализированных программ для квантовохимических расчетов оных может в какой то степени компенсировать отсутствие возможности лабораторной проверки гипотез.
базы это хорошо, но гипотезы все равно нужны конкретные тчобы знать что в этих базах искать.

Базы по пространственной структуре биомолекул 11 Июнь 2011 06:21 #103

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
а базы достаточно на первых порах вот этой
www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/index.shtml
А как оттедова инфу извлекать ? Чагойто у мя ни хрена не получаетси...
Last Edit: 11 Март 2015 15:09 by Vladimirovich.

Базы по пространственной структуре биомолекул 12 Июнь 2011 02:27 #104

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • NOW ONLINE
  • Наместник
  • Posts: 49331
  • Thank you received: 130
  • Karma: 16
PP написал(а):
интуиция подсказывает, что на уровне целой ДНК квантовые эффекты не играют значительной роли
А не играет ли роли обычная стохастика: критические биологические процессы попросту наступают/случаются с достаточной (для поддержания жызни) вероятностью и если эти вероятности опустятся ниже некоторых критических значений, то цепочка вдруг оборвётся и жизни такой, какой её знаем, наступит кирдык?

Базы по пространственной структуре биомолекул 12 Июнь 2011 19:27 #105

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
А как оттедова инфу извлекать ? Чагойто у мя ни хрена не получаетси...
Например нас инетесует полимераза.
вводим в строку поиска polymerase, получаем 2709 ссылок, уточняем поиск (например, нас интересует структура полимеразы в комплексе с ДНК - выбирает справа ссылочку protein-DNA, получаем уже всего 605 ссылок, дальше выбираем например такую: Structures Of Ternary Complexes Of Rat Dna Polymerase Beta, A Dna Template-Primer, And Ddctp, кликаем на ее рисуночек слева) (www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/mmdb/mmdbsrv.cgi?uid=86826). Дальше справа кликаем на номер этой структуры в базе данных PDB (могли искать исходно и в PDB) и переходим по ссылке сюда: www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?pdbId=2BPF . Дальше справа нажимаем на download files, и в выпадающей менюшке выбираем PDB file (text). Скачиваем его, сохранем на диск, дальше открываем в любой программе (в том числе в HyperChem)
Last Edit: 11 Март 2015 15:09 by Vladimirovich.

Базы по пространственной структуре биомолекул 12 Июнь 2011 19:31 #106

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
Сибо. Буду разбираться. А углы и расстояния при анализе PDB в HyperChem определяются по загруженному из базы файлу ?

Базы по пространственной структуре биомолекул 12 Июнь 2011 19:50 #107

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Сибо. Буду разбираться. А углы и расстояния при анализе PDB в HyperChem определяются по загруженному из базы файлу ?
да
в базах есть несколько форматов файлов, будьте с ними аккуратны
из формата в формат можно переводить, Вам обычно нужен .pdb

Базы по пространственной структуре биомолекул 12 Июнь 2011 19:53 #108

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
имейте в виду, что в формате .pdb насколько я помню отсутствуют атомы водорода (они достраиваются автоматически при интерпретации .pdb файла в HyperChem). но в некоторых программах требуются явно прописанные атомы водорода, тогда надо переводить из формата в формат. и другие ньюансы есть. пока не забивайте голову, выяснится по мере работы

Базы по пространственной структуре биомолекул 18 Июнь 2011 16:27 #109

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
задачи покрутить молекулу сформулированной в начале топика. ... задача решается стандартными средствами и есть много готовых компьютерных программ
mittelspiel написал(а):
Боюсь что метод молекулярной динамики основывается на усреднениях, которые не позволяют отлавливать квантовые эффекты.
mittelspiel написал(а):
там квантовые эффекты учитываются усредненно ... это можно сделать в HyperChem
mittelspiel написал(а):
Молекулярная динамика вообще посвящена расчету молекулярных траекторий
А там в HyperChem можно увидеть и посчитать процессы происходящие в динамике химической реакции нуклеиновых кислот - например при кроссинговере ?

Базы по пространственной структуре биомолекул 18 Июнь 2011 16:39 #110

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
А там в HyperChem можно увидеть и посчитать процессы происходящие в динамике химической реакции нуклеиновых кислот - например при кроссинговере ?
Кроссинговер, насколько я понимаю, протекает с участием многих белковых компонентов и при активном потреблении энергии АТФ. Попробуйте для начала описать этот процесс хотя бы на пальцах и определиться с тем, какие молекулы непосредственно там участвуют. Скорее всего в деталях ни один суперкомпьютер не потянет. Но не отчаивайтесь, после того как определились с полным списком участвующих молекул, постарайтесь упростить систему и вычленить только самые важные части. Если повезет, то некме их куски найдутся в формате PDB. Надо будет их склеивать, а по поводу недостающей информации фантазировать. В итоге жолжна получиться стартовая конфигурация, достаточно простая для расчетов, и уж с ней и надо играть. Задача сложная. Возможно Квантринас еще что подскажет.

