Ключевое слово
28 | 03 | 2024
Новости Библиотеки
Шахматы Онлайн
Welcome, Guest
Username: Password: Remember me

TOPIC: Базы по пространственной структуре биомолекул

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 18:57 #61

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
вот здесь самый известный из самых последних экспериментов (там полный текст статьи доступен свободно справа)
Ну здесь конкретное описание очень дорогого и красивого эксперимента. Как это применить к Вашей проблеме я не знаю. Но идея проводить эксперименты на канарах мне нравится

Experimental setup. The Bell experiment was carried out between the islands of La Palma and Tenerife at an altitude of 2,400 m. (La Palma) A 405-nm laser diode (LD) pumped a periodically poled potassium titanyl phosphate (ppKTP) crystal in a polarization-based Sagnac interferometer, to generate entangled photon pairs in the - singlet state. One photon per pair was sent through a 6-km-long, coiled optical single-mode fiber (SMF) to Alice (located next to the source). Alice’s polarization analyzer consisted of half- and quarter-wave plates (HWP, QWP), an electro-optical modulator (EOM), a polarizing beam splitter (PBS) and two photodetectors (DT, DR). A quantum random number generator (30) (QRNGA) located at a distance of 1.2 km, consisting of a light-emitting diode (LED), a 50/50 beam splitter (BS), and two photomultipliers (PMs), generated random bits which were sent to Alice via a 2.4 GHz radio link. The random bits were used to switch the EOM, determining if the incoming photon was measured in the 22.5°/112.5° or 67.5°/157.5° linear polarization basis. A time-tagging unit (TTU), locked to the global positioning system (GPS) time standard and compensated (31) for small drifts up to 10 ns, recorded every detection event (arrival time, detector channel, and setting information) onto a local hard disk. The other photon was guided to a transmitter telescope and sent through a 144-km optical free-space link to Bob on Tenerife. (Tenerife) The incoming photon was received by the 1-m optical ground station (OGS) telescope of the European Space Agency. At Bob’s polarization analyzer (triggered by an equal but independent quantum random number generator QRNGB), the photons were measured in either the horizontal (0°)/vertical (90°), or the 45°/135° linear polarization basis. Bob’s data acquisition was equivalent to Alice’s. (See also Materials and Methods for details.) (Geographic pictures taken from Google Earth, ©2008 Google, Map Data ©2008 Tele Atlas.)

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 19:28 #62

  • PP
  • PP's Avatar
  • OFFLINE
  • Холоп
  • Posts: 31409
  • Thank you received: 224
  • Karma: -124
limarodessa написал(а):
Допустим импульса и координаты электрона в орбитали
mittelspiel написал(а):
Вам надо наверное сформудировать некий макроскопически детектируемый признак передачи квантовой информации который потом отлавливать.

Базы по пространственной структуре биомолекул 04 Июнь 2011 23:01 #63

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 49331
  • Thank you received: 130
  • Karma: 16
Вопрос к здешним экспертам: химическим реакциям нужен ли градиент температуры или поток энергии? Или могут сами забирать что и сколько нужно из (внимание!) термодинамического равновесия вокруг?

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 00:25 #64

  • Хайдук
  • Хайдук's Avatar
  • OFFLINE
  • Наместник
  • Posts: 49331
  • Thank you received: 130
  • Karma: 16
Игорь, погодите, пока в журнале В Мире Науки выдет перевод статьи хорватина (знай наших, балканцеф) Влатко Ведрал www.scientificamerican.com/article.cfm?i...-quantum-worldLiving in a Quantum World. Там указано на последние надёжно застуканные достижения, концовка статьи совершенно замечательная: глаголит о том, о чем я здесь долдоню уже несколько лет - пространство и время скорее суть макроскопические следствия нелокальных энтанглментов

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 04:10 #65

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
Хайдук написал(а):
статьи хорватина (знай наших, балканцеф) Влатко Ведрал
Ваш Влатко Ведрал засел в Сингапуре и строчит оттедова статейки как из пулемета:

www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2839811/
Quantum physics meets biology