Базы по пространственной структуре биомолекул 18 Июнь 2011 16:44 #111

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
Кроссинговер, насколько я понимаю, протекает с участием многих белковых компонентов и при активном потреблении энергии АТФ. Попробуйте для начала описать этот процесс хотя бы на пальцах и определиться с тем, какие молекулы непосредственно там участвуют. Скорее всего в деталях ни один суперкомпьютер не потянет. Но не отчаивайтесь, после того как определились с полным списком участвующих молекул, постарайтесь упростить систему и вычленить только самые важные части. Если повезет, то некме их куски найдутся в формате PDB. Надо будет их склеивать, а по поводу недостающей информации фантазировать. В итоге жолжна получиться стартовая конфигурация, достаточно простая для расчетов, и уж с ней и надо играть. Задача сложная. Возможно Квантринас еще что подскажет
Да нет Вы судя по всему не поняли моего вопроса. Я привел кроссинговер всего лишь как пример. Я спросил может ли в принципе программа молекулярного моделирования отображать (в том числе визуализировать) реакции в биомолекулах и осуществлять расчеты физических величин которые меняются во времени (нестационарные процессы) в этих реакциях ?

Базы по пространственной структуре биомолекул 18 Июнь 2011 16:50 #112

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • NOW ONLINE
  • Наместник
  • Posts: 49331
  • Thank you received: 130
  • Karma: 16
Разумеется.

Базы по пространственной структуре биомолекул 18 Июнь 2011 16:58 #113

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Да нет Вы судя по всему не поняли моего вопроса. Я привел кроссинговер всего лишь как пример. Я спросил может ли в принципе программа молекулярного моделирования отображать (в том числе визуализировать) реакции в биомолекулах и осуществлять расчеты физических величин которые меняются во времени (нестационарные процессы) в этих реакциях ?
Молекулярное моделирование для того и предназначено. Дьявол кроется в деталях. Какое число атомов хотите анализировать и в течение какого промежутка времени.

Базы по пространственной структуре биомолекул 18 Июнь 2011 17:02 #114

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
Молекулярное моделирование для того и предназначено. Дьявол кроется в деталях. Какое число атомов хотите анализировать и в течение какого промежутка времени
Да с молекулярного водорода начнем. За какое время там разрыв или воссоединение молекулы из двух одиночных атомов происходит ? Фемто- или пико...

Базы по пространственной структуре биомолекул 18 Июнь 2011 17:06 #115

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • NOW ONLINE
  • Наместник
  • Posts: 49331
  • Thank you received: 130
  • Karma: 16
хз

Базы по пространственной структуре биомолекул 18 Июнь 2011 17:06 #116

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Да с молекулярного водорода начнем. За какое время там разрыв или воссоединение молекулы из двух одиночных атомов происходит ? Фемто- или пико...
Водород это задача не для молекулярной динамики скорее всего.

Базы по пространственной структуре биомолекул 18 Июнь 2011 17:07 #117

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • NOW ONLINE
  • Наместник
  • Posts: 49331
  • Thank you received: 130
  • Karma: 16
Слишком простА наверное

Базы по пространственной структуре биомолекул 18 Июнь 2011 17:08 #118

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
Водород это задача не для молекулярной динамики скорее всего
Логично



Ну что у нас там в реакцию вступает ? Ну хорошо - сами напросились - фрагменты Оказаки

Базы по пространственной структуре биомолекул 18 Июнь 2011 17:11 #119

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • NOW ONLINE
  • Наместник
  • Posts: 49331
  • Thank you received: 130
  • Karma: 16
limarodessa написал(а):
фрагменты Оказаки
Что за фрагменты сие?

Базы по пространственной структуре биомолекул 18 Июнь 2011 17:11 #120

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Хайдук написал(а):
Слишком простА наверное
Просто в молекулярной динамике обычно между атомами обычно действуют эмпирические (электростатические) потенциалы взаимодействия. А процесс разрыва химической связи это другое.
Last Edit: 11 Март 2015 15:10 by Vladimirovich.
Рейтинг@Mail.ru

Научно-шахматный клуб КвантоФорум