... and Vlatko Vedral

Quantum physics and biology have long been regarded as unrelated disciplines, describing nature at the inanimate microlevel on the one hand and living species on the other hand. Over the past decades the life sciences have succeeded in providing ever more and refined explanations of macroscopic phenomena that were based on an improved understanding of molecular structures and mechanisms. Simultaneously, quantum physics, originally rooted in a world-view of quantum coherences, entanglement, and other nonclassical effects, has been heading toward systems of increasing complexity. The present perspective article shall serve as a “pedestrian guide” to the growing interconnections between the two fields. We recapitulate the generic and sometimes unintuitive characteristics of quantum physics and point to a number of applications in the life sciences. We discuss our criteria for a future “quantum biology,” its current status, recent experimental progress, and also the restrictions that nature imposes on bold extrapolations of quantum theory to macroscopic phenomena.
Last Edit: 12 Апр 2015 06:04 by Vladimirovich.

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 06:02 #66

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
Хайдук написал(а):
Living in a Quantum World. Там указано на последние надёжно застуканные достижения, концовка статьи совершенно замечательная: глаголит о том, о чем я здесь долдоню уже несколько лет - пространство и время скорее суть макроскопические следствия нелокальных энтанглментов
Оёёёёёй (не иначе РР вспомнит о клинической экспертизе):

www.doaj.org/doaj?func=abstract&id=759258
Quantum Black Holes and pseudotelepathy in biological organisms

Author: Monendra Grover, ; Ritu Grover

Abstract:

Superposed state of quantum registers can be used to describe inflationary universe. One can speak of a quantum superposition of universes during inflation. It has been proposed by Zizzi that a cosmic consciousness event happened at the end of inflation which acted as a blueprint for the future minds to come. The post inflationary universe organized itself into quantum and classical modes. I propose in this paper that biological organisms can be viewed as quantum computer and black hole quantum computers which organize themselves into quantum and classical modes. The biological organisms can be further subdivided into various subroutines. It is further suggested in this paper that the results of the computation by biological organisms are the universals which are partially similar to the universals obtained by quantum computation in the universe. This is reminiscent of the situation in the hologram. Ialso suggest that biological organisms are deSitter horizons of actual organisms which exist in multidimensional space. The biological networks may use quantum telepathy for co-coordinated activity.

Journal: International Journal on Computer Science and Engineering
Last Edit: 12 Апр 2015 06:04 by Vladimirovich.

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 06:04 #67

  • Vladimirovich
  • Vladimirovich's Avatar
  • OFFLINE
  • Инквизитор
  • Posts: 106493
  • Thank you received: 2058
  • Karma: 105
Хайдук написал(а):
Вопрос к здешним экспертам: химическим реакциям нужен ли градиент температуры или поток энергии?
Depends on
Требующие притока - это эндотермические реакции. Типичный пример - электролиз.
Каждому - своё.

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 06:11 #68

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
Будете симулировать в вакууме или в воде? Воду будете явным опразом прорисовывать?
mittelspiel написал(а):
Это не ответ. Вы должны определиться каким образом учитываете воду в расчетах. В зависимости от этого определится какие вычислительные мощности нужны (лаптоп или суперкомпьютер) и какие максимальные времена и расстояния реально рассмотреть
Как я мог забыть. Соавторы Монтанье занимаются квантовой когерентностью в воде. Там до фега статеек. Только что вышла вот эта:

www.waterjournal.org/images/pdf/vol2/vol2delgiudice.pdf
Last Edit: 12 Апр 2015 06:05 by Vladimirovich.

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 06:12 #69

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
Хайдук написал(а):
Игорь, погодите, пока в журнале В Мире Науки выдет перевод
Несмотря на критику моей технологии перевода переводить статьи я научился в течении 15 минут с момента их размещения в сети.

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 06:14 #70

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
Хайдук написал(а):
статьи хорватина (знай наших, балканцеф) Влатко Ведрал Living in a Quantum World.
Это известный автор в квантово-запутанных научных кругах. Я с ним обчался. Ён мне очень помог в одном вАпросе.

Отредактировано limarodessa (2011-06-05 10:18:24)

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 07:59 #71

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
О каких ... каких временах ... идет ресь
mittelspiel написал(а):
Это тоже неточная формулировка. надо бы определиться конкретнее, то ли это фемтосекунды, то ли пикосекунды, то ли что-то другое.
pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2011/mb/c1mb05038a
Although we have applied these methods on simulation trajectories of a modest time scale (20 ns each), we emphasize that our methodology provides a general approach towards an objective clustering of large-scale MD simulation data and may be applied to probe multistate equilibria at higher time scales...
Last Edit: 12 Апр 2015 06:05 by Vladimirovich.

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 08:58 #72

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Although we have applied these methods on simulation trajectories of a modest time scale (20 ns each), we emphasize that our methodology provides a general approach towards an objective clustering of large-scale MD simulation data and may be applied to probe multistate equilibria at higher time scales...
Если собираетесь использовать молекулярную динамику, то Вам поможет этот софт www.ks.uiuc.edu/Tutorials/.http://www.ks.uiuc.edu/Tutorials/. Он бесплатный, лучший в своем классе. Есть одна закавыка - он под линух. Но гения это не должно остановить

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 09:03 #73

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Но что именно методом молекулярной динамики рассчитывать будете?

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 09:06 #74

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Боюсь что метод молекулярной динамики основывается на усреднениях, которые не позволяют отлавливать квантовые эффекты.

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 09:50 #75

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
Есть одна закавыка - он под линух. Но гения это не должно остановить
Если следовать Вашей логике - у нас на кафедре сплошные нобелевские лауреаты (причем среди студентов) - у нас целый компьютерный класс под линухом

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 10:00 #76

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
Но что именно методом молекулярной динамики рассчитывать будете?
Тут главное не что рассчитывать а побольше крутых слов и терминов. Как у Петровича. Главное замутить, а там глядишь - могет чего и выгорит


ну а ежели сурьёзно:

mittelspiel написал(а):
Боюсь что метод молекулярной динамики основывается на усреднениях, которые не позволяют отлавливать квантовые эффекты
Вы шо думаете я об этом не подумал ? Хорошего же Вы обо мне мнения, нечего сказать.

Но тоды у мя к ффам ффапрос:

почему там в скобках для некоторых прог пишется DFT ? :

en.wikipedia.org/wiki/Molecular_dynamics
AutoDock suite of automated docking tools,
Autodock Vina improved local search algorithm, suite of automated docking tools,
Abalone (classical, implicit water)
ABINIT (DFT)
ACEMD (running on NVIDIA GPUs: heavily optimized with CUDA)
ADUN (classical, P2P database for simulations)
AMBER (classical)
Ascalaph (classical, GPU accelerated)
CASTEP (DFT)
CPMD (DFT)
CP2K (DFT)
CHARMM (classical, the pioneer in MD simulation, extensive analysis tools)
COSMOS (classical and hybrid QM/MM, quantum-mechanical atomic charges with BPT)
Desmond (classical, parallelization with up to thousands of CPU's)
Culgi (classical, OPLS-AA, Dreiding, Nerd, and TraPPE-UA force fields)
DL_POLY (classical)
ESPResSo (classical, coarse-grained, parallel, extensible)
Fireball (tight-binding DFT)
GPIUTMD (classical, accelerated by GPUs, optimized with CUDA)
GROMACS (classical)
GROMOS (classical)
GULP (classical)
Hippo (classical)
HOOMD-Blue (classical, accelerated by NVIDIA GPUs, heavily optimized with CUDA)
Kalypso MD simulation of atomic collisions in solids
LAMMPS (classical, large-scale with spatial-decomposition of simulation domain for parallelism)
LPMD Las Palmeras Molecular Dynamics: flexible an modular MD.
MacroModel (classical)
MACSIMUS (classical, polarizability, thread-based parallelization)
MDynaMix (classical, parallel)
MOLDY (classical, parallel) latest release
Materials Studio (Forcite MD using COMPASS, Dreiding, Universal, cvff and pcff forcefields in serial or parallel, QMERA (QM+MD), ONESTEP (DFT), etc.)
MOSCITO (classical)
NAMD (classical, parallelization with up to thousands of CPU's)
nano-Material Simulation Toolkit
NEWTON-X (ab initio, surface-hopping dynamics)
ORAC (classical)
ProtoMol (classical, extensible, includes multigrid electrostatics)
PWscf (DFT)
RedMD (coarse-grained simulations package on GNU licence)
S/PHI/nX (DFT)
SIESTA (DFT)
Tremolo-X
VASP (DFT)
TINKER (classical)
YASARA (classical)
XMD (classical)
Отредактировано limarodessa (2011-06-05 14:14:45)
Last Edit: 12 Апр 2015 06:05 by Vladimirovich.

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 10:14 #77

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Если следовать Вашей логике - у нас на кафедре сплошные нобелевские лауреаты (причем среди студентов) - у нас целый компьютерный класс под линухом
Это була шутка

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 10:16 #78

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
Это була шутка
А я шо не понял шо шутка ?

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 10:16 #79

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Вы шо думаете я об этом не подумал
И что надумали?

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 10:18 #80

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
почему там в скобках для некоторых прог пишется DFT ? :
DFT - density functional theory

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 10:21 #81

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
И что надумали?
mittelspiel написал(а):
DFT - density functional theory
И шо думаете я не знаю как расшифровывается DFT ? А теперь посмотрите для чего она используется.

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 10:28 #82

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
limarodessa написал(а):
А теперь посмотрите для чего она используется
ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A5%D0%B8%D0%BC...B5%D0%BD%D0%B8%D0%B5
HyperChem — Профессиональная программа для квантово-химического моделирования молекул
Last Edit: 12 Апр 2015 06:05 by Vladimirovich.

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 10:30 #83

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
limarodessa написал(а):
HyperChem — Профессиональная программа для квантово-химического моделирования молекул
en.wikipedia.org/wiki/Molecular_orbital
There are a number of programs in which quantum chemical calculations of MOs can be performed, including Spartan and HyperChem.
Last Edit: 12 Апр 2015 06:05 by Vladimirovich.

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 11:16 #84

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
Монография

Atomistic Approaches in Modern Biology: From Quantum Chemistry to Molecular Simulations

Markus Reiher

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 13:11 #85

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
HyperChem — Профессиональная программа для квантово-химического моделирования молекул
Но там квантовые эффекты учитываются усредненно, пока что не вижу конкретно что Вы хотите рассчитать для того чтобы споймать квантовую сцепленность и как это можно сделать в HyperChem

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 13:21 #86

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
Но там квантовые эффекты учитываются усредненно
Это как такое может быть ? Ведь написано что программа профессиональная



mittelspiel написал(а):
пока что не вижу конкретно что Вы хотите рассчитать для того чтобы споймать квантовую сцепленность
Там две статьи в посте 24. Есть исчо для таких простых систем. Для сложных - тоже самое только сложнее.



Отредактировано limarodessa (2011-06-05 17:22:55)

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 13:22 #87

  • limarodessa
  • limarodessa's Avatar
  • OFFLINE
  • Доцент
  • Posts: 16793
  • Thank you received: 79
  • Karma: -22
mittelspiel написал(а):
Но там квантовые эффекты учитываются усредненно
А в гауссиане что - тоже усреднено ?

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 13:38 #88

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
Это как такое может быть ? Ведь написано что программа профессиональная
Естественно профессиональная. Но основные принципы молекулярной динамики базируются на предположении о существовании усредненных вероятностей переходов.

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 13:40 #89

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
limarodessa написал(а):
А в гауссиане что - тоже усреднено ?
HyperChem это программная оболочка из которой можно запускать разные приложения. Вы о каком конкретно типа расчета говорите. Что конкретно хотите рассчитывать

Базы по пространственной структуре биомолекул 05 Июнь 2011 13:41 #90

  • mittelspiel
  • mittelspiel's Avatar
  • OFFLINE
  • Посадник
  • Posts: 3974
  • Thank you received: 14
  • Karma: 1
Молекулярная динамика вообще посвящена расчету молекулярных траекторий. Вы это хотите рассчитывать?
Рейтинг@Mail.ru

Научно-шахматный клуб КвантоФорум